RNA id: TU477087


Basic Information

Item Value
RNA id TU477087
length 6013
lncRNA type antisense_over
GC content 0.37
exon number 2
gene id G420981
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 59047705 ~ 59053737 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

TCCATAGGCGAATAGACTTGCAAAATCGTGTCAAACTGGCCACACATGGGCCAGCATTGCTCCTCATTGCTCCTCTTTGGAAGGAAAAAAAAAATGATCCTGTATTGCATTTCTTCCCATGGAAGAAGAAACAAGGTATGATAATGGCATTGTGAAATTCATTAGCTAGCTGTATGCTCTCTCCATACAGCCGTGCAACTGGCAACACACACTGTACTACCGATACACACTGCGCAATAGCCATAATAGCATGCATGTATAACCACTGCACAGTCAAAAGAGAAATCAAAGGGCTAATACTCATTGTCCATGAGAGGAAGCTGCTGGGTGGAGATCTAGGATGACGGGCTCAAATCAAATACAATCtcatttcatttgtcacatgcttcgtaaacaaccggTGTAGACTGAGTGAAATTATTACTtccgggtccttttccaacaatgcagagttaaagatataaaaaataattacaatagaAATACTAACAAGGAATAAATATGAATAACAAAACATTGCTATGTTCAGGAAGTACCGTGCAGgagtacaaggtaattgaggtcgATATGCACATCAAGTAGGTgtaagtgactaggcaacaggatagataagacTGTAGCAGCAGagtatgtggtgagtgtgaaagtgtgtgtgtggcatcagtatgcatgtgtgcccGAGTTTGTGGGTGTGTAGGTAgattccagtgtgtgtgcattgaGTTCATGCATAGAGTTAGTGCAGAAAAGGGTCAATGCCGGAAGTCCAGTAGCCATTTCCTTATCTATTTaccagtcttgtttagcagtagTGCTAAGCGATTAGTGTTTTTTTGGAGGTCGTTTCGGTTCGATTATTAAAAAATAGTCACGGTTTTAGGTTGTGATTATTTGGGTTAAATGCTGCCCATTTACTGctgatcacttattaaccatttattcacattactttaatataaaatatatttccgtgtattacatttgttttatttgatgactttatttcattacaagtcatcatctcatgtctatagagctgctgtctgacaaaatcactattctGTAGCTCGTCAAAGTAAATAATACTTATGACTGCTGAATAACAACGATCAATCACTttaatcatgtattttctggtagGGATACCTCGCGAAGCAACAGCTGCTCTGTCACCTCACAATCGTGCATTCTTGTCTCTTCctgtagcaggcgtaaaagaaacatagaccggacaagtagatgcacagtggattatggtcattgtagttaattaacaTGTTATATgcactaaactatgtagaatactggcctgttggaaactacatcgcacagttcaggcCGGATCTGATGTATCTCGAGAGAAACTGTAGAATGTGCTCATTGAGCATACAGAAAAAAACTTAACagaatggaattcaaataattgaaccaacTTCAGCCAATTAGTTgcttaaaacaacaaaaaataaacgtAATTGCTCAGCAATATTTagcggtcttatggcttgggggtagaagctgtacagggtcctgttggttccatacTTGGTGCACACTGGCACTGCTTgctgtgaggtagcagagagaacagtctaaaaCATGTGAGGGAAAAGTCTGAACGTGCTTGATACCATTTAATTCTAattccattacaatgagccaatCCTATACCTCTGCCACCATTGTTGTCCATATACTCGAAGATACAGTACacaaacatgcacgcacgcatgcacacacacacacacacacacacactgtcgcgATTCATATATTCTCAACAGCTAAATTGGTTCACATTATTTCATAACATAAAATGTTCTGTGTGCATTGCTGTCCACCCTCATGTGTTCACCATATTGTAGATGTCATATTTTCTGCCGGTCAGGTGTGTACTATAAGCCAGTCTTTCTCCTCATAGTAGCAGATCAGGTATCGTCAGAGATCCTAGTTTGTGTTCATCCAAAATGTGTTTCAGAATTGTCAGAAACACGGTACTGAGAGATACCGCTAGAATGCTAGTTCAAATCAAAAATAATTTTTAGACAGAATGACATGTTAAGGCAGTGTTAATTTATTCTGTTTTTTTCTGCATCaatcacttttgtttatttaagATTCATATTTAAATTTCAAGAATAACAAACGGTTGTTACTTACAATGTCGTAGTTATACATAATTACCAGATCAACCCTTACAGATCTCTATTGTAATGTTAATGATTTCCTGTGTGTTGGTAGTATGGCAGGTCCTAcgggccctagttttgtcgcaccagGACTACTGCTCAGtcgtggtcaggtgccacaaaaaaggacttatgAAAATTGCaactggttcagaacagggcagcacggctggcccttggatatacacagagagctaatattaataatatgcatgtcaatctctcctggctcaaagtggaggagagcaTGCCTGTATTTGAATGCACCAAGCtatctgtttgaactactggtgCACAGCTCAgatacccatgcataccccacaagacatgacaCGAGGTCtcgtcacagtccccaagtccagaacaggctATGGAAGGCGCACAGTAAATagtaaatagagccatgactacatggaactctattccacgtcAAACAACTCATGCATGCAGtcaaattagatttaaaaaaacagattaaaaaaacaccttatggaacagcggggactatgaagcaacacaaacataggcgcatacacacgcacacatggattttgtactgtaaatatgtggtagtggtggagtagggggctgagggcacacagtcaatgtattgtaatgtttttaaaattgtataaactgccttaattttgctggaccccaggaagagtagctggcagcagctaatggggatccataataaatacaaaatatgatAAAGGTGTATACAATGCACACTAAAGAGCATTTTCCAGAAATACCGGTCATTGATTGACGATATGACCAGGGGCAATAGTACATCCTTATGTGCCAATTCACATGTCTAAACGAACTCTATGATTGAATCCAGTTTTGCTTTTAGTAAGGGTATTTTTACTAAATGTTTCTGAAGAATTATTCATGTTGGTTATTGTTATTTTCTTCTGTTCAAGGGGATCTTTCCTAAATATCTGTAGAAGACtccaattattttatttaaatgtggCATTTAGTTcaattcaaaatcaaatgttaGTTTTGTTGAATGATTATATAAAACAAAccatattttgtctttcccaaaGAGTAAAGAACATTTTAATCAATGTTCAAATGGTTGTAAACAAGTAATATCTGTTTCCAGATCGGTCCAAAAAGCCGAAATCAAATTAGACTGGAATATTATGTGTACATTTACAGTATTTGTGTGTTTTTAAAATTTTGCTTAAATATTGTTTAGAGATGTGCTTGAAGTCTGAAGTCTGTATTTTTCATTCATCTAAGGGCTGTAGTGTTGCTTTCGACTCTCTATTTGTGGTACTGTTTCGTCACGATCAGTTGTCTGTAcactttttattttctttttttaccgGAACAGCAACGCTGTGTTCATCTTTCTGAATTAGACATGATTCTATTGGGCATTTCTATAATTATTATTTAAGCCAATGATGAAGTGCGATTGTCTAGGGCCAGAAGTTATTTCTGACCTTGTGACCTAACCAGGAAAAACTGGGCTGTAGTTATACTTTTAAAGCCTGGAATGTTGCTTGGTGAGGTGTGAAACTCCTTGCCCTACGACCAATATCTAGTCACGTGAGGAATATATCTTGTCAGTACTCTGAAAACAGTTACTATTAATCTAATGATTTGAAATAAGGGATTCCATATAAtatccagtgccttcagaaagtcccACCCCTTTacttctacacacaataccccataatgtaaaatgttgttttttagaATTTATttgacaaattaattaaaaatgaaaatctgaaatgtcttgagccaACTATTCAACCCATTTCATATGGCGAGCCTAAATACGTAagTTGCatgcaataatagtggttaacattattgttgaatgactaccccacacatacaattatctggaaGGTCCCTCAGTTCAAAAGTAATTTTCAAGCACAGatacaaccacaaagaccagggaggttttccaatgcctcgcaaagaagggcgcCTATTGGTAGAAAACAAAAAGCAGACAATATTTGAgggtggtgaagttattaattacactttggatggtgtataaatacacccagtcactacaaagatgcaggtgTTCTTTCTATCTCTgtagccggagaggaaggaaaaccgctcagggatttcgccATGAGACCAATACTGATTTTTTAAAttgttagagtttaatggctgtgatgggagaactgaggatggatcaacaacattgtagttactcaacaatactaacttaattgacagagtgaaaagaaggaagcctgtacagaataaaaacattcaaaaacatacatcctgtttgcaacaaggcactgaagcAATACTGCAAAACACTTGGTAAAGAACTTTTTGATCTATATACAAAGTGTTTTGTTTGGTACAAAATCcagcacatcactgagtaccacacttcatattttcaagcatggtggtggctgcatcatgttagggtatgcttgtcattggtgAAGACCGGGAGTTAATTCAGATCAAGATAAATGGactagagctaagcacaggaaaaatcctagaggaaaacctgatttGCTTTCCTGGTAGACAAATTCACCTGTcaacaataacctaaaaaaacaaagccaaatatacactgcagttgcttaccaagacaacattgaatgttcctgattggactagttacagttttgacttaaatctgcttgaaaatctatggcaggacttgaaaatggctgtccagcaatcatcaacaaccaatttgacagagcttgaagaattttaaatgGCATAATAAGCTAATATTGTACAAGccaggtatgcaaagctcttagacttacccca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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU477148 