RNA id: TU244862


Basic Information

Item Value
RNA id TU244862
length 4064
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 2
gene id G215182
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 719473 ~ 723944 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

atccttgatgaaaacctgctccagacacTCAGGaaatcagactggggtgaagggtcaccttccaaaaggacaagacctgaatgtccttgagtggcccagacagagcccggacttgtaACCTATAAAGCAGACGTTTCATAGGTTGTACGTAACAAACTAACTAAATGAAGGTTAGGGTCGTACCTAACAAACAAACTAAACGAGAGTTAGGGTCGCACCTAACAAACTAACTaaatgagggttagggtcgtacctaacaaactaactaaatgagggttagggtcgtaCCTAACAAACTAACTAAATGAAGGTTAGGGTCGTACCTAACAAACTAACTAAATGAAAGTTAGGGTCATACCTAACAAACTAACTAAATGAAGGTTAGGGTCGTACCTAACAAACTAACTAAATGAAGGTTAGGGTCGTACCTAACAAACTAACTAAATGAAGGTTAGGGTCGTACCTAACAAACTAATTAAATGAAGGTTAGGGTCGTACCTAACAAACTAACTAAATGAAGGTTAGGGTCGTACCTAACAACCTAACTAAATTAAGGTTAGGGTCGTATCTAACAAACTACCTaaatgagggttagggtcgtaCCTAACAAACTAACTAGATGAGGGTTAGGGTCGTACCTAACAGACTAACTAAATGAGGATAGGGTCTTAACTAAGGTCTAACTaaatgagggttagggtcgtacctaactaattaactaactaactaaatggGAGTTAGGGTCTCACCTAACTAACTAAATGAGGGTTAGGGACTAAACCTAAATAACTAAATGAGGGTCTTACctaaccacctaactaactaaatgagggttagggtcgtacctaactaactaactaaaaggGGCTTAGGGTCTTACCTAACTAACTAAATGAGCATTTAGGGTcttacctaactaactaactaactaactaaatgagGGTTAGGGTCTTACCTAAGTAAGGTCTAACTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACTTAACTAACTGACTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTATCTAAATGAGGGTTAGGGTcttacctaactaactaactaactaaatgagGGTTATGGTCTTACCTAACTAACTTAATGAGGATCAGGGTcttacctaactaactaactcaatTCGGGTTAGGGTctaacctaactaactaactaactaacgaaCTAACTAACTGAGGGTTAGGGTCTTACCtaaataactaactaactaaatgagGGTCAGGGTCTTACCTAACGAACTAAATGAGGGTCAGGGTTTTACCTAACTAACCAACTAAATGAGGGTCAGGTTCTTACCTAAGTAACTAACTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAATTAAGGACTAGCTAAATGAGGGTTCGAGTCTTACCTAACTAAGGTCTAAATAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAACTATCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTacttaactaactaactaaattaGGCTTACGGTcttacctaactaactaactaaatgagGGTTTGGGTCTTGCCTAACTAACTAAATGAGGGTTAGGTTCCTACCTAACTAACTAAATGAGGGTTGGGGTCTTACCTAACTAACTAAATGAGGGTTAGGTTCCTACCTAACTAACTAAATGAGGGTTAGGGTCTTATCTAACTAAGGTCTAGCTAAATAAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAAATAAGGTCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTcttacctaactaactaactaactaaatgagggttagggtcttacctaactaactaactaaatgagAGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCAAGCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTacttaactaactaactaactaactaaatgagggttagggtcttacctaactaactaactaaatgagAGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCAAGCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTacttaactaactaactaactaactaaatgagGGTTAGAGTcttacctaactaactaactaaataaggGTTAGGGTCTTGCCTAACTAACTAAATGAGGGTTAGGTTCCTACCTAACTAACTAAATGAGGTTTAGGGTCTTACCTAACTAAATAACTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCCAACTAAGGTCTAAGTAAATGAGTGTTAGGGTcttacctaactaactaactaactaagtaAATGACGGTTAGGGTCTTACCTAACTAACTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAACTAAATGAGGATCAGGGTcttacctaactaactaactaactaaatgagGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTCAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAACTATCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAACTAAATGAGGAACAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTAAATAAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTcttacctaactaactaactaactaaatgagGGTTAGGGTCTTACCTACCTAACTAACTAAATGAGGGTTAGTATcttacctaactaactaactaaatgagGGTTAGGGTCTTACCTAACTAACTAAATGAGGGTTAGGGTCTTAACTATCTAACATTCTAAATGAGGGTTATGGTCTTACCTAACTAACTAAATGAGGATCAGGGTcttacctaactaactaactaaatgagGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGATCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAACtaattaactaactaactaactaactaactaaatgagggttagggtcttacctaactaactaactatatGAGGTTTAGGGTcttacctaactaactaactaaatgagGGTTAGGGTCTTACCCAACTAAGGTCTAAGTAAATGAGGGTTAGGGTcttacctaactaactaactaactaagtaAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAACTAAATGAGGATCAGGGTCTTACCTAACTAATTAACTAAATGAGGGTTAGGGTTTTACCTAACTAAGGTTCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTAAATAAGTTTAAGGTCTTACCTAACTAAGGTCTAGCTAAATGAGGGTTAGGGTcttacctaactaactaactaactaaatgagGGTCAGGGTCTAACCTATCTAACTAACTGACGTGATGTATTCTATATTGTTTATCTGTCTGTAACATTAACACCAGGTATTCTGATGTGgtttcacatactgtatatcagaTAGGAACTGATCTGTCTGTAACATTAACACCATATATCCTGATGTGgtttcacatactgtatatcagaTTGGAACTGATCTGtctataacattaacaccatATATCCTGATGTGGTTTCACatactgtatatcagaTAGGAACTGATCTGTCTGTAACATTAACACCAGGTATTCTGATGTGgtttcacatactgtatatcagaTAGGAACTGATCTGTCTGTAACATTAACACCAGGTATTCTGATGTGGTTTCACATGCTGTATATCAGATAGGAACTGATCTGtctataacattaacaccatATATCCTGATGTGGTTTCACAGATGTCAGATACTATTTCACCAAGATGAGAGTTAAGATTCAACGATGAATCAATGGGCATGAACGGTGCCCTATTGCTATGAGTTGTTCTAACAGCTAAATACTCTGAGGATAATCAATACCACAGGACTGTTTGTTAAGCTAGTTCCTACCTGGAGGATTTGGATCAGGACTGTCAAACGCATTCCAATAAGGGACTAGTGTCagctggtttttgttttttcctttcaattaagacctagacaaccaggtgaggggagttccttactaatta

