RNA id: TCONS_00031132


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00031132
length 4960
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 4
gene id XLOC_015584
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 32866575 ~ 33029428 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CGCAAGAGGGCAATATTACGTCGATAGTGTTTGTATTCAAGAAATTTCGTCGAGTGCGGCCTTTAAGCTAACACCAAAttacaaataagtaaaaaaaatggcTGTGTTGTATCATTGCGCAGTTGATCTTGTAGAAAAAGTATTTTATGGAAGACATTTTCTAAACGGACATTGAACTGCGTTTGGGACATGATGAGaggCGGTCATAATGGTTCTTTTGGACAACCAAGTTGATCAGAACTGGCACTGAGTCTCAGaTTTCCCCTCTGAGCGTAACACCTTGAGAGCCAACAGCCACTTTAATAAATCCAACTGGAACGCACCAATGTAGTGGGGGAAGAAAAGAACCAGCGACAAAAAAGCAAGTGAAGACAAACCCCAGCTGATGCTTAGGACAAAGACGGCAGATGCTCCCTCATTCATAGTGTCCAGGTCCATCTGCCCTTGTTTGATGAGGCCAGTATAACGGTGGGAAAGGAAATGGAAATTTGGGACAAAGCCCCCTTTTTTTCCAGGGGGACTAATATGTTGTGTGTCAACATCAAGGCTTCGTTCACAGCGTTGTCTCTATCTCAGGCAATTGCACCCATGGTGCAGTGCCTGATAACAGGGCCCCATGACGCAGCTCCATAATGAAGGCCATTTCGACCACTCATCCTGTGCTAAATGGCTGTATTACTGTGATGGTCATCAGTCCAGGATTTGTTTGCACAATGGTCAACACCGCTGCACTAACATTCATTAGCCGAGCAttcataaacatattttattgcCACTTTTGGGAGAAAATACTGGgtgaaaacataaaaaagtaaatattagtatgttttaataatcagattttttttcccttttacaCATTTGCCACTATTTTCTAGCGAACATGAAATTCATAGGATTTTGGATTTGTAGAATGTAGgaacttccatttattttttctttttgcttgaaTAAGTTGTGACTCAATTGTTGCTGTTTTGCAACCatattattgcaatatttagattttaatgtAAGCATCTACAGGGGCAGACTTAAACAATAAGGAAGGTACGCAACCACTTAGGACCCCGACCATTGCCAAGAAGCCTAAATTAATCATAGCCCCTTTATAAACTTTCTATCATGTGTTGTAAATTCTGTCTATAACTGTTAAGATTTTAATGTAATCCTTTTCAAAACTATGGACCCCAATGAACAGTGGAACGTTCCTTCTgtactgcacatgcaaatattaaaatccaaaCACAAATATGGCCAATTAGCTGTATTTAAATAGTTAACAAGTAACAATTTACATAGTTAGTTTGTGAACttgtgaatttattgtatttaattttacattgagAAGATAAAGGCTCcacttagttaaaaaaaaaacagaatacaggGAAAAAAAATATCTACAGAGAAAGAgtgttttgagtttcaatgctTGGGCCCCATACCTTGAGTTGCTTAGGGCCCCCCAAGTCCAAGTGGTAAAGTCCACCCCTGAGCATCTAGAAGGCATACagttcatttaaatgttttgtaattgtatacactctcagaaataaaggtacgtgagctgccactggggtggtaccttttcaaaaggtacacatttgtacctaaaaggtccatattaatacctcaagggtacatattagtacctaaaaagtacaaaagtgttcctctataaAATTTTTAGCCACTAATATATGATTTTAAGGTACCAAGATGTACCCTTTATGTACAAACGTGCaccctttgaaaaggtaccaccccagtgacagctttcgCTGTGTAGATACCATAAAATTGCCTATTATGTTTATATCTGTACAACTACAAATATGAGGAAAAAAACAGCAAACTATAGCGTTAAAATTATTAAAGTTAACTTAAATGCCATCTAAATGTTTTCTTTAGGACTGAATAACCCCAAATTAAAATAACTTGTGGCTTGTTCAATGTGACATTACAAAGAAGTGACAAAATGAGATACAATTGCATCATTAAACAAACGAGCCCTCAGGATTACAGCAAAAACACTAGCACAAGGACAAACCCTTAAACAGGACATCCATCAATCTAACAGGATCAATTTTCCAAAGGTCTCTGGATCAGGGATAAAGGAACGAGGGGTTAATCTCTGGAAATCATGTTCTTAttaataacaatttctcaaatttCTAATACCCACGAAAGAGTAACTAAAAAATTAATCAAAAGTGATGGCAGATTTAGCCGGCTTCTGCCTTTTTTCTCCCCAAATGCAAATACTTTCTTTCCTTGAGTTTTAGTTTGATTATACTCACTTCTTCCTTGATCTATTCATTTTTCCGAACACGTCTTCAATGTGATTTCCTCGTCGTGGCCACAAACAACAAATTATACAGTGCCAGCGAATGCTAAAAATCCCCCTTGCTTTGAACATCAAACTAAGAAAGCAACAGCATCTGATATTTCTGGAACAATTCAATGCGCAATTACTGTTAATTTGTCCTGACGAAATCATGTGAAAGCACTTGTCTGCTGAACTTAACGCTGTATGAGAATATTCATGTCTTTGACTTTCCACACTTAGAagataattattgttattaccaTCACGGTTGAGATCACTCCACAAGGACATGTCAAGACAGTTAAAATCCGCAGACGCACGCGCCACATAACAGAGCAAAACGCAAAATGTCTCGTTATCACCTTCAAAATGCTAATCAATTATGTCCTAGCGCGTTTCCTGCAGAGAACACgatgttttatttgtataattactCCCCCTCTGCTGTCGTTTGGATTCATATATTTATAACCCGTGCGACTTTATTGATTTTACCATAAGGCTGCATCATTTCTGCACCATAAACAGATCCAGGCTTTCTAAACAGAACAACAGGGTTTAGTGTAAAACACAGCCGTGTTGACAGGATGTATGATTAGCTGTGCAGGGGTTGGAAAGGGCCGCTTGGCAGACATAAAAGACAAGCTTTTCCTTTCAGAGGCAAATAAAGGGACATAAAGTGGACATCACATTGAATCATGCTCACAGTCAGAGGTGGCGCTCGGCGTGCTGTTGACCAGTCTCTCTCACTCAAAGCGCACTTATAATCCTACAGAAACCACTGGAGCTGATGGGACGTCTACActaagcacacacaaacaaacagcccCTTATTTCTCTACTGGATGTGGTTAAGAGAAATATCCACTTTTTTTTGCTGCGCCCCATGATGCTATGTGCAAATTATGAGAGTAGCTTCTTTTAAGCTGTAAACAAtcagtgtagtgttttgaaaatattGATACAGTAACGGGACGTTATTATCCTCACCGTTTATTTATCAAATACGGGGACCTTTTAAATAAACCACTTAAAAATAAACCATATAAAAGGCAACTAATTAGAATTAACAAATTACTATCTGTTTACCATAATTAACTTcacaaatatataagtaaatattaaaCATCACTGTATGGTGTAAAAATAACTGCTAATTAACATGTATTATGTGATTTAcaggctttttttgttgttgtttgtttgaggTTATGAGTGCACTATGAGACCTTTatatctgctctgttgacttttgatgttgaagtctgtaaaataacagaaaaagtagtTTATTACCAGGTTATTTTACCGTAATTTGAAATGTTAatacagacaatatatcactttaaacaatttaaataaaataatatgtaataataatatataataataaaacaataattccAACATCAAATGTTTGAGGAATGattaaacatcccataatgcaatttaaaagcaataaacatttattcataattttccttcggcttagtccctttattcatcatgggtcgccacagcggaatgaaccgccaacttatccagcatatgttttacacagcggatgccctttcagctgcaacccagtactggggaacatccatacacactcattcacatgcatacactatggccaatttagtttgtacagttcacctgtaccgcatgcctttggactgtgggctaaactgaagcacccggaggaactccacacgaacacgaggagaacatgcaaactccacacagaaatgccaaccgacccagccaggactcgaaccagcgatcttcttgctacTACTGAGTCACCGTGTTGCCCCCAAATTATTATCAGTATACAATAAGTAACtccaaaaatatatagtaaaatatagtaTATTAAACATCcctgtatactgtaaaaaatattatctaaattacatctaattaatacatattttaagattaacatgcatttattttgtttatttatggttagAAATTGCATTTTGATACCTTTATCtgtgctctgttgacttttgatgtttaagtctgtaaaataacacaaaaggTGGTTTATTATCaggttattttactgtaatttacaacaacaatacagacaatatattactttaaactaaTTTAACATAGTAATaaaagtcgtttttttttttttttttttacttttaaacatcAAATTATGTGAGTTTGACACAGAAAAACAATAATGGCAGAGCAATACCATCTGTTACTAGAAGAGACTGTGCTGTAAACTTTTACACGGTCAGTCTTCTTAGTTAGAGCCAGTCATTTTTGAAATACACTTCCTATTGATTTAAGAGGTATTACAAATTATTCAACACTTAATCACAATTTAAAGAAATGGCTAAAAGCAAGTCACATTTGTAATCGTGCAATTTTTCTCTTGCTTTTTATGAGATTCTTATGATATGTTTTGTCTGCTTGGCGTATGTAACTTTACTGTTATTGTATGTGTAATaatctgtttttgtattttaggTTGCCTTTTTAAAATCTGGCAGGGTCAACAAATGAAAATTGGGCTTTGAGGCTAGttctggcttatttacagttttactgttgattaatgaGCCTTGTccctattaaatacaataaatttaaaatgtttga