lncRNA downstream 2058 59045370 ~ 59045647 (-) True G421034
TU477101 lncRNA downstream 97712 58949757 ~ 58949993 (-) True G420992
TU477062 lncRNA downstream 140361 58907063 ~ 58907344 (-) True G420968
TU477057 lncRNA downstream 144957 58899153 ~ 58902748 (-) False G420964
TU477058 lncRNA downstream 144957 58899153 ~ 58902748 (-) True G420964
TU477191 lncRNA upstream 67323 59121060 ~ 59121285 (-) True G421077
TU477193 lncRNA upstream 68012 59121749 ~ 59122035 (-) True G421079
TU477256 lncRNA upstream 112636 59166373 ~ 59166782 (-) True G421137
TU477257 lncRNA upstream 113176 59166913 ~ 59169292 (-) True G421138
TU477260 lncRNA upstream 118389 59172126 ~ 59172338 (-) True G421141
trnaa-ugc-13 mRNA downstream 21107 59026526 ~ 59026598 (-) True trnaa-ugc-13
XR_005051821.1 mRNA downstream 46125 58982688 ~ 59001580 (-) True LOC118964628
XM_021603553.2 mRNA downstream 191258 58852019 ~ 58856447 (-) True gamt
XR_005051820.1 mRNA downstream 211594 58834262 ~ 58836111 (-) True LOC110524167
XM_021603545.2 mRNA downstream 371777 58671471 ~ 58675928 (-) True LOC110524158
XM_021603568.2 mRNA upstream 1383 59055120 ~ 59115105 (-) False atp13a3
XM_021603569.2 mRNA upstream 1383 59055120 ~ 59115105 (-) False atp13a3
XM_036977976.1 mRNA upstream 1383 59055120 ~ 59115105 (-) False atp13a3
XM_036977977.1 mRNA upstream 1383 59055120 ~ 59115105 (-) True atp13a3
XM_021603572.2 mRNA upstream 71344 59125081 ~ 59131011 (-) False tmem44
TU477090 other downstream 11406 59026103 ~ 59036299 (-) True G420982
TU476443 other downstream 633562 58413128 ~ 58414143 (-) True G420421
TU476193 other downstream 933645 58112387 ~ 58114060 (-) True G420193
TU475656 other downstream 1341769 57699745 ~ 57705936 (-) True G419714
TU475533 other downstream 1421531 57620054 ~ 57626174 (-) True LOC110524128
TU477230 other upstream 79133 59132870 ~ 59138257 (-) True lsg1
TU478587 other upstream 1047028 60100765 ~ 60101056 (-) True G422347
TU479791 other upstream 2005257 61058994 ~ 61071143 (-) True LOC110524239
TU480894 other upstream 2563133 61616870 ~ 61617244 (-) True G424474
TU480919 other upstream 2596230 61649967 ~ 61651775 (-) True G424499

Expression Profile