RNA id: TCONS_00033520


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00033520
length 5046
lncRNA type antisense_over
GC content 0.34
exon number 1
gene id XLOC_015407
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 22911192 ~ 22916384 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GGAGCTTCCGACTGCGTACTTTCGCCTGCAGCCGAGCAAATCCCTGCTTAACCTAAGAGGGAAAACAGAAACAGTGTGAGGTATGCTTTATCTGATTTGACTGCAGACATAAAATGTTCCTGCAAAGCTTACTGTGCAAAAGTCCCTCTTTTCTTTGTAGCCACGCCAGTTCTTCTGCAAAACCAGAGCTGCCTTCCTTTTGTTTATAAAGTTTTTTCTGTAGATGGATGAAAAACGGCTTGAGTCTCTACAGCTATGTTACACTTGGACACAGAGCAGAGACAACGAGGAACAAACCTGTCTTTATGAGCGAGCATCACTCTTTGGATGATGAGAGCCTTCCTGTAAAGCTCCTGCGCTCGCTCCAGTTCTAGGTAAGTGTCATGATGACCCTgtgacagagaaaaaaaaaaaaaacataattcatgAATGaagaaaatgtgatttttaaacatttgtaaatgatttttttttttttgcttaattacttatgattaaaaatgaattaaatatatgtGACTCTAAATCACAAAGCCAGTCATAAGTTGGATGGGCATATTCAAAGCAATAGGCAAAATTACATAGTCAAAATGATCACATTTTCTTAAATGCCAAAAATCATTGAAATAATAAGTAAAGATCAAGTCCCATGAAGATATCTactattctatatatatatcaaaactcaattttaCATTGCTAAACTCATCATTTAGGCAAATGTAAAGtcaatatttatacacacacacacatacacaatcacacatatatatataaatatatatatatatatatatatatatttttttttttttttttttttttaatatttattctatATTGATTCAatgttttgccattttttttaaccaaccatacatcaatagaaagctttttttattcagcttttttaGAATCTCAATTAAAAAtatacacttatgactggttttggtGTCCAGGGTCACGTTTAGaatatttcttttatttgaaatgcatctaaaaaattattactaaattTAGAAAACTGAAGAGGTGGTGCTTAATATGTTTACAGAACACTTTGACAAACAGTTCTAAACACTTACAATAAGTATATTTTTCTAAAATAGTATAAATGTACTATTTAATGTCACCTTTTATCCATTGAATGTATtatttctaattaaataatataattaaaaaatcaaaatgACCTCAAACTCATAAACAATACTGTTTAATATCACtccaaaataaatgatttttaaaaagattcAATATTACAAGAGTGCACGCGGACACTGGTGTAAAATGTTATGATACACTTGATAAATATTATGCAGGAGGTACCCTGAGAAAAACTTTGGTTTTGCCAATCTTCCAATCTTCTTCATCTTTGATTAAAGTTCTGCAGATGGCAGCGCAGCATTTGGCAGCAGGCTCCTGTTAATAAATAACAGAtaaaaaataacagatgttttaTTTATCAACTCAAGCCACACTGGTACACTCACATGTCATTTGAAGGTTAATTCCttcgaaaaaaaaaagtgtaaacacCACTTAGTTTGAGCATGATACTGACACACATCAACTCTGGCTCAACCAATAGCATAACTTGGGAGCGGGACTGTCTGAATTTTAGAGCAAATACAGATGGAAGAGTGTTTAGGTTAAAAtggttatatttgtttatattttatttcttattatttttacctATGTCAGCTCTAGTAGCAGAGGAATTACTCACTTTACCTGTAATTAAAGGCAGAAGCATCAACTAAAATGTTTGGTTACTAGCAACCAAACACAGTACTCACCATAAacctacatttaaataaaaatgcagtaaTTGGTTAATGTAAAAGCATTTGTGGATAGTGATTAAACATAATTTGCAGACTTTTACACAGGTAAATGTTGACTTATATGTTCATTTTTACTGGCAATTTTGAgacctgaaaacaaaacaaaaaaactaaaaagtgcaaatattaattttttttctaatgttttaaTTCAAACATTATCAACCAAATCAACAGTCGGGGACTACAGGACTGTATATGCACAGGGGCTTTTTGTTTCTTTATAAAACTACATTACCATCTACTGGCCAGGTATGCGAAATACAGCCTTTTACTCATTTTCACATATCAAAACTTTAAATTTTTAGTAAACTATAATGTAAATGCACACattttaaactttgtataacttaaaaaaaataggtTGAAACCGGAGTAGCTTATTAAaataagcaacataaaaatatgtgttgtcttgactttttgtcattaaattTCTTACAATGTGAGAGACTTAATTCTACTGCATTAAGCAACTATCATCAACTACAATCCTGGGCATtcacatattaataatataatcctATTATCTCATACAGTGTTGGGGTCGCAGTCAATGGACTTCAAGAGTGCTCGGTAGCGATGCAGGAAGTCCTTGAAGGTGTGACGGATGGGATATCCCAACTTGCGTATTCGAATGGTCTCCAGCATTCCAGAGTAGCGAAGTTGCTGCATGCAGAGCTCTCTGTTAAAAACCTGATGaggaaaataaagagaaaacGTCATCTTAAAAGCGTCCTCACAGCTGCTCAAGATGTAAGTGATGTTGAAGTGAATTGATACCATGGGCAACTTTTTATCGTTTGGCTTGAAGCAGCGTATGAAGAAGGGTTGGCAGAGAGAAAGAGCCTTCATCAGAGAGTCCAGAGACTGGCGAAACTGGCCGCTCAGAGTGGAAATCTGTCTCCTTGATTCGTTAACTTGCTGTGTAAGACAAAACAGAGAATTTATCTCAAAGCTATTTTCATTGAGTGCATTGATCAGAATGCTCTCAATCTGATTATGCTGAAGTCGAGAATGCATGTGGTCATGTAAAGGTGTCAAAAGGTTTTCCTTTACGGAGTAAGGTCATAAATGCCTCAAATGAACattcccccctttttttttttagaaaaggctCATTTAACAACTCTCCTCAAGTTAAACATTTGAATTCGaccattttttaattcatttagccAATCTCCGGGTCTGGTGGGAGAATTctggcttagcttagcataaatcattaaatcagattagaccattagcatctcacttataaaacacacacacaaaaaaaagagttttgataattttcctgtttaaagTTTGACTTTATAGATACATcttgtactaagactgacagaaaatgaaaagttgttattttctagGTTAATATTGCTAGGAACTATGAATTTGTGAACtttggctgcagcaggtgcaatgatattacccAGCATTGTTACCTAGTTTGGGACTATTATGaaggtctttttttattttttcattcccAGGTTCTGCTGGTTGCAATTTCCAGGATTTtcattgccaatcttaagccaattatATCAGTATGCTTTGGTTTGCAACGCAGAGCCCGGGAGATCAGAGTGAGTGCTCTGACTTGGCCCCCCATGATCCACTATTTTCATGGGTAATGAAATTAGATATGCAAATTCTGATTTTTTTATGTCACTACCaggattttctttttcattaataAAGTCTTATAAACAACGAAAATGAAAAGAATCTTcagtaatgtatagtaaataatagtaaataaaaatagtgttttttaaacCATACTGTAATGTacttaattaatctgttgtggtaattctatagttgctaatACAACCATAGTAACATACATGGATCATGTTTTCTACAACTATGTaaataatactacaaataatatcTACAGTATGatataaaaacactatagtatttactaaaaaattaTAATAGAATTTTTTAGGTGGGCTTGCATTGCAGGGTTACTGGTTTGCATGTAAAACAAGACAACAGGTTAACTTAATGTAGGTTATTATGATATTTGTGTGCATGAATACGTGATCATTGTTAAAgtcaacatttttataaatatctctTACTCGTAATGAATTCTTTGGCGTCATGACAGCTTTGTTCATTTTGTTCGAATTCTTCACCGAGTTTACATTGATCTCTTTCTCAAAGATCTGCTTAAGCAACTTGTTGGAAGATTTCCGAATCAGCTCCAAGATGTCCATGCTCACAGTATCTCTGTTCTTCTCCAAAAAACCTGCCAAAACATTGCTCATTTAGAACAGAACTtgtttcatttataaaataaCTGCTGGGAATGCAGTACATATGTCATGGGACAGTAAATAATCGATGAATTGTACCTTCGCAGTCATAATAAACCAACCCAGCAAAGTGTTGAACACCAAAATGTATCCGATGGTCGCCCCTGGATGAAATGTAAAGTTTGTTGCCTTTGTGTTCTTGGCTCAGTTTGTTTAGCATCGTAGCATCTGTCCCCTGTGTTAAAAACAGGACAGCGCAGGCATAAATAGCTTATAAAAAGCAAATAAGTCACTCTATCATATAGCGTACGAAGCTCACCTTAGGAAAATGGCTCTCCTCATCAATCAGAGCCAGTATGTTGAGAGGTTTAAGGGCTAGTAGGTCCAGGGTTTTCTGGTTGTCATTGAAAGCAATGCGTTTCCATGAAATGCCTTCTTTAGTGTACTCGTCCTGCTCCAGCTTGAAGACGTGCCTCACAAAAAACTGCTGCAGATGCTCATTGGCGAAATTGATGCACAGCTGTTCAAAACTAAATGACAAAAGTGGAAAAGAGAAATTATTCTCAAAGTATGGTTAGAGTATCTAAATGTTACTTAACCATTGGACTGGCACTGGCAACTGTCTGGTAGCCTTTTTGtctataatttgtcatttaaaacaaaaaaagaattggtGAGTGGAAGTTAAAGGCTCAAAGCCAACCATAAAAAAACCAAAGCCAAccattaaaaaacataaacaacttAACTTGTAGAGTttcaaaagtttacattttaaaggaCAAGTGTTGTGAATCTGCACAGTATCGTATCATGAAAAATATCAAAAAACGAGGGAAAACCCCATTCTAAAAcatgatattaataaaatgttacatgCAATAtccattgtgtttttttattttattttaaagtctaaA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00030837 lncRNA upstream 112011 22795557 ~ 22799328 (+) True XLOC_015404
