RNA id: TU525006



Basic Information


Item Value
RNA id TU525006
length 6104
RNA type TUCP
GC content 0.35
exon number 5
gene id G462762
representative False

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 100050135 ~ 100089049 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence


tgtctctattataacatgacagaccagctagatctactgtatatattatcatgtgacagaccagctagatctactgtctctattttaatatgacagaccagctggatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattagattatgacagaccagctggatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtatctgttataatatgacagaccagctagatctactgcctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctggaactactgtctctattataacatgacagaccagctagatcttctgtatctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattttaatatgacagaccagctagatctactgtatctattataatttgaaagaccagctagatctattgtctctaaaataatatgacagaccagctagatctaatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgccagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctggaactactgtctctattataacatgacagaccagctagatctactgtctctattttaatatgacagaccagctggatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctggatctactgtctctattatattatgccagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctggatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctatattataatatgacagaccagctggatctactgtctctattatattatgacagatcagctatatctactgtctatattttAAAATGACAGAACCAgcttgatatactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccggctagatctattgtgtctattataatttgacagaaccctcaagatctaatgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagagctactgtctctattgtattatgacagagcagctagatctactgtctctattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagatcaggtatatctactgtctctattttaaaaTGACAGAACCAgcttgatatactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacatagcagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtttctatgtctctattatattatgacagaccagctagatctactctctctattatattatgacagacataatCTACATAatctactagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctacagtctctattatattatgacagaccaggtagatctactgtctctattatattatggcagacaaggtatatctactatatctattataatttgaaagacttgctagatctattgtctctataataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctccattataatatgacagaccagctggatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtatttattatcatatgactgaccagctagatctactgtttctattataatatgacagaccagctggatctactgtctcaattagaatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtttctatgtctcgattatattatgacagaccagctagatctactctctctattatattatgacagaccagctagatcgactgtctctataataaaatgacagaccaggtatatctactgtatctattataatttgaaagaccagctagatctattgtctctaaaataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattattacagaccagctagatctactgtctctattatattatgccagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctatattataatatgacagaccagctggatctaacgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtttcttttacaatatgacagaccagcaatatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctgttagattatgttagaccagctagatctactgtctctattataataacacagaacagctagatctactgtctctattataatatgacagaccggctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctggatctactgtatctattatattatgacagaccagctagatctattgtctctattatattatgacagaccagcaagatctactgtctctattataatatgacagaccagctggatctaatgtctctattataatatgacagacctgctagatctactgtatctattatattatgacagaccagctacatctaccgtCTCTATTGGATTacgacacaccagctagatcttctgtctctattataatatgacagaccagctaaatctactgtctctctgtctctattgtattatgacagatcagctagatctactctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtatctattataatatgacagaccagctagatctactgtatctattataatatgacagaccagctagatctactgtatctattataatatgacagaccggctagatctgttgtctctattataatttgacagaaccatcaagatatactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagagctactgtctctattatattatgacagatcagctatatctactggctctattataatatgacacacaagctagatctactgtctctatgtctctattgtattatgacagatcatctagatctactctctattgtattatgacagaccagctggatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctagtgtctctattatattatgacagaccagctggatctactgtctctaaaataatatgacagaccagctagatctactgtatctattataatatgaccgaccagctagatctactgtctctataacaatatgatagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctggatctactgtctctattataatatgacagaccagctacatctactgtatctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctataacaatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattataacagatcagctagatctactagttctattataatatgacagaccagcaagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagtcctactgtttctattataatatgacagaccagctatatctactgtctctattataatatgacagaaccatcaagatctactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagagctactgtctatattgtattatgacagaccagctggatctactgtctctattataatatgacagaccagctacatctactgtatctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctataataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattataacaaatcagctagatctactagttctattataatatgacagaccagcaagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagtcctactgtttctattataacatgacagaccagctatatctactgtctctattataatatgacataaccatcaagatctactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagagctactgtctctattgtattatgacagagcacctagatctactgtctctattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagatcagctatatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtatctattataatatgaccgaccagctagatctactgtctctataacaatatgatagaccagctagatctactgtctctattagattatgacagaccagctggatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctaatgtctctataataatatgacagaccagctagatctactgtatctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctggatctactgtctctataataatatgacagaccagctagatctactgtatctattataatatgaccgaccagctagatctactgtctctataacaatatgatagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctggatctactgtctctattataatatgacagaccagctacatctactgtatctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctataataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattataacaaatcagctagatctactagttctattataatatgacagaccagcaagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagtcctactgtttctattataacatgacagaccagctatatctactgtctctattataatatgacagaaccatcaagatctactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagagctactgtctatattgtattatgacagagcagctggatctactgtctctattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattacgacagatcAGCtataactactgtctctattataatattacaaaccagctagatctactgtctctatgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctatgtctctattatattatgacaaaccagctagaactactgtttctatgtctcgattatattatgacagacctgctagatctactctctctattatattatgacagacatgaACTACATAatctactagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtatctattataatatgacagaaccatcaagatctactgtctctatgtctctattatattatgacagaccagctagagctactgtctctattgtattatgacagagcagctggatctactgtctctattaaattatgacagaccagctagatctactgtctgttatattatgacagaccagctaaatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctggatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctatattataatatgacagaccagctggatctactgtctctattataatatgacagaccacctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctggatc

Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU524983 lncRNA upstream 5937 100050135 ~ 100060632 (+) False G462762
TU525216 lncRNA upstream 59045 100007203 ~ 100007524 (+) True G462905
TU525175 lncRNA upstream 127954 99937907 ~ 99938615 (+) True G462864
TU525172 lncRNA upstream 199693 99866570 ~ 99866876 (+) True G462861
TU525140 lncRNA upstream 253583 99812638 ~ 99812986 (+) True G462831
TU525493 lncRNA downstream 49469 100135473 ~ 100142864 (+) True G463100
TU525503 lncRNA downstream 63210 100149214 ~ 100149654 (+) True G463109
TU525509 lncRNA downstream 81342 100167346 ~ 100175459 (+) True G463114
TU525541 lncRNA downstream 138225 100224229 ~ 100225638 (+) True LOC110524906
TU525545 lncRNA downstream 140500 100226504 ~ 100227625 (+) False G463139
XM_036979002.1 mRNA upstream 665011 99374155 ~ 99401558 (+) False LOC110490602
XR_005051933.1 mRNA downstream 59599 100145603 ~ 100157146 (+) True LOC118964709
XM_021604870.2 mRNA downstream 96923 100182927 ~ 100191165 (+) False si:ch211-121a2.4
XM_021604869.2 mRNA downstream 96931 100182935 ~ 100191165 (+) False si:ch211-121a2.4
XM_036979016.1 mRNA downstream 96945 100182949 ~ 100191165 (+) False si:ch211-121a2.4
XM_036979015.1 mRNA downstream 96961 100182965 ~ 100191165 (+) False si:ch211-121a2.4
TU524704 other upstream 582609 99483383 ~ 99483960 (+) True G462549
TU524551 other upstream 688464 99374197 ~ 99378105 (+) False LOC110490602
TU524555 other upstream 688464 99374331 ~ 99378105 (+) False LOC110490602
TU524242 other upstream 1007215 99058883 ~ 99059354 (+) True G462233
TU523975 other upstream 1233658 98832457 ~ 98832911 (+) False G462037
TU525518 other downstream 85133 100171137 ~ 100171897 (+) True G463119
TU525543 other downstream 140500 100226504 ~ 100230173 (+) False G463139
TU525578 other downstream 183557 100269561 ~ 100291594 (+) True G463164
TU525706 other downstream 393617 100479621 ~ 100482754 (+) True G463269

Expression Profile