RNA id: TCONS_00030232


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00030232
length 336
lncRNA type read_through
GC content 0.51
exon number 3
gene id XLOC_014781
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 23994034 ~ 24063227 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AATGGATTGGAATATCCAACTTTATTTGTAAAGGCCTGAACTAAATATGCGCTCATCATTTGCACTGGGAATATGTCGTGCAAATGTGCCTCGGGGACCGTGGGCACTGAATGACATCATTGGGAACACATCCACGTGCACATTACAAGCCTTCAAACATTGACTCTGAGACCGTCTGTGCGCAGAGGACTGTCCGAGACTGCAGTGCGAGCTGCTTCATTGCGGTCACCAACACCTCACAAAACATCGGTCCTATTACTTTGcGACCCCCAGCCTCGGTGGACCCGCCCTGTTTCCATCCACACAAAGACCGGACCCTCCCTGATTCAACTGGAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00030231 lncRNA downstream 136442 23857112 ~ 23857592 (-) True XLOC_014777
TCONS_00030230 lncRNA downstream 224833 23768644 ~ 23769201 (-) True XLOC_014775
TCONS_00029775 lncRNA downstream 259969 23733287 ~ 23734065 (-) True XLOC_014773
TCONS_00030228 lncRNA downstream 267205 23720269 ~ 23726829 (-) False XLOC_014772
TCONS_00030229 lncRNA downstream 270044 23722868 ~ 23723990 (-) True XLOC_014772
TCONS_00029776 lncRNA upstream 78088 24141315 ~ 24145677 (-) True XLOC_014785
TCONS_00030233 lncRNA upstream 151046 24214273 ~ 24215346 (-) True XLOC_014790
TCONS_00030234 lncRNA upstream 324838 24388065 ~ 24393032 (-) True XLOC_014793
TCONS_00029777 lncRNA upstream 623483 24686710 ~ 24688179 (-) True XLOC_014798
TCONS_00030236 lncRNA upstream 689304 24752531 ~ 24758067 (-) False XLOC_014799
TCONS_00029178 mRNA downstream 75898 23897666 ~ 23918136 (-) False XLOC_014780
TCONS_00029180 mRNA downstream 79291 23898287 ~ 23914743 (-) False XLOC_014780
TCONS_00029176 mRNA downstream 98195 23875382 ~ 23895839 (-) False XLOC_014779
TCONS_00029177 mRNA downstream 101791 23876533 ~ 23892243 (-) True XLOC_014779
TCONS_00029175 mRNA downstream 122093 23870661 ~ 23871941 (-) True XLOC_014778
TCONS_00029182 mRNA upstream 60182 24123409 ~ 24125457 (-) True XLOC_014782
TCONS_00029184 mRNA upstream 63548 24126775 ~ 24135824 (-) False XLOC_014783
TCONS_00029183 mRNA upstream 63548 24126775 ~ 24135824 (-) False XLOC_014783
TCONS_00029185 mRNA upstream 66239 24129466 ~ 24136233 (-) True XLOC_014783
TCONS_00029187 mRNA upstream 98485 24161712 ~ 24163845 (-) True XLOC_014786
TCONS_00029179 other downstream 75900 23897702 ~ 23918134 (-) False XLOC_014780
TCONS_00029181 other downstream 75928 23915216 ~ 23918106 (-) True XLOC_014780
TCONS_00029155 other downstream 774439 23219477 ~ 23219595 (-) True XLOC_014753
TCONS_00029152 other downstream 864733 23128663 ~ 23129301 (-) True XLOC_014751
TCONS_00029151 other downstream 873107 23120398 ~ 23120927 (-) True XLOC_014750
TCONS_00029186 other upstream 76553 24139780 ~ 24139894 (-) True XLOC_014784
TCONS_00029188 other upstream 119548 24182775 ~ 24182891 (-) True XLOC_014787
TCONS_00029189 other upstream 124367 24187594 ~ 24188743 (-) True XLOC_014788
TCONS_00029209 other upstream 693616 24756843 ~ 24756974 (-) True XLOC_014800
TCONS_00029210 other upstream 693966 24757193 ~ 24757324 (-) True XLOC_014799

Expression Profile

//