RNA id: TCONS_00030618



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00030618
length 246
lncRNA type antisense
GC content 0.55
exon number 2
gene id XLOC_015267
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 11648163 ~ 11648838 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


TTCTCCTCCAGTGTGTTGTCCTCCCGGATCCTCTTCACCTCCCGTCCGCCCTGCACCGCAGCGTCTATGGACAGCGCCAGCAGCTCTCTCAGATCCACGGTCCTCTTCTGGCGGAAAAAGGCGAGTCTGCTGGACAAAACCCCCGCGTACAGGTCAGGAAGACAGAAACGGTGGACTCATCACGAGAGAGCGCCCTCTACCAACAACACAAACATCTGCTGAGAAAATGCtaccaaaataaaatgc

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000156938

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00033490 lncRNA upstream 14840 11629002 ~ 11633323 (+) False XLOC_015266
TCONS_00033491 lncRNA upstream 14840 11629011 ~ 11633323 (+) False XLOC_015266
TCONS_00033492 lncRNA upstream 14840 11629043 ~ 11633323 (+) True XLOC_015266
TCONS_00030616 lncRNA upstream 438481 11208463 ~ 11209682 (+) True XLOC_015264
TCONS_00030612 lncRNA upstream 584319 11055316 ~ 11063844 (+) True XLOC_015262
TCONS_00033493 lncRNA downstream 987089 12635927 ~ 12637877 (+) True XLOC_015274
TCONS_00030635 lncRNA downstream 1149528 12798366 ~ 12802906 (+) True XLOC_015275
TCONS_00033242 lncRNA downstream 1198822 12847660 ~ 12852426 (+) True XLOC_015276
TCONS_00033243 lncRNA downstream 1698562 13347400 ~ 13351251 (+) False XLOC_015280
TCONS_00033494 lncRNA downstream 1698624 13347462 ~ 13351299 (+) True XLOC_015280
TCONS_00030614 mRNA upstream 437995 11205795 ~ 11210168 (+) False XLOC_015264
TCONS_00030615 mRNA upstream 439415 11206317 ~ 11208748 (+) False XLOC_015264
TCONS_00030613 mRNA upstream 521942 11119315 ~ 11126221 (+) True XLOC_015263
TCONS_00030610 mRNA upstream 584480 11031360 ~ 11063683 (+) False XLOC_015262
TCONS_00030609 mRNA upstream 599998 11029144 ~ 11048165 (+) False XLOC_015262
TCONS_00030619 mRNA downstream 21432 11670270 ~ 11677705 (+) True XLOC_015268
TCONS_00030620 mRNA downstream 36904 11685742 ~ 11833284 (+) False XLOC_015269
TCONS_00030622 mRNA downstream 111710 11760548 ~ 11833356 (+) True XLOC_015269
TCONS_00030623 mRNA downstream 274777 11923615 ~ 11945936 (+) False XLOC_015270
TCONS_00030624 mRNA downstream 274986 11923824 ~ 11944959 (+) True XLOC_015270
TCONS_00030617 other upstream 404156 11243886 ~ 11244007 (+) True XLOC_015265
TCONS_00030605 other upstream 641373 11006657 ~ 11006790 (+) True XLOC_015261
TCONS_00030590 other upstream 1442045 10206001 ~ 10206118 (+) True XLOC_015249
TCONS_00030577 other upstream 1665210 9973881 ~ 9982953 (+) True XLOC_015242
TCONS_00030571 other upstream 1772518 9875529 ~ 9875645 (+) True XLOC_015239
TCONS_00030621 other downstream 108086 11756924 ~ 11764998 (+) False XLOC_015269
TCONS_00030632 other downstream 727984 12376822 ~ 12378603 (+) False XLOC_015273
TCONS_00030633 other downstream 745785 12394623 ~ 12394983 (+) False XLOC_015273
TCONS_00030634 other downstream 752417 12401255 ~ 12404031 (+) True XLOC_015273
TCONS_00030641 other downstream 1474728 13123566 ~ 13123682 (+) True XLOC_015279

Expression Profile


//