RNA id: TU411026


Basic Information

Item Value
RNA id TU411026
length 7539
RNA type TUCP
GC content 0.35
exon number 8
gene id G361671
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 5803828 ~ 5927926 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

tggatactgttagaatggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagtatggacactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatgggtagttagaatgggtactgttagaatggttactgttagaatggatactggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatgaatactgttagaatggatactgaatactgttagaatggatactgttggaatggatactgttagatggatactggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatattgttaggatggatactggatactgttaggatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactggctactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgaatactgttagaatggatactgttagaatgggtagttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggctactgttagaatggatactgttagaatggatattgttaggatggatactggatactgttaggatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatggatactgttagaagggatattgttaggatggattctggatactgttagaatgggtactgttagaatggataccgttagaatggatattgttagtatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatggatactgttcgaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatgggtattgttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatgggtattgttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatggatactgttcgaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatgggtagttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatgggtactgttagaatggatactgttaggatggatactggatactgttagaatggatacaggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggataccgttagaatggatattgttaggatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatgggtagttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatgggtactgttagaatggatactgttaggatggatactggatactgttagaatggatacaggATACTGTTAgattggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggataccgttagaatggatattgttaggatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatggatactgttcgaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactgatagaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatgggtagttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatggatacaggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaattggtactgttagaatggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgatagaatggatactgttagaatggatagctagaatgggtactgttagaatggatactgttagtatggacactgttagaatggatactgttagaatggttactgttagaatggatactggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagtatggacactgttagaatggttactgttagaatgattactggatactgttagaatggggactgttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatgggtactgttagaaaggatactgttagaatgaatattgttaggatggatactgttagaatggatattgttaggatggatactggatactgttagaatggaaactggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgtttgaatggatacttttagaatggatactgttcgaatggatactggatactgttcgaatggatacaggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatgggtactgttagaatgggtattgttagaatggatactgttagtatggacactgttagaatggatactgttagaatgggtagttagaatgggtactgttagaatggttactgttagattggatactggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactattAGAATGGATAATGATataatggatactggatactgttagaatggttactgttagaatgggtactggatactgttagaatgggtacttttagaatggatactgttagatggatactgttagaatgggtactgttagaatgggtagttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggaaactgttagaatggatactgttcgaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatgggtactgttagaatgggtactgttagaatgcatactgttagaatggatactgttagaatgtatactggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatgcatactgttagaatggatactgttagaatggacactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatattgttaggatggatactggatactgttagaatggaaactggatactgttagaatggatactgtttgaatggatactgttagaatggatattgttaggatggatactggatactgttagaatggttactggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatgggtaatgttagaatgggtactgttagaatgggtactgttagaatgggtactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagtatggacactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatattgttaggatggatactggatactgttagaatggaaactggatactgttagaatggatactgtttgaatggatacttttagaatggatactgttcgaaaggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatattgttaggatggatactgttagaatggatattgttaggatggatactggatactgttagaatggttactggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatagatactgttagaatggatacttttagaatgggtaatgttagaatgggtactgttagaatgggtactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagtatggacactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatgggtaatgttagaatgggtactgttacaatgggtactgttagaatgggtactgttagaatggatattgttagaatgggtactgttagaatgggtactgttagaatggatattgttagaatgggtactgttagaatggatactgagtgaatggatactgttagaatgggtagttagaatgggtactgttagaatgggtactgttaggatggatattgttagaatggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttggaatggatattgttagggtgGATACTGGACATTGTTAGAATGGCTACTTTTAGAAtagatactgttcgaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatgggtagttagaatggatactattagaatggatactgttagaatggatacttttagaatgggtagttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgtaagaTGGATACGGTTAGAAtaggtactgttagaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatgggtagttