RNA id: XM_036976634.1



Basic Information


Item Value
RNA id XM_036976634.1
length 12150
RNA type mRNA
GC content 0.41
exon number 21
gene id tcf4
representative False

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 4908459 ~ 5339341 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence


TCAGCTCAGTGGAAATGAATAAAAGTCCTCAATGATCACATTCGCATTTACAAACGGATATTTACAAACGTTCTGTCATACTTTCGCTGCCTGTGTTGGCTAGTTAACAAGTCCGTTTTGTTGTACATTTTCCGCTGTCTTTATAGcggttatttatttatctttctttGCACGGGATTGTCACTTGATCTCCCGGATAAACTGCCTTTTGCACAGCCAGAACTGGACTTTGGGAAACATTCGTATATGTCTATTTCTTTCATACAATTACCggattcttgtttttttttatatctaAACCTCCTGTGGCACAAGGATGCGTTGAAATATAATAGATTTTAATGCAAAGTGGAATTTGCGCGACTCCGGGTTCCCGGTCGTGTGTTGATTGTGAGGAAGCTCTCATATAGTTTGTGTGATTTTGCTAAAATGCATCACCAACAGCGAATGGCTGCCATAGGGACAGACAAAGAACTGAGCGACTTATTGGATTTCAGTGCGATGCGAAACAGCGATTTGAAAATGTTCCCAACATCAATGATGTTCTCTCCTCCTGTTAAAAACGGACCAGCCTCCCTGGGAAGTGGACATTTTGCAGCCTCAAATATGGAGGACAGAGCCAGTGCAGGATCTTGGGGAAGTAGAAGTGCCCCTTCAAAGAGTTACGCTGACGGCTCCCAGTACGCTCACATGACTAGCCGGGACATGGGCTCACACCCGCACGACAACATCTCTCCTCCGTACGTCAACTCCAGACTAACAGgTAAAACGGAGAGAGGATCCTACTCCTATGGAAGAGACTCCAACTTACACGGGTGTCATCAGCCGAGCCTCCTGGGAGGAGAAATGGGCATGGGCAGCCCTGGGGCGGTGTCGCCCACTAAGCCTGGATCGCAGTATTAccagcactacaacaacaaccctCGCCGGAGACCACTGCACAGCGACAACATGGAGGTTCAGACAAAGAAAGTTCGGAAAGTTCCTCCTGGTTTGCCTTCCTCAgtataTGCCCCGTCTGCCAGCACGGCTGACTACAACAGGGACTCACCAGTGTACCCCTCCTCCAAACCCCCCAGTGGAGGATTCCCCAGTTCCTTCTTTATGTCAGaCGGTGCTGACCCGTGGAGCTCCTCCAGTGGAATGAACCAGCCTGGTTACAGTGGCATGCTGGGTAACTCCTCCCACGGACCCCAGAGCAGCAGCTACTGTGGCACCCACCCTCACGACCGGCTGAGCTACCCGTCACACTCCTCGGCAGACATCAACCCCagtcttcctcccatgtccagtttCCATCGTAGCAGTGCCTCCAATCAGTACAGTACAGCTTCCTGCACTGCCACCACCAACGGCACAGACAGCGTGATGGGTAAGACCTGGGGACAAGGACACAGGGCTGCAGAAGACAGGACAGAAGACAGGGCTGATTACAGGACAGAAGACAGGACAGATCACAGGGCTGAATACAGTGctaaCCGGGCGCAGAGCGGGGCACCAACCAGCTCTCAGACAGGAGATGCCCTGGGGAAGGCTCTTGCTTCGATCTACTCTCCAGACCACACGAACAACAGTTTCTCGTCCAACCCGTCGACCCCCGTCGGctctcccccctcactcacaGCTGCTAGTTCTGCTATGTGGTCCAGGAACGGAGGACAAGGTCCTTCCTCCCCCAACTATGAGGCTCCTCTACACTCTCTGCAGAGTCGTATCGAGGACCGCCTGGAGCGCCTGGACGATGCCATCCACGTCCTGCGGAGTCACGCGGTCGGCCCCTCCACGGGCATGCCCGGCGGGCACCAAGACATGCACAGCCTCATCGGAGCAGCGCACAACGGGGCCATGGGAGGACTGGGCACTGGGTACGGCACGGGACTACTCTCTGCCAACCGCCACTCAATCATGGTGGGCTCTCACAGGGAAGATGGTAGCGTGGCCATGCGTGGCAGCCATCCCATCAGACCCAACCAAGTGCCAGTCCCCCAGCTGCCCCAGCAGTCTGCCAcatcaccagatctcaaccagaCTGATACATACCGGGctctctccaGTGGTCTCCAGGGCCAGAGTGCCTCGTCCGTCTCGTCAGAGATCAAGTCGGAGGATGAGGGGGATGAGAACCTACAGGATGCCAGGTCTATGGAGACCAAGAAGGAGGAGCCTGACAACAAGGACCTCAAGTCTATTGATAGCAACGCGGACGACGAGGACTTGTCTCCGGAGCAGAAGATCGAACGTGAGAAGGAACGCAGGATGGCCAACAACGCCCGGGAACGGCTGCGTGTCCGAGACATCAACGAGGCTTTCAAGGAGCTGGGGCGCATGGTGCAGCTGCACCTGAAGAGTGACAAGCCACAGACCAAACTGCTCATACTGCATCAGGCCGTGGCCGTCATACTGAGTCTGGAGCAGCAAGTCAGAGAGAGGAACCTGAACCCTAAGGCAGCGTGTCTGAAGAGACGTGAGGAGGAGAAAGGCTCGTCGGACGGCGGAGCGACCCTCTCCCTGGCCGGGCCGCACCACGGCATGGGGGACGCCTCCAACCCAATGGGACAAATGTCCAAGCTCCCAGAGTTCATCAAGATGATGAGCGACCACTTCCTTTGACAACATTCTCCTATTTCCTGAACCAATCAAATCAACCGATCACGTCAATCAACGATCTGTCTGACCAACCTGATCtgaccaatgttttttttttcccagGACCACCTGTCTTCTGTCTTCTGTAGAAATGAACGAACTGCAAATGTATATTGGCTATGAAAACATAACAGATACTACAAGATATGTTTTCTTATTATATTGTTTCGTATTTTcagcattccccccccccctcaaaaaaaaaacacaaaaaaaatgataTTATATATGTTAaagaaaaatatttaaaaaatcacaAAAAATCAATGAAAGTTAATGCAACTACGTGATGATGGGGGGGCTATTTCTAACACATGAACAATGTTGCAGGACTCAGCTGCTGTCTCAACTGAATGGCAATCTTCTCCACACTGTGGAAACTCTTGCAGTCGTGCCTGAACTCCACCttgatgtttaaagttaaatAGATATATATGaaaaatcaatcagtcagtctggggggggggtataaaaaaaaaagttgagatTATGTAGAATTTCaagacattttttaaaacatgcaataattataaaaaataaaaaaaatgtgtactTCTAATCGAAAAACAGAACAGATACATTTTAAGATAACACTTTGTGTTTTGGGCTCTAAGTTGGCTTTAAGCAGTGTTGGGGAATGTTACTTTTAAAAGTAACTCGTTACATTACGCGTTACTTACTGTAGAAAGTAACTCGTTAGGTTACCGCGTTACTGGCATTAAAAAGTAACACGTTACATTACGCCGTTACTTACTGTGGAAAGTAACGCGTTAGGTTACAGCGTTACTTACTGTGGAAAGTAACTCTTTTAGTCGTTACATTACTTTTGCGTTACCAAACCCCAGAAAACTCTCTGAAAATGTATTGCGCGTGTTGGTCGTTGTTATGCCTATTTACTAATCGGTGCTACAACGATTTCATCCGACGTCATGGGAGCGCTCCAGACCGAGATCTCTGTCAGATTATCATGATAGCTGTTTCAGTTGTTTTACTAAATTGAACCGTGTATTttgcaataaaaaaaatgtgttatttttttaaatcgcaTTATTAGTTGGTTGTTGTAACTGttccacacaacaacaaaaaaatgcgtGAAGAAGGAAAAACGTATACACATTATGATAATAAGGAAAGATAAAATAAGACATGAAAGCCTACTCATTAATAGCCTTTATTTTCTGGCTTTAATATGTCTATTTCGTTTCTTTAAAGCTGCCGAAATGTTGGTTTTGATTTGTGGACAATGTCCAAGTGTTCTGACGAAATTCCATTTTAAAACTATCGAAATGTTTgataaatacaacaacaacaaaagcgtTGCATCACAATTCAATTCTATCTTGATAAATCCAAGGCACCATAAATCAAAACCAACATTTTAGGCAGCTTTTTTGAAACGAAATAGACATATTAAAGCAAGATAATAATAAAGACTATTAAGTTACAACAAGCCCGACTTGAAATGTTGACGTGAACATTTTAATAAGAGTAAACTTCAATCCGCGAATGCAACTGTCAGAGAAATCCGTAAACATAAATGCATTGAAATAAATGGCGTGCAATCATCAAAGACGCATACATGTTGATTTAGTTTTCTCGGGGTGACAGGTTTAAACAAAACGTAAATCTAGATTTTGCTGTTTTGGAAGCAAGAAGCGCAATCTTCCTCAGCATCAACAGCAATCGGATGTCTTGGGTCCTTTTCCACCGGTCTTGTGGAGCTGCGCTTGGGCCTGAATGCGCATCTTGATATGTGAAGTTGACAGGCGCTTAGCCTCGAGGCACAGTTtgcgttttattattattatgttgtttTCCTTTTCTTTTACCAATTCTTAATCATGTGAATACTTTCACGTGGTAAAGGCTGGTGGCTCTGCCATCCTGATAGCTTCATGCCACAATGTTCTTGAAGAAACAAGAAGAGCGTGAATTTATGAGGAAGGGATTTTCATATTATAATTTGTCAAGGGAAATAATATTTCAAAGTAACGATTCGCTTATTTGAAAAAGTAACTTTAAGTATCTGATTTCTTAAATTGAAAAAACGAATACGTTAAGTTTCTCATTACCACAAAAAAAAGTAATTTGAGTATTCTAACTCGTTACTCGTTACCCCCAACACTGCGAGAGAAGATGGAGGGAAAACATCTTCTAGCCATTCGAAACCAGCAAACGTCCTGATTCAGATTGAAATGTGTTTTCATTGGTCACTCCTTTGCGTGAGCAAATGGAACCTTGTGATTAGAGGGCATGGCCGTTGGTAGTGTTACTCTTCCTTACTGCATGTTACAAGGCagatgaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaagg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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU409896 lncRNA upstream 32698 4872532 ~ 4877069 (+) True G360784
TU409899 lncRNA upstream 33652 4875536 ~ 4876115 (+) True G360786
TU409894 lncRNA upstream 37493 4866875 ~ 4872274 (+) True G360782
TU409893 lncRNA upstream 43400 4865335 ~ 4866367 (+) True G360781
TU409876 lncRNA upstream 66064 4839259 ~ 4843703 (+) True G360766
TU410172 lncRNA downstream 4968 5344307 ~ 5344913 (+) True G361000
TU410530 lncRNA downstream 14320 5353659 ~ 5353986 (+) True G361285
TU410571 lncRNA downstream 48010 5387349 ~ 5387992 (+) True G361302
TU410593 lncRNA downstream 79201 5418540 ~ 5418969 (+) True G361316
TU410595 lncRNA downstream 82075 5421414 ~ 5506324 (+) True G361318
XM_036976633.1 mRNA upstream 239182 4654146 ~ 4670585 (+) True LOC110523121
XM_036976624.1 mRNA upstream 310991 4561351 ~ 4598776 (+) False LOC110523122
XM_036976623.1 mRNA upstream 310991 4561352 ~ 4598776 (+) True LOC110523122
XM_036976626.1 mRNA upstream 311194 4561350 ~ 4598573 (+) False LOC110523122
XM_036976627.1 mRNA upstream 342737 4561350 ~ 4567030 (+) False LOC110523122
XM_036976648.1 mRNA downstream 78129 5417468 ~ 5458865 (+) False LOC110524934
XM_036976650.1 mRNA downstream 78129 5417468 ~ 5458865 (+) False LOC110524934
XM_036976647.1 mRNA downstream 78266 5417605 ~ 5458865 (+) False LOC110524934
XM_036976649.1 mRNA downstream 78266 5417605 ~ 5458865 (+) False LOC110524934
XM_036976651.1 mRNA downstream 78266 5417605 ~ 5458865 (+) False LOC110524934
TU409301 other upstream 261767 4639016 ~ 4648000 (+) True G360276
TU409312 other upstream 361911 4547035 ~ 4547856 (+) True G360287
TU409284 other upstream 489698 4419741 ~ 4420069 (+) True G360261
TU409255 other upstream 564250 4344082 ~ 4345517 (+) True G360234
TU409106 other upstream 898411 4008748 ~ 4011356 (+) True G360121
TU411026 other downstream 464489 5803828 ~ 5927926 (+) False G361671
TU411029 other downstream 464489 5803828 ~ 5841269 (+) False G361671
TU411797 other downstream 1846587 7185926 ~ 7189819 (+) False G362297
TU411798 other downstream 1846691 7186030 ~ 7189819 (+) True G362297
TU412128 other downstream 2351101 7690440 ~ 7692514 (+) True G362554

Expression Profile