RNA id: TU245167


Basic Information

Item Value
RNA id TU245167
length 1479
lncRNA type inter_gene
GC content 0.43
exon number 3
gene id G215409
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 1010917 ~ 1014062 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

tgtattccctgggacaatatgctgatgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtactgtattccatgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtactgtattccatgggacaatatgctgatgtgttgtacagtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccatgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtgctgtattccatgggacaatatgctGATGTGTTGTactttattccatgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatttgttgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgtgacaatatgctgatgtgttgtactgtattccatgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccatgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgtgacaatatgctgatgtgttgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccatgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgtgacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgtgacaatatgctgatgtgatgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattcccttggacaatatgctggacaatatgctgatgtgttgtaatgtattccatgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactttattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccatgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccctgggacaatatgctgatgtgttgtactgtattccatgggacaatatgctgatgtgttg

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU245166 lncRNA upstream 4597 998444 ~ 1006320 (+) True G215408
TU245173 lncRNA upstream 6346 1003699 ~ 1004571 (+) True G215413
TU245163 lncRNA upstream 10915 998444 ~ 1000002 (+) False G215408
TU245093 lncRNA upstream 85322 924501 ~ 925595 (+) True G215356
TU245080 lncRNA upstream 96045 914550 ~ 914872 (+) True G215348
TU245169 lncRNA downstream 204 1014266 ~ 1014868 (+) True G215410
TU245192 lncRNA downstream 5936 1019998 ~ 1020270 (+) True G215427
TU245193 lncRNA downstream 6986 1021048 ~ 1021389 (+) True G215428
TU245202 lncRNA downstream 19859 1033921 ~ 1458208 (+) True G215436
TU245215 lncRNA downstream 41819 1055881 ~ 1057198 (+) True G215444
XM_036965307.1 mRNA upstream 66086 940563 ~ 944831 (+) True irx1a
XM_036975418.1 mRNA upstream 794514 213740 ~ 216403 (+) True LOC118964344
XM_036975417.1 mRNA upstream 814401 195431 ~ 196516 (+) True LOC118964343
XR_005039802.1 mRNA downstream 111255 1125317 ~ 1128772 (+) False LOC118944464
XR_005040035.1 mRNA downstream 292945 1307007 ~ 1309337 (+) True LOC118944732
XR_005040036.1 mRNA downstream 521817 1535879 ~ 1538143 (+) True LOC118944733
XM_036975421.1 mRNA downstream 531195 1545257 ~ 1567659 (+) True LOC118964346
XM_036965368.1 mRNA downstream 595642 1609704 ~ 1611504 (+) True LOC118944738
TU244628 other upstream 492730 516360 ~ 518187 (+) True G215012
TU245231 other downstream 70380 1084442 ~ 1086530 (+) True G215455
TU245689 other downstream 509207 1523269 ~ 1534081 (+) True G215792
TU245742 other downstream 595576 1609638 ~ 1616379 (+) True G215820
TU245747 other downstream 621536 1635598 ~ 1680107 (+) False LOC118944469
TU245748 other downstream 627589 1641651 ~ 1680107 (+) True LOC118944469

Expression Profile