RNA id: XR_005051978.1


Basic Information

Item Value
RNA id XR_005051978.1
length 2278
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 3
gene id LOC118964801
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048570.1
NCBI id CM023224.2
chromosome length 101096859
location 543104 ~ 545704 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

ACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCACTAATGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCACTAATGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCACTAATGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCACTAATGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCACTAATGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCACTAATGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCACTAATGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCACTAATGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTTTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCTGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCACTAATGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCACTAATGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGACCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCACTAATGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCACTAATGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCACTAATGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCAGACCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCACTAATGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCACTAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTTTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCACTAATGTGTTTATTAGGTCTAGTCTGTCTAATAAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCTGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTAGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCACTAATGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCAGTCCAGTGTGTTTATCAGGTCTAGTCTGTCTAATTAACCTCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU526932 lncRNA upstream 8711 533938 ~ 534393 (+) True G464120
TU526902 lncRNA upstream 88014 454317 ~ 455090 (+) True G464092
TU526613 lncRNA upstream 104182 438576 ~ 438922 (+) True G463893
TU526614 lncRNA upstream 104783 437649 ~ 438321 (+) True G463894
TU526612 lncRNA upstream 105941 436884 ~ 437163 (+) True G463892
TU526869 lncRNA downstream 21946 567650 ~ 570254 (+) True G464067
TU526938 lncRNA downstream 47623 593327 ~ 599273 (+) True G464126
TU526945 lncRNA downstream 60693 606397 ~ 608103 (+) True G464132
TU526954 lncRNA downstream 69416 615120 ~ 615541 (+) True G464138
TU526973 lncRNA downstream 97184 642888 ~ 643281 (+) True G464154
XM_036979169.1 mRNA upstream 467240 56073 ~ 75864 (+) False LOC118964800
XR_005051976.1 mRNA upstream 467240 56073 ~ 75864 (+) False LOC118964800
XM_036979167.1 mRNA upstream 494103 43896 ~ 49001 (+) False LOC118964799
XM_036979168.1 mRNA upstream 494277 43896 ~ 48827 (+) False LOC118964799
XM_021605078.2 mRNA downstream 6077 551781 ~ 554254 (+) True LOC110525134
XR_005051981.1 mRNA downstream 9460 555164 ~ 555893 (+) True LOC118964804
XM_036979181.1 mRNA downstream 18573 564277 ~ 602519 (+) True tars1
XM_036979187.1 mRNA downstream 229960 775664 ~ 1118589 (+) False slc4a4a
XM_036979183.1 mRNA downstream 312604 858308 ~ 1118589 (+) False slc4a4a
TU526870 other upstream 84098 456833 ~ 459006 (+) True LOC110525138
TU526492 other upstream 274953 265409 ~ 268151 (+) False G463813
TU526495 other upstream 274953 265409 ~ 268151 (+) True G463813
TU526352 other upstream 490614 43925 ~ 52490 (+) False LOC118964799
TU526351 other upstream 492229 43925 ~ 50875 (+) False LOC118964799
TU527663 other downstream 683001 1228705 ~ 1229099 (+) True G464705
TU528322 other downstream 1516624 2062328 ~ 2064067 (+) True G465203
TU528467 other downstream 1854057 2399761 ~ 2409258 (+) True zfr
TU528499 other downstream 1859415 2405119 ~ 2406090 (+) True G465355
TU528673 other downstream 2259679 2805383 ~ 2834110 (+) True LOC110525071

Expression Profile