RNA id: TU347066


Basic Information

Item Value
RNA id TU347066
length 4627
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 5
gene id G305563
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 84767659 ~ 84827199 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

ctattatgttagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagtccagcaagatctactgtctctgtctctattattacagagcatctagatatactgtctctattatattttgacagaccagctagatctactctctctattcaattatgacagagcagctagatctactgtctctattataatacgacagaccagctagatctactgtttctatgtctctattatattatggcagaccagctagaactactgtctctattatactattacagaccagctatatctactatcgctatgtctctattatattatgatacaccagctagatctactgtctctattcaattatgacagagcagctagatctactgcctctattataatatgacagaccagtaagatctactgtttctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctttattatattatgacagaccagctagatctactgtttctatgtctctaatatattatgacagtccagctagatctactgtccctgatatattatgacagaccagctagatccactgtctcttttataatattacagaccagctatatctactatcgttatgtctcttttatattatgatacaccagctttgtctactgtctctattatattatgacagaccaactagatctactgtctctattattttgtgacagaccagctagatctaccttctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagtaagatctactgtttctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatataatgacagaccagctagatctactgtctttattatattatgacagaccagctagatctactgcctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatataatgacagaccagctagatctactgtctttattatattatgacagaccagctagatctactgtttctatgtctctaatatattatgacagtccagctagatctactgtccctgatatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatattacagaccagctatatctactatcGTTATGTCTCTTTTATTTTATGATACACCAGCtttgtctactgtctctattatattattacagaccagctagatctactgtctctattattttgtgacagaccagctagatctaccttctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtttctattatattatgacagaccagctagatctactgtcttcattatattatgacagaccagctagatctactgtttctatgtctctaatatattatgacagtccagctagacttactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgaaagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctcgtatattatgacagaccagctagatctactgtttctattatattatgacagaccagctagatctactgtgtctattatattatgacagaccagctatatctactgtctctattatgttagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagtccagcaagatctactgtctctatgtctctattatattattacagagcagctagatctactgtctttattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccaggtagatctactgtctctattatattattgaaGACCAGCTtaatctactttctctattatattatgacagaccagctagatctactgtttctattatattatgacagaccagctagatctactgtttctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctaatataatatgacagactagctagacttactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtttctatgtctctaatatattatgacagtccagctagatctactgtctctgatatattatgacagagcagctaaatctattgtctttaatataatatgacagaccagctagatctactgtccctgatatattatgacagtccagctagatctactgtctctgatatattatgacagagcagctaaatctattgtctttaatatattatgacagtccagctagatctactgtccctgatatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatattacagaccagctatatctactatcGTTATGTCTCTTTTATTTTATGATACACCAGCtttgtctactgtctctattatattattacagaccagctagatctactgtctctattattttgtgacagaccagctagatctaccttctctattgtattatgacagaccaggtagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctcgtatattatgacagaccagctagatctactgtttctattatattatgacagaccagctagatctactgtcttcattatattatgacagaccagctagatctactgtttctatgtctctaatatattatgacagtccagctagacttactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgatagaccagctagatctactgtctctattgtattatgaaagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctcgtatattatgacagaccagctagatctactgtttctattatattatgacagaccagctagatctactgtgtctattatattatgacagaccagctatatctactgtctctattatgttagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagtccagcaagatctactgtctctatgtctctattatattattacagagcagctagatctactgcctctattataatatgacagaccagctagatctactgtttctattatattatgacagaccagctagatctactgtttctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctaatataatatgacagactagctagacttactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtttctatgtctctaatatattatgacagtccagctagatctactgtctctgatatattatgacagagcagctaaatctattgtctttaatataatatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatggcagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagttctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtttctattatattatgacagaccagctagatctactgtgtctattataatatgaccgaccagctacatctactgtctctgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattgtgacagaccagctagatctactgtctctattatattgtgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctaatatattatgacagtccagctagatctactgtctctaatatattatgacagaccagctagacctactgtctctattatattatgacagatcagctatatctactgtctctattacgttagaccagctatatctactgtctctattatattatgacagtccagcaagatctactgtctctatgtctctattatattgttacatagcatctagatatactgtctctattatattttgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagtccagctagatctactgtctctattcaattatgagagagcagctagatctactattcTATATGGGTCCTTATGGACCAGGTGTATATTCTAAGAGCGTTGTTATGTTAATGTTCCTTTTCTAACGGTCCACATGTTTTCTATCTATTGTCACTTTCAAAATTGAATGTATTTACATGTTTTCTGTCTGGACATGATGAGGACATTTTGTCAATGAAAAGAACAAGTAAAC

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU347080 lncRNA downstream 36570 84729605 ~ 84731089 (-) False G305570
TU347007 lncRNA downstream 61717 84676464 ~ 84705942 (-) True G305534
TU347025 lncRNA downstream 64700 84702426 ~ 84702959 (-) True G305552
TU346887 lncRNA downstream 162762 84604681 ~ 84604897 (-) True G305431
TU346885 lncRNA downstream 164078 84603347 ~ 84603581 (-) True G305429
TU347111 lncRNA upstream 2809 84827339 ~ 84827604 (-) True G305593
TU347309 lncRNA upstream 9892 84834422 ~ 84835104 (-) True G305716
TU347327 lncRNA upstream 23634 84848164 ~ 84848685 (-) True G305734
TU347329 lncRNA upstream 29512 84854042 ~ 84854459 (-) True G305736
TU347337 lncRNA upstream 52175 84876705 ~ 84877033 (-) True G305744
XM_036975363.1 mRNA downstream 143390 84312715 ~ 84624269 (-) False LOC110516739
XR_005051402.1 mRNA downstream 143390 84312715 ~ 84624269 (-) False LOC110516739
XM_021598092.2 mRNA downstream 459219 84305303 ~ 84308440 (-) False LOC110520676
XM_036965273.1 mRNA downstream 466302 84232727 ~ 84301357 (-) False si:dkey-230p4.1
XM_036975362.1 mRNA downstream 547397 84073938 ~ 84220262 (-) False LOC110504983
XM_036975366.1 mRNA upstream 12345 84836875 ~ 84868307 (-) True xrcc5
XM_036975373.1 mRNA upstream 79808 84904338 ~ 84907876 (-) False LOC118964339
XM_036975374.1 mRNA upstream 79808 84904338 ~ 84907876 (-) False LOC118964339
XM_036975375.1 mRNA upstream 79808 84904338 ~ 84907876 (-) True LOC118964339
XM_036975376.1 mRNA upstream 88022 84912552 ~ 85062818 (-) True LOC110520668
TU347103 other downstream 8884 84757942 ~ 84758775 (-) True G305585
TU347081 other downstream 36801 84729605 ~ 84730858 (-) False G305570
TU347082 other downstream 36801 84729605 ~ 84730858 (-) True G305570
TU346793 other downstream 380525 84384275 ~ 84387134 (-) True LOC110516739
TU346797 other downstream 459245 84305304 ~ 84308414 (-) True LOC110520676

Expression Profile