RNA id: TCONS_00033618


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00033618
length 453
lncRNA type sense_over
GC content 0.34
exon number 2
gene id XLOC_015757
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 38731696 ~ 38741768 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTATTAAAGCCCACAGAACTGTAAGGgtacattcttcagtatatctttgtTTTCTTTCAAACATTGATGTATCTGCTGTTGTATCTGCATTGATGTATCTGAATGTATTAAATGTCTCCTTTTACCTTCTTTTcccccatcttttttttttttttttaaattagctcAATTGAATTTTGGTTGTTTGTCAGTTGTAGGGTCAAGCTGGGGcgtttgattggacagaaatttTAGTGCAAGAGTCAATAATCAATAATTTTGGAGAAACTCCAAATCTGCTGTGAGCCAGTCAATATGTAAGAGTACACCATGTTTGCTAGCATCAGACCAAACAAACGTGTATTAAaccacaaacatacacaaactcaacagatctgtctatccgtctgtctaaaAATagttataatttgtaaaatttcAGCCTCTGTCTTGAAAGTGACAATATTCTTGAca

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00033288 lncRNA upstream 317552 38416017 ~ 38422233 (+) True XLOC_015755
TCONS_00031357 lncRNA upstream 367841 38370535 ~ 38371944 (+) True XLOC_015753
TCONS_00033617 lncRNA upstream 456689 38280982 ~ 38283096 (+) True XLOC_015751
TCONS_00033287 lncRNA upstream 739591 37999779 ~ 38000194 (+) True XLOC_015741
TCONS_00033286 lncRNA upstream 758727 37975579 ~ 37981058 (+) True XLOC_015740
TCONS_00031365 lncRNA downstream 105188 38846743 ~ 38852656 (+) False XLOC_015758
TCONS_00031370 lncRNA downstream 294627 39036182 ~ 39046184 (+) True XLOC_015762
TCONS_00033289 lncRNA downstream 310332 39051887 ~ 39052229 (+) True XLOC_015763
TCONS_00031371 lncRNA downstream 318080 39059635 ~ 39070308 (+) True XLOC_015764
TCONS_00033619 lncRNA downstream 1044192 39785747 ~ 39792446 (+) True XLOC_015767
TCONS_00031359 mRNA upstream 30702 38554260 ~ 38709083 (+) False XLOC_015756
TCONS_00031361 mRNA upstream 30702 38608290 ~ 38709083 (+) True XLOC_015756
TCONS_00031360 mRNA upstream 121969 38556195 ~ 38617816 (+) False XLOC_015756
TCONS_00031358 mRNA upstream 347210 38373272 ~ 38392575 (+) True XLOC_015754
TCONS_00031356 mRNA upstream 450034 38288308 ~ 38289751 (+) True XLOC_015752
TCONS_00031363 mRNA downstream 783 38742338 ~ 38890677 (+) False XLOC_015758
TCONS_00031364 mRNA downstream 62668 38804223 ~ 38862711 (+) False XLOC_015758
TCONS_00031366 mRNA downstream 139610 38881165 ~ 38887809 (+) True XLOC_015758
TCONS_00031367 mRNA downstream 151076 38892631 ~ 38909401 (+) True XLOC_015759
TCONS_00031368 mRNA downstream 183420 38924975 ~ 38977298 (+) True XLOC_015760
TCONS_00031335 other upstream 861481 37874771 ~ 37878304 (+) False XLOC_015735
TCONS_00031331 other upstream 902865 37836619 ~ 37836920 (+) False XLOC_015734
TCONS_00031312 other upstream 1538198 37192441 ~ 37201587 (+) True XLOC_015720
TCONS_00031307 other upstream 1596168 37140474 ~ 37143617 (+) True XLOC_015719
TCONS_00031294 other upstream 1986027 36753649 ~ 36753758 (+) True XLOC_015713
TCONS_00031374 other downstream 1315344 40056899 ~ 40057016 (+) True XLOC_015768
TCONS_00031377 other downstream 2294521 41036076 ~ 41036191 (+) True XLOC_015775
TCONS_00031413 other downstream 3682129 42423684 ~ 42423799 (+) True XLOC_015799
TCONS_00031414 other downstream 3845183 42586738 ~ 42587035 (+) True XLOC_015800
TCONS_00031429 other downstream 4257247 42998802 ~ 42998919 (+) True XLOC_015810