RNA id: XR_005051768.1


Basic Information

Item Value
RNA id XR_005051768.1
length 9485
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 2
gene id LOC118964626
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 57841922 ~ 57851518 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU475303 lncRNA upstream 67984 57771648 ~ 57773938 (+) True G419380
TU475279 lncRNA upstream 107392 57734199 ~ 57734530 (+) True G419357
TU475267 lncRNA upstream 129296 57712414 ~ 57712626 (+) True G419345
TU475260 lncRNA upstream 141883 57699765 ~ 57700039 (+) True G419338
TU475248 lncRNA upstream 153852 57687831 ~ 57688070 (+) True G419326
TU475372 lncRNA downstream 12280 57863798 ~ 57864930 (+) True G419448
TU475374 lncRNA downstream 13688 57865206 ~ 57884145 (+) True G419449
TU475384 lncRNA downstream 45878 57897396 ~ 57900379 (+) True G419459
TU475846 lncRNA downstream 134178 57985696 ~ 57985937 (+) True G419901
TU475878 lncRNA downstream 181917 58033435 ~ 58035576 (+) True G419927
XM_036977947.1 mRNA upstream 200811 57627308 ~ 57641111 (+) False tmem259
XM_036977946.1 mRNA upstream 200811 57627309 ~ 57641111 (+) True tmem259
XM_036977948.1 mRNA upstream 205134 57627305 ~ 57636788 (+) False tmem259
XM_021603473.2 mRNA upstream 414599 57380097 ~ 57427323 (+) False LOC110524121
XM_021603474.2 mRNA upstream 414599 57380097 ~ 57427323 (+) True LOC110524121
XR_002473545.2 mRNA downstream 23287 57874805 ~ 57906660 (+) True LOC110524134
XM_036977952.1 mRNA downstream 50584 57902102 ~ 57903229 (+) True sid1
XM_036977954.1 mRNA downstream 177243 58028761 ~ 58030894 (+) True LOC110524136
LOC110522977 mRNA downstream 233203 58084721 ~ 58086269 (+) True LOC110522977
XM_021603502.2 mRNA downstream 268547 58120065 ~ 58124398 (+) True LOC110524139
TU475029 other upstream 474585 57365364 ~ 57367337 (+) True LOC110524119
TU474030 other upstream 883757 56943838 ~ 56958165 (+) True LOC100135807
TU474058 other upstream 916746 56923924 ~ 56925176 (+) True G418251
TU473915 other upstream 1112101 56726185 ~ 56729821 (+) True G418119
TU473866 other upstream 1213305 56617890 ~ 56628617 (+) True G418077
TU475377 other downstream 32862 57884380 ~ 57899648 (+) True G419452
TU476101 other downstream 561605 58413123 ~ 58416776 (+) False G420117
TU476694 other downstream 1091210 58942728 ~ 58944217 (+) True G420634
TU478964 other downstream 2842739 60694257 ~ 60695905 (+) True LOC110524226
TU480287 other downstream 3870019 61721537 ~ 61722024 (+) True G423922

Expression Profile