RNA id: TCONS_00028470



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00028470
length 209
RNA type processed_transcript
GC content 0.27
exon number 1
gene id XLOC_014344
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 47574615 ~ 47574823 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


tttaacagaaataacatCAATAACATTTATTCATATATCAACAATAAATGCAAATTTGAATACACAGTACATTCATATAGATAGTGATATATATGTACAAATTTACAACAGTAAGGAGTAAGTACGAGATGAACTGATGCAAAGACTTTGGCAAAGGGAGTAAATACATATCGGGAGACATAACttatataaaaagtaaacaaGAATTC

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000160721

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00030052 lncRNA upstream 126021 47438204 ~ 47448594 (+) True XLOC_014341
TCONS_00028467 lncRNA upstream 150988 47421060 ~ 47423627 (+) True XLOC_014340
TCONS_00030051 lncRNA upstream 236458 47337582 ~ 47338157 (+) True XLOC_014339
TCONS_00030050 lncRNA upstream 383114 47188530 ~ 47191501 (+) True XLOC_014334
TCONS_00030049 lncRNA upstream 1136480 46423091 ~ 46438135 (+) True XLOC_014331
TCONS_00029737 lncRNA downstream 15206 47590029 ~ 47591236 (+) True XLOC_014345
TCONS_00029738 lncRNA downstream 208269 47783092 ~ 47784972 (+) False XLOC_014346
TCONS_00030053 lncRNA downstream 223066 47797889 ~ 47800811 (+) True XLOC_014347
TCONS_00028472 lncRNA downstream 263780 47838603 ~ 47843652 (+) True XLOC_014348
TCONS_00029739 lncRNA downstream 332327 47907150 ~ 47916939 (+) False XLOC_014349
TCONS_00028469 mRNA upstream 51313 47502581 ~ 47523302 (+) True XLOC_014343
TCONS_00028468 mRNA upstream 92997 47476908 ~ 47481618 (+) True XLOC_014342
TCONS_00028465 mRNA upstream 150987 47394270 ~ 47423628 (+) False XLOC_014340
TCONS_00028466 mRNA upstream 150987 47405867 ~ 47423628 (+) False XLOC_014340
TCONS_00028464 mRNA upstream 238207 47311869 ~ 47336408 (+) True XLOC_014338
TCONS_00028471 mRNA downstream 208314 47783137 ~ 47787275 (+) True XLOC_014346
TCONS_00028475 mRNA downstream 443641 48018464 ~ 48023442 (+) False XLOC_014352
TCONS_00028476 mRNA downstream 443646 48018469 ~ 48023271 (+) False XLOC_014352
TCONS_00028478 mRNA downstream 443979 48018802 ~ 48023324 (+) False XLOC_014352
TCONS_00028481 mRNA downstream 444019 48018842 ~ 48023434 (+) False XLOC_014352
TCONS_00028459 other upstream 265232 47299166 ~ 47309383 (+) False XLOC_014336
TCONS_00028462 other upstream 267877 47306623 ~ 47306738 (+) True XLOC_014337
TCONS_00028450 other upstream 1293684 46243620 ~ 46280931 (+) False XLOC_014327
TCONS_00028436 other upstream 2065634 45508865 ~ 45508981 (+) True XLOC_014316
TCONS_00028433 other upstream 3542451 44009473 ~ 44032164 (+) False XLOC_014312
TCONS_00028474 other downstream 443183 48018006 ~ 48018346 (+) True XLOC_014351
TCONS_00028479 other downstream 443983 48018806 ~ 48023408 (+) False XLOC_014352
TCONS_00028484 other downstream 458476 48033299 ~ 48033440 (+) True XLOC_014354