RNA id: TU254312


Basic Information

Item Value
RNA id TU254312
length 3527
lncRNA type intronic
GC content 0.42
exon number 2
gene id G222665
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 9732155 ~ 9735857 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

cctctctccatccttctctccatccctcgctccatccatccctctatactGTGTGCCATTGTGATCAGGGTCATCTGATGGTCACAATCAGGAAGAGGGGTTAAGAACACTCAGCTGACTTTTGACTTATTTAATCAGTCTTTTAAAATAGACTGAATCGTTATGTTTCAAATGTATGGCCTTGTTCTGGACAAACCTCTTTATGCTTCCAGCCAGcccattcccttctctctctcgtcctaCTCCTCTCTGCTCGTCTTGTTATAAGTAAAGTACCTTATCAACAGATCAGATATTAACTTCTACATTACTACTAAGGTAGCAGCACCCTGGTTAGTTCCTGGTTGGTTTCCACTCCCTGTTTCTCTGTTCCACTACTAAGTGTGTTCTGTCTTCATGCCATCAGGACCACCACAGTGTGAACAGAGTGATGACAGCTCATCATGGAACCACTAAGGTCTGGAACTGATTACAACCTGCCACCTTTCAGTCTAATAATACACACACTGGACATTTATACAGACACACGTGGAATTAATATAGACGTGAGATCCAACAACACTAGTCATTTGAGGAGAAGTAGGATGACGGTCAACGTCAGCTAACTTTTCCAAAGTTATTTGGCAAaacaagagaaggagagacacggGCAAACATTATGCCGCCATCTTTATGACACCTGAAGAACGCCTGGAGGTCAATAATAACTTTGGAGAATTTTGTTAatttttcccctcctctctctcctctctgttcctctttttcactcaatttccatctctttctgtgCTTACGCTTTTGCGCTCTGtaattccacctctctctctctgtgtccttatctTTCACTCTGTaattcctctctctctctctctctttctctcattcctcctctctctctctgtgtccttctctttctctctctaattcctcctttctcgttgtgtccttctctttctctccaattcctcctttctcgttgtgtccttctctttctctctaattcctcctttctctctgtgtccttctctttctctctctctaattcctcctttctctttgtgtccttctctttctctctaattcctcctttctctttgtgtccttctctttctcgctctaattcctcctttctctttgTGTTCTTCTCTATCTcgttgtgtccttctctttctcactaattcctcctttctccctgtgtccttctctttctcactaattcctcctttctccctgtgtccttctctttctcagtaattcttcctttctccctgtgtccttctctttctcattaattcctcctttctcgttgtgtccttctctttctctctaattccccctttctccctgtgtccttctctttctcactaattcctcctttctccctgtgtccttctctttctcattaatttctcctttctctttgtgtccttctctttctcattaattcctcctttctctctgtgtccttctctttctctctgtaattcctcctttctctttgtgtccttctctttctcattaattcctcctttctctttgtgtctttctctttctcactaattcctcctttctcgttgtgtccttctctttctctctgtaattcctcctttctcgttgtgtccttctctttctctctgtaattcctcctttctcgttgtgtccttctctttctctctgtaattcctcctttctcgttgtgtccttctctttctctctctaattcctcctttctctctgtgtccttctctttctctctctaattcctcctttctcgttgtgtccttctctttctcattaattcctcctttctccctgtgtCCTTCCCTTTCTCActaattcctcctttctccctgtgtccttctctttctcactaattcctcctttctcattgtgtacttctctttctctctctaattcctcctttctctttgTGTCCTTCCCTTTCTCActaattcctcctttctccctgtgtccttctctttctcactaattcctcctttctcattgtgtacttctctttctctctctaattcctCATTTCTCtttgtgtccttctctttctcactaattcctcctttctcgttgtgtccttctctttctcattaattcctcctttctcgttgtgtccttctctttctctctgtaattcctcctttctctctgtgtccttctctttctctctctaattcctcctttctctctgtgtccttctctttctctctctaatttctcctttctctttgtgtccttctctttctcattaattcctcctttctccctgtgtccttctctttctctctttaattCCTCAtttctctctgtgtccttctctttctctctgtaattcctcctttctctttgTGTTCTTCTCTATCTcgttgtgtccttctctttctcactaattcctcctttctccctgtgtccttctctttctcactaattcctcctttctccctgtgtccttctctttctcactaattcctcctttctcattgtgtacttctctttctctctctaattcctcctttctctttgTGTCCTTCCCTTTCTCActaattcctcctttctccctgtgtccttctctttcgcactaattcctcctttctcattgtgtacttctctttctctctctaattcctCATTTCTCtttgtgtccttctctttctcattaattcctcctttctcgttgtgtccttctctttctctctgtaattcctcctttctctctgtgtccttctctttctctctctaattcttcctttctctctgtgtccttctctttctctctctaatttctcctttctctttgtgtccttctctttctcattaattcctcctttctccctgtgtccttctctttctctctctaattcctcctttctctctgtgtccttctctttctctctgtaattccTCCTTTCTCTGTGTTCTTCTCTATCTcgttgtgtccttctctttctcactaattcctcctttctccctgtgtccttctctttctcactaattcctcctttctccctgtgtccttctctttctcagtaattcttcctttctccctgtgtccttctctttctcactaattcctcctttctccctgtgtccttctctttctcagtaattcttcctttctccctgtgtccttctctttctcattaattcctcctttctcgttgtatccttctctttctctctaattccccctttctccctgtgtcattctctttctccctaattcttcctttctccctgtgtccttctctttctcagtaattcttcctttctccctgtgtccttctctttctcactaattcctcctttctcgttgtgtccttctctttctcattaattcctcctttctctttgtgtccttctctttctctctctaattcctcctttctctttgtgtccttctctttctcattaattcctcctttctctttgtgtctttctctttctcactaattcctcctttctcgttgtgtccttctctttctctctgtaattcctcctttctctctgtgtccttc

