RNA id: TU333427


Basic Information

Item Value
RNA id TU333427
length 2771
lncRNA type inter_gene
GC content 0.34
exon number 2
gene id G293991
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 72115497 ~ 72118615 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

tgcTGGGAAaatgatcagaattgggctggTGTTTTGATGTTTTTGTCATTACAAAAGGCTGTTCTAAATACAGTGTAGCTGGGACAAAAAAAATTCAGACTGCTGCTAATGGGGAGAGTTTTCACTGTTTGTGTTACTGTGTCAAATCATTGGATGGGAGGTCAAATCATGTCACATTATTATGATTCTGATTCTGATTATTGTTATCTTATCAATTTGATTGAAAATACACATTATTTTTGTTGATTTTTCTTTTGCTAGTGTTTGATCCAGGGGAGAAGACTTTATTTCAACTCTTATGTATTTATCATTTTGCTTTTGGTTTTTGTAACAACCCAAATGAAAAGGTATTTCCACAGAATAAACCCTCTGAAGACGTTAAGATGATAGTGACTCCCACTTTCTGCTACTGTAAGTGACCTGATTTTCATGAGTAGACTAGTCACCCAcagagattatatttctatgtagtcacccacagagattatatttctatgtagtcacccacagaggttatatttctatgtagtcacccacagagattatatttctatgtagtcacccacagagattatatttctatgtagtCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCAcagagattatatttctatgtagtcacccacagagattatatttatatgtagtCACTCAcagagattatatttctatgtagtcacccacagagattatatttctatgtagtCACCCACAGAGATTATGTTTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATATTTGTATGTAGTCACCCAcagagattatatttctatgtagtcacccacagagattatatttctatgtagtCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCAcagagattatatttctatgtagtcacccacagagattatatttctatgtagtcacccacagagattatatttctatgtagtcacccacagagattatatttctatgtagtcacccacagagattatatttatatgtagtcacccacagagattatatttatatgtagtCACTCAcagagattatatttctatgtagtcacccacagagattatatttctatgtagtCACTCAcagagattatatttctatgtagtcacccacagagattatatttctatgtagtTACCCACAGAGATTATATTTCTATCTAGTCACCCACAGAGATTATATTTCTATCTAGTCACCCACAGAGATTATATTTCTATCTAGTCACCCAcagagattatatttctatgtagtcacccacagaggttatatttctatgtagtcacccacagagattatatttctatgtagtcacccacagagattatatttctatgtagtCACCCACAGAGGTTATATTTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACTCAcagagattatatttctatgtagtCACCCACAGAGGTTATATTTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCATAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAgagattatatttatatgtagtCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAGAGATGATAATTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAgagattatatttatatgtagtCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCAcagagattatatttctatgtagtCACCCACAGAGATTCAAATTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAgagattatatttatatgtagtCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCACAGAGATTATAATTCTATGTAGTCACCCATCACTCGTCTCATAAAATATTTTGtgttacatttttgttttcaagATCACAGTGAGAGAGTAAGTGACCAAATACTTGATTAGTCAATGAATATTGAAAATGAATATATTATTAGTCAATgaataatgtctctgtctctcattggTTAAACACACCAGCCCTGTGACTGTCGCTGACCAGAATGTCCACTTCTTTTATAAACACTTTATCAGCACAGCTCCAAGTGCTCTCACCATACTGCTCCTGAACTTGTGATACTCTCACAAATTAATTGTAACGTCAACTACTATACTGTGCTCTCTAAAGGTAAACAGTATGCTGTATCACATAGAAACCTACAGTACTGTTTGTATTCATGAGCCGTTTTCAAGGTTGTTTTTCTACAAAGATTTTAAAATATGTTCATCTGTTGACATTTTGCCTGCCTATCTGTAGCGAATGAGGGAAAagctctgtgatgtcattctgctTGTAATAAAGAAATTATAAAACTCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU333483 lncRNA downstream 96875 72017075 ~ 72018622 (-) True G294045
TU333480 lncRNA downstream 135391 71979801 ~ 71980106 (-) True G294042
TU333451 lncRNA downstream 170054 71945190 ~ 71945443 (-) True G294015
TU333424 lncRNA downstream 170965 71926065 ~ 71944532 (-) True G293990
TU333448 lncRNA downstream 190207 71925077 ~ 71925290 (-) True G294012
TU333535 lncRNA upstream 40360 72158975 ~ 72159261 (-) True G294093
TU333537 lncRNA upstream 45696 72164311 ~ 72165605 (-) True G294095
TU333538 lncRNA upstream 47491 72166106 ~ 72166337 (-) True G294096
TU333539 lncRNA upstream 51087 72169702 ~ 72170033 (-) True G294097
TU333541 lncRNA upstream 53464 72172079 ~ 72172482 (-) True G294099
XM_036975080.1 mRNA downstream 984 72010695 ~ 72114513 (-) False LOC110520523
XM_036975084.1 mRNA downstream 984 72010695 ~ 72114513 (-) False LOC110520523
XM_036975085.1 mRNA downstream 984 72010695 ~ 72114513 (-) True LOC110520523
XM_036975081.1 mRNA downstream 985 72010695 ~ 72114512 (-) False LOC110520523
XM_036975082.1 mRNA downstream 985 72010695 ~ 72114512 (-) False LOC110520523
XM_036975087.1 mRNA upstream 3359 72121974 ~ 72206818 (-) False LOC110504660
XM_036975086.1 mRNA upstream 3360 72121975 ~ 72206818 (-) False LOC110504660
XM_036975088.1 mRNA upstream 3360 72121975 ~ 72206818 (-) False LOC110504660
XM_036975089.1 mRNA upstream 3360 72121975 ~ 72206818 (-) False LOC110504660
XM_036975090.1 mRNA upstream 145763 72264378 ~ 72266650 (-) True LOC110520529
TU333405 other downstream 211589 71903314 ~ 71903908 (-) True G293984
TU332200 other downstream 1075345 71027619 ~ 71040152 (-) True G292919
TU332000 other downstream 1394906 70720036 ~ 70720591 (-) True G292753
TU331092 other downstream 2007547 70107540 ~ 70107950 (-) True G291977
TU330998 other downstream 2118892 69980346 ~ 69996605 (-) True G291901
TU333434 other upstream 54434 72173049 ~ 72206798 (-) True LOC110504660
TU333986 other upstream 452634 72571249 ~ 72575432 (-) True G294451
TU334284 other upstream 656792 72775407 ~ 72776607 (-) True G294697
TU334351 other upstream 757724 72876339 ~ 72880854 (-) True LOC110520539
TU335813 other upstream 1453677 73572292 ~ 73572911 (-) True G296011

Expression Profile