TCONS_00033518 lncRNA upstream 241479 22659848 ~ 22669860 (+) False XLOC_015401
TCONS_00030831 lncRNA upstream 241479 22659848 ~ 22669860 (+) False XLOC_015401
TCONS_00030825 lncRNA upstream 363345 22547392 ~ 22547994 (+) True XLOC_015398
TCONS_00033261 lncRNA upstream 520708 22364007 ~ 22390631 (+) True XLOC_015394
TCONS_00033521 lncRNA downstream 68746 22985130 ~ 22992029 (+) False XLOC_015408
TCONS_00030842 lncRNA downstream 90408 23006792 ~ 23014044 (+) False XLOC_015409
TCONS_00033522 lncRNA downstream 90408 23006792 ~ 23014616 (+) False XLOC_015409
TCONS_00030845 lncRNA downstream 95449 23011833 ~ 23014616 (+) True XLOC_015409
TCONS_00033523 lncRNA downstream 108937 23025321 ~ 23026978 (+) True XLOC_015410
TCONS_00030840 mRNA upstream 50161 22851832 ~ 22861178 (+) True XLOC_015406
TCONS_00030839 mRNA upstream 64786 22823952 ~ 22846553 (+) True XLOC_015405
TCONS_00030838 mRNA upstream 85186 22808946 ~ 22826153 (+) False XLOC_015405
TCONS_00030836 mRNA upstream 107674 22795494 ~ 22803665 (+) False XLOC_015404
TCONS_00030835 mRNA upstream 118879 22765492 ~ 22792460 (+) True XLOC_015403
TCONS_00030843 mRNA downstream 90408 23006792 ~ 23024952 (+) False XLOC_015409
TCONS_00030844 mRNA downstream 91291 23007675 ~ 23023120 (+) False XLOC_015409
TCONS_00030846 mRNA downstream 122657 23039041 ~ 23078748 (+) False XLOC_015411
TCONS_00030847 mRNA downstream 132236 23048620 ~ 23077466 (+) False XLOC_015411
TCONS_00030848 mRNA downstream 145701 23062085 ~ 23077483 (+) True XLOC_015411
TCONS_00030832 other upstream 244639 22660071 ~ 22666700 (+) True XLOC_015401
TCONS_00030805 other upstream 1535745 21375467 ~ 21375594 (+) True XLOC_015384
TCONS_00030797 other upstream 1668321 21186377 ~ 21243018 (+) False XLOC_015381
TCONS_00030793 other upstream 1733674 21175950 ~ 21177665 (+) False XLOC_015380
TCONS_00030786 other upstream 1837544 21067734 ~ 21073795 (+) True XLOC_015378
TCONS_00030841 other downstream 69898 22986282 ~ 22991521 (+) True XLOC_015408
TCONS_00030855 other downstream 341393 23257777 ~ 23257897 (+) True XLOC_015416
TCONS_00030856 other downstream 357948 23274332 ~ 23274781 (+) True XLOC_015415
TCONS_00030864 other downstream 763489 23679873 ~ 23679989 (+) True XLOC_015426
TCONS_00030870 other downstream 1096866 24013250 ~ 24014943 (+) True XLOC_015433