RNA id: TCONS_00028484


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00028484
length 142
RNA type snoRNA
GC content 0.54
exon number 1
gene id XLOC_014354
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 48033299 ~ 48033440 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TGATGATCGTTCCTCCTGCCGCTCAGAGATCATGCGGCTCAGGATTTTAGATCATCATAGAGAAATCTGAGTCTGTTTCACCCGGTGTGTGCCGACCGACGGTCTCCTGTGGCCACGCTGGACTTTGCGGGACTCTACAGCT

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000162112

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00028480 lncRNA upstream 11723 48018829 ~ 48021576 (+) False XLOC_014352
TCONS_00028477 lncRNA upstream 12232 48018743 ~ 48021067 (+) False XLOC_014352
TCONS_00029741 lncRNA upstream 105488 47924670 ~ 47927811 (+) False XLOC_014350
TCONS_00029740 lncRNA upstream 105488 47924670 ~ 47927811 (+) True XLOC_014350
TCONS_00028473 lncRNA upstream 115745 47909148 ~ 47917554 (+) True XLOC_014349
TCONS_00030054 lncRNA downstream 153741 48187181 ~ 48191116 (+) False XLOC_014362
TCONS_00030056 lncRNA downstream 153742 48187182 ~ 48191116 (+) False XLOC_014362
TCONS_00030055 lncRNA downstream 153742 48187182 ~ 48191116 (+) False XLOC_014362
TCONS_00030058 lncRNA downstream 153744 48187184 ~ 48191116 (+) False XLOC_014362
TCONS_00030057 lncRNA downstream 153744 48187184 ~ 48191116 (+) False XLOC_014362
TCONS_00028475 mRNA upstream 9857 48018464 ~ 48023442 (+) False XLOC_014352
TCONS_00028481 mRNA upstream 9865 48018842 ~ 48023434 (+) False XLOC_014352
TCONS_00028482 mRNA upstream 9951 48019070 ~ 48023348 (+) True XLOC_014352
TCONS_00028478 mRNA upstream 9975 48018802 ~ 48023324 (+) False XLOC_014352
TCONS_00028476 mRNA upstream 10028 48018469 ~ 48023271 (+) False XLOC_014352
TCONS_00028485 mRNA downstream 15762 48049202 ~ 48059334 (+) True XLOC_014355
TCONS_00028486 mRNA downstream 27024 48060464 ~ 48069778 (+) True XLOC_014356
TCONS_00028487 mRNA downstream 69120 48102560 ~ 48104715 (+) True XLOC_014357
TCONS_00028488 mRNA downstream 77845 48111285 ~ 48114444 (+) True XLOC_014358
TCONS_00028489 mRNA downstream 83948 48117388 ~ 48120285 (+) False XLOC_014359
TCONS_00028479 other upstream 9891 48018806 ~ 48023408 (+) False XLOC_014352
TCONS_00028474 other upstream 14953 48018006 ~ 48018346 (+) True XLOC_014351
TCONS_00028470 other upstream 458476 47574615 ~ 47574823 (+) True XLOC_014344
TCONS_00028459 other upstream 723916 47299166 ~ 47309383 (+) False XLOC_014336
TCONS_00028462 other upstream 726561 47306623 ~ 47306738 (+) True XLOC_014337

Expression Profile

//