RNA id: TCONS_00028774


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00028774
length 139
RNA type snoRNA
GC content 0.38
exon number 1
gene id XLOC_014543
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 7825395 ~ 7825533 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TGCCTTTTGTGTTACCCATTCTTTTCACATTCCCTGAAGAATGTGGTGTCAAAAAAGGCATACAGTAATACTCTTGGTTAGGCATTTACAAAGTGATTTCTCTGTATCACGCTGTCTAAAGCTCAAACCAAGTACAACA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000115647

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00030154 lncRNA downstream 12830 7801430 ~ 7812565 (-) True XLOC_014541
TCONS_00030152 lncRNA downstream 249278 7562098 ~ 7576117 (-) False XLOC_014537
TCONS_00028769 lncRNA downstream 249291 7574567 ~ 7576104 (-) True XLOC_014537
TCONS_00028767 lncRNA downstream 250207 7559920 ~ 7575188 (-) False XLOC_014537
TCONS_00030153 lncRNA downstream 258085 7564973 ~ 7567310 (-) False XLOC_014538
TCONS_00030155 lncRNA upstream 58014 7883547 ~ 7922563 (-) True XLOC_014544
TCONS_00030156 lncRNA upstream 162128 7987661 ~ 8005050 (-) True XLOC_014545
TCONS_00030157 lncRNA upstream 296396 8121929 ~ 8123442 (-) True XLOC_014547
TCONS_00030158 lncRNA upstream 822000 8647533 ~ 8648772 (-) False XLOC_014550
TCONS_00030159 lncRNA upstream 822000 8647533 ~ 8653122 (-) True XLOC_014550
TCONS_00028771 mRNA downstream 118469 7694487 ~ 7706926 (-) True XLOC_014540
TCONS_00028770 mRNA downstream 134420 7682109 ~ 7690975 (-) True XLOC_014539
TCONS_00028766 mRNA downstream 284574 7529612 ~ 7540821 (-) True XLOC_014536
TCONS_00028765 mRNA downstream 299807 7518304 ~ 7525588 (-) True XLOC_014535
TCONS_00028763 mRNA downstream 330389 7482784 ~ 7495006 (-) True XLOC_014532
TCONS_00028775 mRNA upstream 260958 8086491 ~ 8096984 (-) True XLOC_014546
TCONS_00028776 mRNA upstream 708456 8533989 ~ 8536474 (-) False XLOC_014548
TCONS_00028777 mRNA upstream 708764 8534297 ~ 8534985 (-) True XLOC_014548
TCONS_00028778 mRNA upstream 757152 8582685 ~ 8604429 (-) False XLOC_014549
TCONS_00028779 mRNA upstream 757385 8582918 ~ 8600383 (-) True XLOC_014549
TCONS_00028762 other downstream 357079 7468201 ~ 7468316 (-) True XLOC_014531
TCONS_00028751 other downstream 547802 7276060 ~ 7277593 (-) False XLOC_014526
TCONS_00028719 other downstream 1586406 6232164 ~ 6238989 (-) True XLOC_014509
TCONS_00028709 other downstream 1982190 5843091 ~ 5843205 (-) True XLOC_014503
TCONS_00028706 other downstream 2051360 5773921 ~ 5774035 (-) True XLOC_014501
TCONS_00028791 other upstream 1027007 8852540 ~ 8852655 (-) True XLOC_014556
TCONS_00028818 other upstream 2186965 10012498 ~ 10012614 (-) True XLOC_014580
TCONS_00028819 other upstream 2297700 10123233 ~ 10123347 (-) True XLOC_014581
TCONS_00028825 other upstream 2412920 10238453 ~ 10242111 (-) True XLOC_014584
TCONS_00028853 other upstream 2810836 10636369 ~ 10646822 (-) False XLOC_014597