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatgggtacttttagaatgggtacttttagaatgggtagttagactggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatacagttagaatgggtagttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatgggtacttttagaatgggtagttagactggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatacggAATAcgtttagaatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttggaatggatactgttagaatggttactgttagaatgggtactgttagagtgggtactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatattgttagaatggatactggctactgttagaatggatactgttagaatggatactgatagaatggatactgttagaatgggtagttagaatgggtactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactgtaagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatattgttagggtggatactggatactgttagaatgggtactgttagaatggttactgttagaatggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagataggatactgttagaatggatattgttagggtggatactggatactgttagaatgggtactgttagaatggttactgttagaatggatactgtaagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatattgttagggtggatactggatactgttagaatgggtactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatgggtactgttggaatggatactgttagagtgggtactgttagaatggataatgttagaattgataccgttagaatggatacagttagaatggatactggatattgttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatagaTACTGTtcaaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatgggtagttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggatattgttagaatggatactgctagaatgggtagttagaatgggtactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactgtaagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatattgttagggtggatactggatactgttagaatgggtactgttagaatggttactgttagaatggatactgttagaatgggtacagttagaatggatactgttagaatggatactgttagaatggttactgttagaatggatacttttagaatggataatgttagaatggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggacactggatattgttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatggatactgttcgaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggttactgttagaatggatacttttagaatggataatgttagaatggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggacactggatattgttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatggatactgttcgaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatgggtactgttagaaaggaaactgttagaatggatactgttagagtggatactgttagaatggatactgttagagtggatactgatagaatggatactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatactgtaagaatgggtactgttggaatggatactgttagaatggatattgttagggtggatactggatactgttagaatgggtactgttagaatggttactgttagaatggatactgtaagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatggatattgttagggaggatactggatactgttagaatgggtactgttagaatgggtactgttagaatggatactgttagaatgggtactgttggaatggatactgttagattgggtactgttagaatggataatgttagaattgataccgttagaatggatacagttagaatggatactggatattgttagaatggatactgttagaatggatacttttagaatagaTACTGTtcaaatggatactgttagaatggatactggatactgttagaatggatactgttagaatggttactgttagaatggatacttttagaatggataatgttagaatggatactgttagaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU411017 lncRNA upstream 3010 5800531 ~ 5800818 (+) True G361665
TU411004 lncRNA upstream 18534 5784959 ~ 5785294 (+) True G361652
TU410991 lncRNA upstream 29696 5773530 ~ 5774132 (+) True G361639
TU410989 lncRNA upstream 35411 5768148 ~ 5768417 (+) True G361637
TU410877 lncRNA upstream 40213 5763263 ~ 5763615 (+) True G361541
TU411074 lncRNA downstream 28065 5955991 ~ 5956201 (+) True G361707
TU411076 lncRNA downstream 29215 5957141 ~ 5957366 (+) True G361709
TU411079 lncRNA downstream 32848 5960774 ~ 5961024 (+) True G361712
TU411080 lncRNA downstream 33548 5961474 ~ 5961812 (+) True G361713
TU411082 lncRNA downstream 45933 5973859 ~ 5974283 (+) True G361715
XM_036976655.1 mRNA upstream 42880 5672649 ~ 5760948 (+) True LOC110522836
LOC110524936 mRNA upstream 225888 5577014 ~ 5577940 (+) True LOC110524936
XM_036976648.1 mRNA upstream 344963 5417468 ~ 5458865 (+) False LOC110524934
XM_036976650.1 mRNA upstream 344963 5417468 ~ 5458865 (+) False LOC110524934
XM_036976647.1 mRNA upstream 344963 5417605 ~ 5458865 (+) False LOC110524934
XM_036976667.1 mRNA downstream 560476 6488402 ~ 6555494 (+) False LOC110523126
XM_036976668.1 mRNA downstream 560476 6488402 ~ 6555494 (+) False LOC110523126
XM_036976669.1 mRNA downstream 560476 6488402 ~ 6555494 (+) False LOC110523126
XM_036976670.1 mRNA downstream 560476 6488402 ~ 6555494 (+) False LOC110523126
XM_036976666.1 mRNA downstream 585903 6513829 ~ 6555494 (+) False LOC110523126
TU410157 other upstream 504425 5296870 ~ 5299403 (+) True G360985
TU409301 other upstream 1155828 4639016 ~ 4648000 (+) True G360276
TU409312 other upstream 1255972 4547035 ~ 4547856 (+) True G360287
TU409284 other upstream 1383759 4419741 ~ 4420069 (+) True G360261
TU409255 other upstream 1458311 4344082 ~ 4345517 (+) True G360234
TU411797 other downstream 1258000 7185926 ~ 7189819 (+) False G362297
TU411798 other downstream 1258104 7186030 ~ 7189819 (+) True G362297
TU412128 other downstream 1762514 7690440 ~ 7692514 (+) True G362554
TU412257 other downstream 1990996 7918922 ~ 7919565 (+) True G362662
TU412732 other downstream 2847406 8775332 ~ 8846116 (+) False cdc42se2

Expression Profile