RNA id: TCONS_00033620


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00033620
length 451
lncRNA type inter_gene
GC content 0.45
exon number 3
gene id XLOC_015770
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 40218564 ~ 40222006 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

acacatcataccttgaggcagataggctacagcagcagaagatcacaccggttGTCACTCCTGTCACCTAAGAAaacatgATGGACCTCCAATGAGTTGTTGCCTCAGACTTAGAGACAGAAAACTGCATTTGGACAAAATATTGAACTACAGGATACAAACTGAAGATTTGTGTCCGATAAGAGCAGTCTTATTCCAGACGGTCGCTGGGAAGACGCTCTGTTCTGATCCTGAAAGTAGCTGGACAAAGAGTGCCATGTGGAAGGTGGATGAGGAACAGAGGAAGCTCAGAGGACAGATTCCTGAAGCTGTAGAGGGAGCTTCAGTGGACGGATGCAAAGGAAGAGAAGATCCAATGACAACAGCAGAAATGCCACTAAATAGCAGAGTGCTGCTCACAAAAATGCAGACGACTAAACAAAAGAACTCACAAACAACTGCAAAAGCCCAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00033619 lncRNA upstream 426118 39785747 ~ 39792446 (+) True XLOC_015767
TCONS_00031371 lncRNA upstream 1148256 39059635 ~ 39070308 (+) True XLOC_015764
TCONS_00033289 lncRNA upstream 1166335 39051887 ~ 39052229 (+) True XLOC_015763
TCONS_00031370 lncRNA upstream 1172380 39036182 ~ 39046184 (+) True XLOC_015762
TCONS_00031365 lncRNA upstream 1365908 38846743 ~ 38852656 (+) False XLOC_015758
TCONS_00033621 lncRNA downstream 42619 40264625 ~ 40274510 (+) False XLOC_015771
TCONS_00033291 lncRNA downstream 42619 40264625 ~ 40274510 (+) False XLOC_015771
TCONS_00033290 lncRNA downstream 42786 40264792 ~ 40274512 (+) True XLOC_015771
TCONS_00033622 lncRNA downstream 548066 40770072 ~ 40772051 (+) True XLOC_015773
TCONS_00033292 lncRNA downstream 761287 40983293 ~ 40985280 (+) False XLOC_015774
TCONS_00031375 mRNA upstream 33877 40181633 ~ 40184687 (+) True XLOC_015769
TCONS_00031373 mRNA upstream 597461 39618951 ~ 39621103 (+) True XLOC_015766
TCONS_00031372 mRNA upstream 662897 39108339 ~ 39555667 (+) True XLOC_015765
TCONS_00031369 mRNA upstream 1190512 39021282 ~ 39028052 (+) True XLOC_015761
TCONS_00031368 mRNA upstream 1241266 38924975 ~ 38977298 (+) True XLOC_015760
TCONS_00031376 mRNA downstream 72307 40294313 ~ 40514151 (+) True XLOC_015772
TCONS_00031379 mRNA downstream 1302232 41524238 ~ 41530598 (+) False XLOC_015777
TCONS_00031380 mRNA downstream 1302232 41524238 ~ 41543762 (+) False XLOC_015777
TCONS_00031382 mRNA downstream 1304898 41526904 ~ 41542043 (+) True XLOC_015777
TCONS_00031383 mRNA downstream 1654589 41876595 ~ 41920632 (+) False XLOC_015780
TCONS_00031374 other upstream 161548 40056899 ~ 40057016 (+) True XLOC_015768
TCONS_00031335 other upstream 2340260 37874771 ~ 37878304 (+) False XLOC_015735
TCONS_00031331 other upstream 2381644 37836619 ~ 37836920 (+) False XLOC_015734
TCONS_00031312 other upstream 3016977 37192441 ~ 37201587 (+) True XLOC_015720
TCONS_00031307 other upstream 3074947 37140474 ~ 37143617 (+) True XLOC_015719
TCONS_00031377 other downstream 814070 41036076 ~ 41036191 (+) True XLOC_015775
TCONS_00031413 other downstream 2201678 42423684 ~ 42423799 (+) True XLOC_015799
TCONS_00031414 other downstream 2364732 42586738 ~ 42587035 (+) True XLOC_015800
TCONS_00031429 other downstream 2776796 42998802 ~ 42998919 (+) True XLOC_015810
TCONS_00031434 other downstream 3057595 43279601 ~ 43303082 (+) True XLOC_015812

Expression Profile

//