RNA id: TCONS_00033619


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00033619
length 366
lncRNA type inter_gene
GC content 0.43
exon number 2
gene id XLOC_015767
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 39785747 ~ 39792446 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTAAGGACAGCTCTCCCACTGTTacaagtttgtccagttagcttgctgTGTACAACaatggacttgagacacagagaggagttgaccacaatgatgaGGTTCGAGTCAGATgaggaatggttccagaaaagTCTACTTGACCTGAACCCCAGTGACCCCCTTCTTCACCCGCCAACTGCAGCCGTGTGTCTGTCGGATTTAACTTTTCTCATTAGCATTTAGAATTATCATTCCACTGGTCTCCTGAGTATCCAGTGACCTTTTTTTTTGCCTTGTGAGGAGTAGTAACCATCAGTTTTTTACTATATGGAGACCATAGCTTACACTAAACGTCAGTAGTTTGTACAATTATTGGTGTGAGAAGTG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00031371 lncRNA upstream 715439 39059635 ~ 39070308 (+) True XLOC_015764
TCONS_00033289 lncRNA upstream 733518 39051887 ~ 39052229 (+) True XLOC_015763
TCONS_00031370 lncRNA upstream 739563 39036182 ~ 39046184 (+) True XLOC_015762
TCONS_00031365 lncRNA upstream 933091 38846743 ~ 38852656 (+) False XLOC_015758
TCONS_00033618 lncRNA upstream 1044192 38739785 ~ 38741555 (+) True XLOC_015757
TCONS_00033620 lncRNA downstream 426118 40218564 ~ 40222006 (+) True XLOC_015770
TCONS_00033621 lncRNA downstream 472179 40264625 ~ 40274510 (+) False XLOC_015771
TCONS_00033291 lncRNA downstream 472179 40264625 ~ 40274510 (+) False XLOC_015771
TCONS_00033290 lncRNA downstream 472346 40264792 ~ 40274512 (+) True XLOC_015771
TCONS_00033622 lncRNA downstream 977626 40770072 ~ 40772051 (+) True XLOC_015773
TCONS_00031373 mRNA upstream 164644 39618951 ~ 39621103 (+) True XLOC_015766
TCONS_00031372 mRNA upstream 230080 39108339 ~ 39555667 (+) True XLOC_015765
TCONS_00031369 mRNA upstream 757695 39021282 ~ 39028052 (+) True XLOC_015761
TCONS_00031368 mRNA upstream 808449 38924975 ~ 38977298 (+) True XLOC_015760
TCONS_00031367 mRNA upstream 876346 38892631 ~ 38909401 (+) True XLOC_015759
TCONS_00031375 mRNA downstream 389187 40181633 ~ 40184687 (+) True XLOC_015769
TCONS_00031376 mRNA downstream 501867 40294313 ~ 40514151 (+) True XLOC_015772
TCONS_00031379 mRNA downstream 1731792 41524238 ~ 41530598 (+) False XLOC_015777
TCONS_00031380 mRNA downstream 1731792 41524238 ~ 41543762 (+) False XLOC_015777
TCONS_00031382 mRNA downstream 1734458 41526904 ~ 41542043 (+) True XLOC_015777
TCONS_00031335 other upstream 1907443 37874771 ~ 37878304 (+) False XLOC_015735
TCONS_00031331 other upstream 1948827 37836619 ~ 37836920 (+) False XLOC_015734
TCONS_00031312 other upstream 2584160 37192441 ~ 37201587 (+) True XLOC_015720
TCONS_00031307 other upstream 2642130 37140474 ~ 37143617 (+) True XLOC_015719
TCONS_00031294 other upstream 3031989 36753649 ~ 36753758 (+) True XLOC_015713
TCONS_00031374 other downstream 264453 40056899 ~ 40057016 (+) True XLOC_015768
TCONS_00031377 other downstream 1243630 41036076 ~ 41036191 (+) True XLOC_015775
TCONS_00031413 other downstream 2631238 42423684 ~ 42423799 (+) True XLOC_015799
TCONS_00031414 other downstream 2794292 42586738 ~ 42587035 (+) True XLOC_015800
TCONS_00031429 other downstream 3206356 42998802 ~ 42998919 (+) True XLOC_015810