RNA id: TU510690


Basic Information

Item Value
RNA id TU510690
length 2169
lncRNA type intronic
GC content 0.40
exon number 2
gene id G451222
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 86417741 ~ 86422607 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

caggactgctgctccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctgctccacctgagctatgatagatgtaatacagtacagtactgctgctccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctgctccacctgagctatgatagatgtaatacagtacaggactgctgctccacctgacctatgatagatgtaatacagtacagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctgctccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctgctccacctgagctatgatagatgtaatacagtacagtactgctgctccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctgctccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctgctccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctgctccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctgctccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctgctccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacaggactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctactccacctgagctatgatatatgtaatacagtacagtactgctgctccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtacagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtgcagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtacagtactgctgctccacctgacctatgatagatgtaatacagtactgctgctccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtactgctgctccacctgagctatgatagatgtaatacagtacagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtacagtactgctactccacctgagctatgatagatgtaatacagtacagtactgctgctccacctgagctatgatagatgtaatacagtacagtactgctgctccacctgagctatgatagatgtaatacagtacagtactgctattccacctcaaatcaaatcaaatcaaatgttatttgtcacatacacatggttagcagatgttaatgcgtgtgtagcgaaatgcttgtacttctagttccgacaatgcagtaataaccaacaagtaatctagctaacaattccaaaactactaccttatacacacaagtgtaaggggataaagaatatgtacataaagatatatgaatgagtgatggtacagagcggcataggcaagatacagtagatggtattgagtgcagtatatacatatgagatgagtatgtaaacaaagtggcatagttaaagtggctagtgatacatgtattacataaagatgcagtagatgatatagagtacagtatatacatatacatatgagatgaataatgtagggtatgtaacattatattaggtagcattgtttaaagtggctagtgatatattttacatcatttcccatcaatttccattattaaagtggctggagttgagtaagtgtgttggcagcagccactcaatgttagtggtggctgtttaacagtctgatgaccttgagatagaagctgttttt

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU510651 lncRNA downstream 82866 86300595 ~ 86334875 (-) True G451186
TU510510 lncRNA downstream 114780 86251118 ~ 86302961 (-) False G451053
TU510508 lncRNA downstream 114780 86251687 ~ 86302961 (-) True G451053
TU510551 lncRNA downstream 281394 86136136 ~ 86136347 (-) True G451089
TU510463 lncRNA downstream 408308 86009111 ~ 86009433 (-) True G451013
TU510711 lncRNA upstream 43493 86466100 ~ 86466638 (-) True G451243
TU510624 lncRNA upstream 54211 86476818 ~ 86478516 (-) True G451159
TU510720 lncRNA upstream 96321 86518928 ~ 86519152 (-) True G451252
TU510721 lncRNA upstream 96713 86519320 ~ 86519645 (-) True G451253
TU510724 lncRNA upstream 101419 86524026 ~ 86524277 (-) True G451256
XM_021604612.2 mRNA downstream 157553 86253504 ~ 86260188 (-) True ak4
XM_021604610.2 mRNA downstream 158674 86253504 ~ 86259067 (-) False ak4
XM_021604611.2 mRNA downstream 158829 86253504 ~ 86258912 (-) False ak4
XM_036978620.1 mRNA downstream 169651 86187387 ~ 86248090 (-) True LOC110524725
XM_036978617.1 mRNA downstream 178054 86187387 ~ 86239687 (-) False LOC110524725
XM_036978626.1 mRNA upstream 134123 86556730 ~ 86712441 (-) False cachd1
XM_036978627.1 mRNA upstream 135659 86558266 ~ 86712442 (-) False cachd1
XM_036978628.1 mRNA upstream 340765 86763372 ~ 87043134 (-) False ror1
XM_036978629.1 mRNA upstream 632427 87055034 ~ 87067699 (-) True pgm1
XM_021604620.2 mRNA upstream 649224 87071831 ~ 87093894 (-) False efcab7
TU510403 other downstream 538767 85877733 ~ 85878974 (-) True G450957
TU510180 other downstream 930583 85486842 ~ 85487158 (-) True G450752
TU510133 other downstream 945861 85445681 ~ 85471880 (-) False lurap1
TU510077 other downstream 1074669 85342788 ~ 85343072 (-) True G450676
TU507563 other downstream 2501100 83916136 ~ 83916641 (-) True G448452
TU510750 other upstream 126231 86548838 ~ 86549878 (-) True G451271
TU510765 other upstream 174745 86597352 ~ 86597744 (-) True G451286
TU511053 other upstream 342976 86765583 ~ 86765987 (-) True ror1
TU511399 other upstream 819247 87241854 ~ 87243233 (-) True G451856
TU511933 other upstream 1075759 87498366 ~ 87499136 (-) True G452255

Expression Profile