RNA id: TCONS_00033658


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00033658
length 263
lncRNA type intronic
GC content 0.33
exon number 2
gene id XLOC_015862
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 46056806 ~ 46060001 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GGATTTTGAATGGGTTAGCAGGCAGAGTGTTATCAGAGCTAGTGTGTGTTAGGAACAACTCTCCCACTAAGATACATCTGTTGTTCCACGCCTCAGTCAATCTATCTACActattgaaaatataaatatgatcAGTTAATCatgacagtgtatgttttatgatgttttatattataaaaataggtGAACTATGCATGAACTTAATTTTGAAGCCATACAAGGTGCTTTGGTGTAGATTAAGTTAAAATTACCTAAAAATAACT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00033298 lncRNA upstream 588221 45468067 ~ 45468585 (+) True XLOC_015847
TCONS_00033297 lncRNA upstream 594832 45461133 ~ 45461974 (+) True XLOC_015846
TCONS_00033657 lncRNA upstream 623178 45432582 ~ 45433628 (+) True XLOC_015843
TCONS_00033656 lncRNA upstream 1067513 44984483 ~ 44989293 (+) True XLOC_015832
TCONS_00033655 lncRNA upstream 1656138 44395314 ~ 44400668 (+) True XLOC_015823
TCONS_00033660 lncRNA downstream 134326 46194327 ~ 46332513 (+) False XLOC_015863
TCONS_00033659 lncRNA downstream 134326 46194327 ~ 46332513 (+) True XLOC_015863
TCONS_00033661 lncRNA downstream 220701 46280702 ~ 46317783 (+) False XLOC_015864
TCONS_00033662 lncRNA downstream 220827 46280828 ~ 46312806 (+) True XLOC_015864
TCONS_00033663 lncRNA downstream 707562 46767563 ~ 46814415 (+) False XLOC_015868
TCONS_00031503 mRNA upstream 44062 46009507 ~ 46012744 (+) True XLOC_015860
TCONS_00031502 mRNA upstream 135603 45918939 ~ 45921203 (+) True XLOC_015859
TCONS_00031501 mRNA upstream 250439 45696743 ~ 45806367 (+) False XLOC_015858
TCONS_00031500 mRNA upstream 250439 45696743 ~ 45806367 (+) True XLOC_015858
TCONS_00031499 mRNA upstream 404431 45643122 ~ 45652375 (+) True XLOC_015857
TCONS_00031506 mRNA downstream 351078 46411079 ~ 46489869 (+) True XLOC_015866
TCONS_00031507 mRNA downstream 529797 46589798 ~ 46728027 (+) False XLOC_015867
TCONS_00031508 mRNA downstream 529819 46589820 ~ 46728000 (+) True XLOC_015867
TCONS_00031511 mRNA downstream 1189178 47249179 ~ 47249425 (+) True XLOC_015875
TCONS_00031513 mRNA downstream 1411646 47471647 ~ 47516648 (+) False XLOC_015878
TCONS_00031495 other upstream 490995 45565213 ~ 45565811 (+) True XLOC_015853
TCONS_00031468 other upstream 1132130 44923799 ~ 44924676 (+) True XLOC_015830
TCONS_00031458 other upstream 1492312 44564378 ~ 44564494 (+) True XLOC_015827
TCONS_00031447 other upstream 1703239 44352673 ~ 44353567 (+) False XLOC_015820
TCONS_00031434 other upstream 2753724 43279601 ~ 43303082 (+) True XLOC_015812
TCONS_00031505 other downstream 228859 46288860 ~ 46288996 (+) True XLOC_015865
TCONS_00031509 other downstream 1052695 47112696 ~ 47113654 (+) True XLOC_015873
TCONS_00031510 other downstream 1088932 47148933 ~ 47149569 (+) True XLOC_015874
TCONS_00031532 other downstream 1882190 47942191 ~ 47943492 (+) True XLOC_015885
TCONS_00031539 other downstream 2203749 48263750 ~ 48264602 (+) True XLOC_015891

Expression Profile

//