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00031131 lncRNA upstream 4438 32854201 ~ 32862149 (+) True XLOC_015583
TCONS_00033590 lncRNA upstream 146613 32701820 ~ 32719974 (+) False XLOC_015574
TCONS_00033589 lncRNA upstream 219183 32644925 ~ 32647404 (+) True XLOC_015573
TCONS_00033588 lncRNA upstream 229082 32637080 ~ 32637505 (+) True XLOC_015572
TCONS_00033587 lncRNA upstream 258560 32604867 ~ 32608027 (+) True XLOC_015571
TCONS_00033597 lncRNA downstream 193534 33222962 ~ 33235257 (+) True XLOC_015586
TCONS_00033598 lncRNA downstream 437684 33467112 ~ 33468170 (+) True XLOC_015590
TCONS_00033599 lncRNA downstream 650645 33680073 ~ 33681136 (+) True XLOC_015593
TCONS_00033273 lncRNA downstream 730189 33759617 ~ 33771872 (+) True XLOC_015601
TCONS_00033274 lncRNA downstream 868042 33897470 ~ 33898732 (+) True XLOC_015603
TCONS_00031130 mRNA upstream 15966 32846602 ~ 32850621 (+) True XLOC_015582
TCONS_00031129 mRNA upstream 20263 32843133 ~ 32846324 (+) True XLOC_015581
TCONS_00031128 mRNA upstream 27693 32835679 ~ 32838894 (+) True XLOC_015580
TCONS_00031126 mRNA upstream 32146 32826235 ~ 32834441 (+) False XLOC_015579
TCONS_00031125 mRNA upstream 67504 32796873 ~ 32799083 (+) True XLOC_015578
TCONS_00031135 mRNA downstream 22302 33051730 ~ 33115601 (+) False XLOC_015585
TCONS_00031136 mRNA downstream 22302 33051730 ~ 33175665 (+) False XLOC_015585
TCONS_00031137 mRNA downstream 22741 33052169 ~ 33079331 (+) False XLOC_015585
TCONS_00031138 mRNA downstream 22932 33052360 ~ 33216194 (+) False XLOC_015585
TCONS_00031139 mRNA downstream 160154 33189582 ~ 33194664 (+) False XLOC_015585
TCONS_00031127 other upstream 39334 32826503 ~ 32827253 (+) True XLOC_015579
TCONS_00031124 other upstream 75701 32790363 ~ 32790886 (+) True XLOC_015577
TCONS_00031122 other upstream 106255 32758663 ~ 32760332 (+) True XLOC_015576
TCONS_00031120 other upstream 159176 32701851 ~ 32707411 (+) True XLOC_015574
TCONS_00031119 other upstream 163255 32701820 ~ 32703332 (+) False XLOC_015574
TCONS_00031140 other downstream 160156 33189584 ~ 33200368 (+) False XLOC_015585
TCONS_00031160 other downstream 726950 33756378 ~ 33757568 (+) True XLOC_015600
TCONS_00031162 other downstream 871007 33900435 ~ 33900512 (+) True XLOC_015605
TCONS_00031163 other downstream 872897 33902325 ~ 33902455 (+) True XLOC_015606
TCONS_00031167 other downstream 897791 33927219 ~ 33933001 (+) True XLOC_015607

Expression Profile

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