RNA id: XM_036967678.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_036967678.1
length 5158
RNA type mRNA
GC content 0.48
exon number 12
gene id LOC110520794
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 8214332 ~ 8243743 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

cttgAACCTGTTTCACTCAGCAGAAATCACCACGCATGCTCTATCCTCCACTATTGAACATCATCTTATCAGCGCGAGCCCAGTGGAAAGGGACAGAAATCAACGCTGCGCACTCCAGACCATATACATCCGGTCAGACTAATATGCGATAACCTATACCTAGGCTACATATGGTTGATTGACCAAGCTTTTAACATTTGCTTTATTCACCCTAGGACAACATATTTGAGTATATTACTAGGCCTAGGCTACGATTGTGAATTTGACAGACCAGTCTATATTCGCATCAACACCGCGTTTTATCCTAAAGGATGGCTGAAGCAGAACTACAGGCGTTTACGTCTATGATGGACGCACTCGTCCAAATCAGCTCTAACATGAAGAGTATGGAGCGGGAGCTGCATTGCCCGGTGTGTACTGAGATGGTGAAGCAGCCCATCATCCTGCCGTGCCAGCACAGTGTGTGTCTGCTGTGTGCTGCTGAGGTGTTAATCCAGAGAGGATACCCTGCCCCAGACCTCCCCCCAGAGCCCAACTCCCCGGCTGCCTCCCCCAACACACGCTCCCCGCGCGGGGCACGCAGGCCCCCGCCCAAGACCACCGACCGCCTGGACCGCGTCCTCAGACCagGTTTTGGGACGTACCCCGGGCGTCGTCGTAAGGACATGTCTCCTGCCCCCATGCTGTTCCCCTGTCCGTCCTGTCACAAGGAGGTGGAGCTGGGGGAGAGAGGACTGACCGATTGCCTCAGGAATCTCACCTTGGAACGCATCGtagagaggtacagacacacagtgaGCCTGGGCAGCGTGGCTATAATGTGTGGCTTCTGTAAGGCTCCTCAGTCCTTGGAGGCCACTAAGGGCTGTGCTGACTGCAGGTCCAACTTCTGCAACGAGTGTTTCAAGCTCTACCACCCCTGGGGTACGCTCCGCTCCCAGCACGAACACATACTGCCCACCAACAACTTCAGacccaagGTCCTAACGTGTCTGGAGCATGAGCAGGAGAGGTTGTTGTGGTACTGTCGCTCCTGCCAGAGGcttctgtgtcctgtctgtaaGCTCCACAGAGTCCACCACGGCCACAAGGTGGCGCCCATCGCACAGGCCTGCCAGGCACTAaagGACAAAATCACCAAGGAGATCAACTACATTCTGGCCAATCAGGACACAGTAAAGGCTCAGATAACTCAGCTGGAGAGTGCCATCACACACTTGGAGTTGAACAGTGCGTTGGCGAGGGAGCAGTTGTCCCAGTCTGTGAGGGAGCTGGGGGCGTCTCTAGTGGAGCGACAGGGAGCGTTGACCCTGGCCCTGGAGGGGGCCCGGCTGAGGAGGGGGGAGGCCCTGTCGGCCCAGGTGTCTGAGAGGAGGGGTCTGCAGGAGCACGGCGGTTTAATGGCCTACACACAGGAGCTGCTCAAAGAGACCGACCAACCCTGCTTCGTACAGGCCGCACGAATCACCCACAACAGgctggtGAAAGCCATAGAGAATctgcagtgtttctctctctcggctGATCCCTCCTTCAGACACTTCCACATGGACGCCTCCAGAGAAATTAAACTCATCAGCAGCATGGGATACATAAGAGCCCCATTGGCTCCTGTGATTGACACTCAGCGCACGCTGGCCTATGACCAGCTGTTCCTGTGCTGGCGACTCCCCCAGGACTCCGCCCCTGCCTGGCACTTCTCCGTGGAGTTCCAGCGGCGAATGGGATTGACAGAGGCAGGCTGGGGAGGAGAGGTCAGGAGTCCCAATGCTCCACTGGTGTGGCAACGCCTGGAGGAGGTGGGGGGGACTAGTGCTGTGATTGACAGGCTGGAGATGGACAGTGTGTACGTGTTAAGGGTGAAAGGAAGCAATAAGGCGGGTTTTGGAGAGTACAGCGAAGAGGTTTACCTGCACACACCACCCGCACCAGTGTTGTGTTTCTCTCTGGACTCTCGCTGGGGTTTGCATGCTGACCGACTGGCTCTGGGTAAAGGACAGACGTATGCCCGCAGCGTGCCCGGCCTCTCCCTTCTGCAGGCCGCTGACCGCTCCCTCACTTCCTGtcacctgacctctgacctcctcATAGGCGACCTGGCCATCACCCAGGGAAGGCACTACTGGGCATGCTCGGTGGAGCCCGGCTCCTACCTGGTAAAGGTGGGAGTTGGACAGGAGGCCAAGCTCCAGGAGTGGTTCCACCTTCCCCAGGACATGGCCAGCCCccgctATGACCCAGACAGTGGCCATGACAGTGGGGCTGAGGATTCCCCagactcctcccctcccttctgctTCCTCACCATGGGCATGGGCAAGGTCCTCTTACCCCAGGGGGCAGCAAACTTACACCACAGTACCCATAGTACCCATGGGAACAACCATGGTCCTCCTACTGCCCCCCTGCCCCCGCGCCTGGGGGTTTGTCTGGACTTCGAAAAGGGACGGGTCACGTTCTACGACGCCCACTCGCTGCGCACCCTGTGGGAGGGGCATGTGGATTGCTCTGCCCCTGTGTGCCCGGCCTTTTGTTTCATTGGTGGAGGGGCACTGCAGCTGCAGGAGCTGGTGGCCAATCGGAGCACAGAGGAGCCACTGCACAGAAGGGTCACCATCCAATCACGCGCCACCAATTTAGGTAACTGAAGAAGTATGGAGTGGAATGATGTGGAAAGACCCTTCATCAACTTGATGTTTACTTGTTTATGTTTAGGTTTCATTTGTAATGTCTGCAACTGTTGATGATGTACATTATGCAGAATAGAAGAATGTCAATGTCCCGGAATCCAGGGGATTATAAAGCGTTCTGCAGGTTACATCAGGATACGTGTATTCTGTGATTCCAACTGTTGCTGTGTTGCATCTGAAAAGGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTTATTGTTAAATGACTCATGAGTGGACGTTTTCTGTTATAGAACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGAGTGGAACGTTAACTGGTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTTATTGTTAAATGACTCATGAGTGGACGTTTTCTGTTATAGAACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTGATGAGTGGGACGTTTATTGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTTATTGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGGTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAATGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAATGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTGATGAGTGGGACGTTTATTGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTTATTGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAATGGGATGTTAACTGTTAAATTACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAATGGGATGTTAACTGTTAAATGACTGATGAGTGGGACGTTTATTGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTTATTGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGCGACGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGAGTGCGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAATTGACTCATGAGTGCGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGAGTGGACGTTAACTGGTAAATGACTCATGAGTGGACGTTATCTGTTAGAGCTCATGCTACCTGCACTTCACATAGATCTTATTGTTTGAAACCAAACCAAAATGCTCACATTGTGGAAGATTCTCTCATAAGCTTCAAACATGTATTACAAATCAAGAGGGTATAAATATCTATTCTATATTTTCAGACAAAATAGAGATGAATGGGATTTACACATTATGGATAGAAAGGATTTTGCGTAAATCATGCGTTGATGTCAATGGGAAgatttaggatgtgtgtgtgttcacctgaaTTAAAATTATAATACTTATTTTATCATT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU253049 lncRNA downstream 350 8211641 ~ 8214242 (-) True G221696
TU253066 lncRNA downstream 30376 8178723 ~ 8184216 (-) True G221708
TU253064 lncRNA downstream 31031 8175652 ~ 8183561 (-) False G221707
TU253065 lncRNA downstream 36452 8175652 ~ 8178140 (-) True G221707
TU253063 lncRNA downstream 36494 8175399 ~ 8178098 (-) False G221707
TU253085 lncRNA upstream 9491 8253234 ~ 8254089 (-) False G221720
TU253086 lncRNA upstream 9491 8253234 ~ 8254152 (-) False G221720
TU253087 lncRNA upstream 9491 8253234 ~ 8254089 (-) False G221720
TU253088 lncRNA upstream 9491 8253234 ~ 8254089 (-) False G221720
TU253089 lncRNA upstream 9491 8253234 ~ 8254152 (-) False G221720
XM_036967607.1 mRNA downstream 374117 7746237 ~ 7840475 (-) False si:dkey-246i14.3
XM_036967618.1 mRNA downstream 374118 7744358 ~ 7840474 (-) False si:dkey-246i14.3
XM_036967597.1 mRNA downstream 374119 7746237 ~ 7840473 (-) False si:dkey-246i14.3
XM_036967568.1 mRNA downstream 597399 7577008 ~ 7617193 (-) True LOC110520788
XM_036967579.1 mRNA downstream 597408 7577008 ~ 7617184 (-) False LOC110520788
XM_036967789.1 mRNA upstream 223193 8466936 ~ 8494991 (-) False LOC110520844
XM_036967794.1 mRNA upstream 223193 8466936 ~ 8495390 (-) True LOC110520844
XM_036967868.1 mRNA upstream 455292 8699035 ~ 8702619 (-) False LOC110520892
XM_021598339.2 mRNA upstream 455292 8699035 ~ 8703263 (-) False LOC110520892
XR_005051422.1 mRNA upstream 457720 8701463 ~ 8701598 (-) True LOC118964373
TU252035 other downstream 641120 7558939 ~ 7573472 (-) True LOC110508494
TU252033 other downstream 655956 7556387 ~ 7558636 (-) False LOC110508494
TU252088 other downstream 684275 7528026 ~ 7530317 (-) True LOC110508472
TU252079 other downstream 690100 7517200 ~ 7524492 (-) False LOC110508454
TU253177 other upstream 105576 8349319 ~ 8350289 (-) True G221788
TU253206 other upstream 150618 8394361 ~ 8410809 (-) False G221806
TU253214 other upstream 259441 8503184 ~ 8523208 (-) True G221807
TU253420 other upstream 519376 8763119 ~ 8763884 (-) True G221986
TU253443 other upstream 560954 8804697 ~ 8817709 (-) False LOC110520835

Expression Profile