RNA id: TU347051


Basic Information

Item Value
RNA id TU347051
length 2402
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 3
gene id G305563
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 84767659 ~ 84827199 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

ctattatgttagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagtccagcaagatctactgtctctgtctctattattacagagcatctagatatactgtctctattatattttgacagaccagctagatctactctctctattcaattatgacagagcagctagatctactgtctctaatatattatgacagagcagctagatctactgtctctattataatacgacagaccagctagatgtactgtttctatgtctctaatatattatgacagtccagctagatctactgtccctgatatattatgacagaccagctagatccactgtctctattataatattacagaccagctatatctactatcgttatgtctcttttatattatgatacaccagctttgtctactgtctctattatattatgacagaccaactagatctactgtctctattattttgtgacagaccagctagatctaccttctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtttctattatattatgaccagctagatctactgtgtctattataatatgaccgaccagctacatctactgtctctgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattgtgacaaaccagctagatctactgtgtctattatattgtgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctcttatgtattatgaaagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagtccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtgtctattataatatgaccgaccagctacatctactgtctctgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattgtgacaaaccagctagatctactgtgtctattatattgtgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctcttatgtattatgaaagaccagctagatctactgtctctattatattatgagagagcagctagatctactgtctctattataatatgacagtccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgatagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagtccagctagatctactgtctctaatatattatgacagaccagctagacctactgtcgctattatagtatgacagaccagctagatctactgtctctattatgttagaccagctggatctactgtctctattatattatgacagtccagctagatctactgtctctaatatattatgacagaccagctagacctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctcttatgtattatgaaagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagtccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagacctgctgtctctattatattatgacagatcagctatatctactgtctctattatgttagaccagctatatctactgtctctattatgttatgtcagaccagctagatctactgtttctattataatatgacagagcagctagatctactgcctctattataatatgacagaccagtaagatctactgtttctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctttattatattatgacagaccagctagatctactgtttctatgtctctaatatattatgacagtccagctagatctactgtccctgatatattatgacagaccagctagatccactgtctctattataatattacagaccagctatatctactatcgttatgtctcttttatattatgatacaccagctttgtctactgtctctattatattatgacagaccaactagatctactgtctctattattttgtgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctcgtatattatgacagaccagctagatctactgtgtctattatattatgacagaccagctatatctactgtctctattatgttagaccagctagatctactgtctctattataatatgac

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU347074 lncRNA downstream 138 84806936 ~ 84816172 (-) True G305565
TU347052 lncRNA downstream 11223 84767659 ~ 84805087 (-) False G305563
TU347068 lncRNA downstream 11223 84771665 ~ 84805087 (-) False G305563
TU347055 lncRNA downstream 11223 84795857 ~ 84805087 (-) False G305563
TU347045 lncRNA downstream 21585 84791988 ~ 84794725 (-) False G305563
TU347111 lncRNA upstream 2809 84827339 ~ 84827604 (-) True G305593
TU347309 lncRNA upstream 9892 84834422 ~ 84835104 (-) True G305716
TU347327 lncRNA upstream 23634 84848164 ~ 84848685 (-) True G305734
TU347329 lncRNA upstream 29512 84854042 ~ 84854459 (-) True G305736
TU347337 lncRNA upstream 52175 84876705 ~ 84877033 (-) True G305744
XM_036975363.1 mRNA downstream 192041 84312715 ~ 84624269 (-) False LOC110516739
XR_005051402.1 mRNA downstream 192041 84312715 ~ 84624269 (-) False LOC110516739
XM_021598092.2 mRNA downstream 507870 84305303 ~ 84308440 (-) False LOC110520676
XM_036965273.1 mRNA downstream 514953 84232727 ~ 84301357 (-) False si:dkey-230p4.1
XM_036975362.1 mRNA downstream 596048 84073938 ~ 84220262 (-) False LOC110504983
XM_036975366.1 mRNA upstream 12345 84836875 ~ 84868307 (-) True xrcc5
XM_036975373.1 mRNA upstream 79808 84904338 ~ 84907876 (-) False LOC118964339
XM_036975374.1 mRNA upstream 79808 84904338 ~ 84907876 (-) False LOC118964339
XM_036975375.1 mRNA upstream 79808 84904338 ~ 84907876 (-) True LOC118964339
XM_036975376.1 mRNA upstream 88022 84912552 ~ 85062818 (-) True LOC110520668
TU347103 other downstream 57535 84757942 ~ 84758775 (-) True G305585
TU347081 other downstream 85452 84729605 ~ 84730858 (-) False G305570
TU347082 other downstream 85452 84729605 ~ 84730858 (-) True G305570
TU346793 other downstream 429176 84384275 ~ 84387134 (-) True LOC110516739
TU346797 other downstream 507896 84305304 ~ 84308414 (-) True LOC110520676

Expression Profile