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU254345 lncRNA downstream 48784 9679908 ~ 9683371 (-) False LOC110534283
TU254336 lncRNA downstream 55455 9676480 ~ 9676700 (-) True G222686
TU254335 lncRNA downstream 55861 9675938 ~ 9676294 (-) True G222685
TU254328 lncRNA downstream 72461 9657133 ~ 9659694 (-) True G222680
TU254320 lncRNA downstream 94248 9637249 ~ 9637907 (-) True G222672
TU254392 lncRNA upstream 30269 9766126 ~ 9767809 (-) True G222724
TU254670 lncRNA upstream 66587 9802444 ~ 9809481 (-) True G222961
TU254694 lncRNA upstream 101116 9836973 ~ 9838939 (-) False G222982
TU254700 lncRNA upstream 101116 9836973 ~ 9838939 (-) False G222982
TU254695 lncRNA upstream 101682 9837539 ~ 9838939 (-) True G222982
XM_036968264.1 mRNA downstream 18967 9708802 ~ 9713188 (-) True LOC110536579
XM_036968235.1 mRNA downstream 43074 9679758 ~ 9689081 (-) False LOC110534283
XM_036968246.1 mRNA downstream 43074 9679758 ~ 9689081 (-) False LOC110534283
XM_036968238.1 mRNA downstream 43074 9680256 ~ 9689081 (-) False LOC110534283
XM_036963791.1 mRNA downstream 58767 9665862 ~ 9673388 (-) False LOC118944443
XM_036968352.1 mRNA upstream 207224 9943081 ~ 9960032 (-) False LOC110508630
XM_036968360.1 mRNA upstream 207224 9943081 ~ 9960032 (-) True LOC110508630
XM_021589422.2 mRNA upstream 265588 10001445 ~ 10002941 (-) False LOC110508696
XM_036968375.1 mRNA upstream 283456 10019313 ~ 10024005 (-) False LOC110508724
XM_036968377.1 mRNA upstream 288591 10024448 ~ 10047484 (-) False LOC110520824
TU254339 other downstream 48784 9679908 ~ 9683371 (-) False LOC110534283
TU254341 other downstream 48784 9679908 ~ 9683371 (-) False LOC110534283
TU254343 other downstream 48784 9679908 ~ 9683371 (-) False LOC110534283
TU254348 other downstream 48784 9679908 ~ 9683371 (-) True LOC110534283
TU254332 other downstream 58716 9672443 ~ 9673439 (-) True LOC118944443
TU254786 other upstream 265558 10001415 ~ 10002894 (-) False LOC110508696
TU254805 other upstream 277104 10012961 ~ 10014892 (-) True G223070
TU254793 other upstream 284791 10020648 ~ 10023203 (-) False LOC110508724
TU254794 other upstream 284791 10020648 ~ 10023185 (-) True LOC110508724
TU255954 other upstream 1335089 11070946 ~ 11073750 (-) False znf628

Expression Profile