RNA id: TU405302


Basic Information

Item Value
RNA id TU405302
length 4004
lncRNA type inter_gene
GC content 0.42
exon number 4
gene id G357139
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 209882 ~ 216811 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

cactactctactactacactactctactactacactactctactactacactacaatactctactactacactactctactactacactacactactctactactacactactctaccactacactactctactactacactactctactactacactactctaccactacactactctactaaaccACTACACTACTcgactactacactactactaaactactctaccactactctaacactacactactcaaccactacactacactactctaccactactctactactacaatactctacccctactctcctctaccactacactactctaccaccacactacactactactactacactactactacacaactactacacaacactactgctactacactactctgctactacactactctgctactacactactctaccactacactacactactctactacaacactactctacaattacactactactatactactctactactacactacaatactactacactactctactacTACACTTCCACGACACTACAcaactctactactacactactctactactacactacactactactacactactctaccactacactacactactctactacaacactacactacactactctaccactactctactactacaatactctaccactacactactctaccactacactacactacacttctctactacaacactactctacaattacactactactacactactctactactacgctacactactactacactactctactactacactactctaccactacactacactactaaactactctaccactacactacaccactctactactatactactctaccactacactacactaatactacactactctaccgctacactacactactctactactctaccgCTACACTTCCACGACACTACACatctctactactacactactctaccactacactacaccactctactactacaccactctaccaatacactacactactaatacactactctaccactacactacactactctactacaacactactctactactacactactctaccactacgcTTCCACTATACTACACttccactatactacactactcgactactacactactctactattacactacattactactacactcctctactactacactaccctaCCACTACActttcactacactacacaactctactactacactgctctaccactactctaccactactataccactacactacactactctactactacactactctaccactagtctaccactactctaccactacactacaatacgctactactacactactataccactactctactactacactactctaccactacacaactactacactactctactacgacacacctctactactacactactctactactactctactctaccactactctactacactaccactacactactccactactactctaatactacactactctactactactctaccactacacttctctactactacactactactacactactctattATCACACTACTCTCCCACTACattactctaccactacactactctactaacacattactctaccactacactactctactaacacactactctaccactacaccactctaccagtacactactctaccattacacgactctaccactacactaccactagtcaaccactacactaccactactctaaaACTACACTACTcaaccactacactactgtaccaTTACACgactctaccactacactaccactaatctaccactacactactcaaccactacactactctacactacactattaccacaaTACTCtcccactacactactctacgcTACAACTACACTACTCAACTACTACACTACTCAACTACTACACCACTCTACcagtacactactctaccattacactactctaccactacactactcaACTACTACACTACTTAACTACTACACCACTCTACcagtacactactctaccattacacgactctaccactacactaccactagtcaaccactacactaccactactctaaaACTACACTACTcaaccactacactactctaccactacactactctaccactactctaccactacactactcaaccactacactactcaaccactacactactcaaccactacactactctactactacactactctaccactacactgttctactactacactactcaaCCACTACGCTACTcaaccactactctaccactacactgttctactactaccactactctaccactactctaccactactcaACCACTacgctactctaccactacactactctaccactacactattctaccactacactgttctactactacactacactactctactactacactacaatactctactactacactactctaccactacactgttctactactacactactcaaCCACTACGCTACTCTACCACTACTcaactactacactactctactactacactactctaccactacactgttctactactacactactctaccactacactactctaccactacactattctactactacactactcaactactacactactctactactacactactctaccactacactgttctactactacactactcaaCCACTACgctactctaccactactctactactacactactcaaCCACTACgctactctaccactactctactactacactactctaccactacactgttctactactacactactcaaCCACTACgctactctaccactactctactactacactactcaaCCACTACgctactctaccactactctactactacactactctaccactacactattctactactacactactcaactactacactactctactactacactacactactctactactacactacaatactctactactacactacaatactctaCCACTACGCTACTCTACCACTACTCAACCACTACgctactctaccactactctaccactactctactactacactactctaccactacactgttctactactacactactcaaCCACTACgctactctaccactactctactactacactactctaccactactctaccactacactactctaccactactctaccactacactgttctactactacactactcaaCCACTACgctactctaccactactctaccactacactactctaccactactctaccactactctaccactacactactctaccactactctaccactaagctactctctactactctctgcCTTCTGGGTCCAATGCATCTCTACTATATCACCAAGCCATAACAACTAACTCCATAAACAGTGTAAATCCAAAATGGCATCttaatccctatatagtgaccAGGTCAGTAGTTTCACTGCtctaatagggtgccatttggaaagcaGCAACAGTCTGAAACCTTCCAGTACCACAACTATTGTAACTAACATCCCAACCACTTCCGGTTTCATATACTTCCTGTTTCATCTACTGATGCAACTACCAAGctcaacacagagagaggtcaacacagagagaggtaaacacagctcaacacaaagagaggtcaacacagctcaacacagagagaggtcaacacagctcaacacaaagagaggtcaacacagagagaggtcaaCACAGCTCAACACAAAGAGAGGTCAACACAGCGCAACACAAAGAGAGGTCAACACAGCTCAACACAAAGAGAGGTCAACACAGCTCAATACGAAGAGAGATCAACACAGAGAGCTCAACACAAAGAGAGGTCAACACAGCTCAACACAAAAAGAGGTCAACACAGTGCAACACAAAGAGAGGTCAACACAGC

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU405298 lncRNA upstream 539 206569 ~ 209343 (+) True G357137
TU405300 lncRNA upstream 6580 202595 ~ 203302 (+) True G357138
TU405293 lncRNA upstream 11269 198324 ~ 198613 (+) True G357135
TU405288 lncRNA upstream 30530 179049 ~ 179352 (+) True G357131
TU405287 lncRNA upstream 30962 178663 ~ 178920 (+) True G357130
TU405304 lncRNA downstream 388 217199 ~ 217477 (+) True G357140
TU405307 lncRNA downstream 2954 219765 ~ 220018 (+) True G357143
TU405310 lncRNA downstream 7511 224322 ~ 224532 (+) True G357146
TU405311 lncRNA downstream 8000 224811 ~ 225056 (+) True LOC110523064
TU405315 lncRNA downstream 11222 228033 ~ 228234 (+) True G357150
XM_036976551.1 mRNA upstream 23543 89048 ~ 186339 (+) True palm2akap2
XM_036976548.1 mRNA downstream 8198 225009 ~ 285133 (+) False LOC110523064
XM_036976549.1 mRNA downstream 17713 234524 ~ 285133 (+) False LOC110523064
XM_036976550.1 mRNA downstream 43299 260110 ~ 285133 (+) False LOC110523064
XM_036976552.1 mRNA downstream 79815 296626 ~ 312598 (+) True LOC110524922
XR_005051596.1 mRNA downstream 193950 410761 ~ 416534 (+) False LOC110523070
TU405294 other upstream 8240 200717 ~ 201642 (+) True G357136
TU405615 other downstream 194478 411289 ~ 416443 (+) False LOC110523070
TU405616 other downstream 194478 411289 ~ 416443 (+) False LOC110523070
TU405617 other downstream 194478 411289 ~ 416529 (+) False LOC110523070
TU405618 other downstream 194478 411289 ~ 416443 (+) True LOC110523070
TU405905 other downstream 722257 939068 ~ 939873 (+) True G357564

Expression Profile