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU244855 lncRNA upstream 1871 715607 ~ 717602 (+) True G215179
TU244772 lncRNA upstream 65635 653414 ~ 653838 (+) True G215118
TU244748 lncRNA upstream 96247 622504 ~ 623226 (+) True G215100
TU244740 lncRNA upstream 102928 616230 ~ 616545 (+) True G215093
TU244728 lncRNA upstream 115710 603422 ~ 603763 (+) True G215084
TU244880 lncRNA downstream 11317 735261 ~ 735495 (+) True G215198
TU244892 lncRNA downstream 21771 745715 ~ 747626 (+) True G215204
TU244919 lncRNA downstream 49016 772960 ~ 773936 (+) True G215227
TU244921 lncRNA downstream 50283 774227 ~ 774514 (+) True G215229
TU244924 lncRNA downstream 52481 776425 ~ 776632 (+) True G215232
XM_036975418.1 mRNA upstream 503070 213740 ~ 216403 (+) True LOC118964344
XM_036975417.1 mRNA upstream 522957 195431 ~ 196516 (+) True LOC118964343
XM_036965307.1 mRNA downstream 216619 940563 ~ 944831 (+) True irx1a
XR_005039802.1 mRNA downstream 401373 1125317 ~ 1128772 (+) False LOC118944464
XR_005040035.1 mRNA downstream 583063 1307007 ~ 1309337 (+) True LOC118944732
XR_005040036.1 mRNA downstream 811935 1535879 ~ 1538143 (+) True LOC118944733
XM_036975421.1 mRNA downstream 821313 1545257 ~ 1567659 (+) True LOC118964346
TU244628 other upstream 201286 516360 ~ 518187 (+) True G215012
TU245231 other downstream 360498 1084442 ~ 1086530 (+) True G215455
TU245689 other downstream 799325 1523269 ~ 1534081 (+) True G215792
TU245742 other downstream 885694 1609638 ~ 1616379 (+) True G215820
TU245747 other downstream 911654 1635598 ~ 1680107 (+) False LOC118944469
TU245748 other downstream 917707 1641651 ~ 1680107 (+) True LOC118944469

Expression Profile