RNA id: TU559292


Basic Information

Item Value
RNA id TU559292
length 8009
RNA type TUCP
GC content 0.41
exon number 2
gene id LOC110525655
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048570.1
NCBI id CM023224.2
chromosome length 101096859
location 27827231 ~ 27885634 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

TTTCTCAATGTCAACTTAATTGCTGTATCATCTTGTCTCCATTTACACATCTCAAGTCTTATCCATTACTCTGTGCCTTCTCTCCTCTGCAGAGCTGAAAGGGGTGAGTAATGGTTACGCTGTGCTGGACGAGGGGGGTTCTGAAATTGAGCTGCCTGGAGAAGGTCACAGAGCAAACGAAGGCTGTATCCACTCCAGCGATGATGAGGAGGAAGAcgacagagtgaaggaggagcAGGGCAGGAGGGCCAGTGAGAGTGATGTGGTTCATGACTGCAGTGGCTCCAGACCTTTGCTGCTGgattcagatgaagaggaggagcaggggtCTGAATTACTCCTCACATCCTCCCAGCCATCCCTATCACACCCACAACTCTCCAATTCCTCCCACCAAACTACCCCATCCCTCTGTGCCCCATCCCTGAATCATTCCCACCAGATGCCACAGCAAGCCAGGGTGGTTGAGGTTGTCCCTGATGTCTTCTTCAAATCCCCCTTCAGGCTTGAACAAGAGGCAGGCGACGTGTTCGCAAATGCCCCCTTCCAACGTCCCCCTGTTGTGGCTCAACAGCATCCAGACGTCTTCCTGCAGGCCCCCTTTGTGAAGCCCAAGACCCAGCACCCTCACCCAGCTGTGGTTCACCCTGTGGCCCCTGAACCAGCCCTCTTGAGCCAGGTGGCCACACAGCCTTTCCGCCCACAGGCCCTGGCCAAGTACTCCCGACACTTTGAGGGCCCCTTGCCTCACCAACCTGTGACAGCTCAGAGGGTGGTGTCCAATGTGAGCAGGCAAGCTGCTGTGGGCCCCTTACACTCCTGGACTTCAGAGGTGAACTCAGTAGACCCCTTTGTCTCTGCGCCCTTTCACATCAAGGCCCCACAAGAAAAGCCCTGAAAGATCCCATCCTTCCCTACAGGGAAGCGGAGCCCACACCTGTGCACACTACAGTAAGGCATACACACTGTATGCTGTCACCTGCACCGGGGCTGGACTTACAAACTTCAAACATTCTAGATATTGAGCAAGGTCATCGATGTGTTTTTTTGCTGCAGTGGAATTGAGGTGGGTCCTCATTTATAAATGCTGTGTACACACAAAATATGCCCCAAAACATGCATGCAGCAGTTTAAGCAAAAGTTGTCATTTATAAAAACTGAACTTGACGTGAGAATGTGATTATCCTGCCTCCATGCGTATGCAGTTTCAAGTGGTTGAATTTTTGCATTGCAATTAAGGGAAAAGTAGCGTAGTAGCCTTGTGCATGAATACagtggccttcagaaagtattccacaTTTAGTGAATTATGTGAAGCCTGAATTCTAAATGGAtctttacccatctacacacaataacctatgacagtgaaaacatgtttatagaaatgttgcttatttattgaaaattaaatacagaaatctcatttacataagtattcacacccctgagtcaatacatacctttggcagtgattacagctgtgagtctttattggtaagtctaagagctttgcgcACCGTAAATGTACAGTATTTGCACATTCTTTTAAAATGATATTGTTTGGTGATctttgctagacagacattttaagtcttgccatagattttcacgctgatttaagtcaaaactgcaactaggccactcgggaacattcaatgttgtcttggccttctgaaaggtgaatttgtctgttggaaagcagactgagtcaggttttcctctaggattttgcctgcgcTTACCTCCAGTATATTTTTATTCcccaaaaactccctagtccttgccattGACGAGCATACCcatcatgatgcagccaccaccatgcttgaaaatatagtgATACtcagatgtgttgtgttggattttcctcaaatataacgctttgtattcaggatataaagtacatttctttgccacatttttggcagtttcttgcaaacaggatgcatgttttggaatattttttattctgtacaggcttttgtcatttaggttactcttgtggagtagctacaatgttgatccaccaagctcaaagggatattcaatgcttgtttatttttacccatctaccaataggtgccttgcTTTGCGAGGGATtttaaaacctccctggtctttgtggttgaatatgtgtttgaaattcactgctcaactgagggactttacaCTTATCTGTATGTGTAGTGTACAGTGATGAGATGGTCACTAAAAAAAATTCTGTTAAACTATTGCACAGTGTGAGTCCATGGAACTTGTGACTTAAGACTATTTTTATTTAGGTTGCCATAAAAGATGACtcaagcttttcatttttttattaatttgttaacatttcaactttcacattatggggtattgtgtgtagcccaGTGagacaatctcaatttaattcattttaaattcaggctgtaaaataaAATAgccaaatgtggaaaaattcaagggttctgaatactgaATTCTGAAGCCACTGTATATAATAATACTCGAATTCATAACAAAAACAGGTAGCTAAATATAACAAGATACAGTAATTTGTCATTAGTGAGATGAGCAAAAATCTATTTTCTTTGCATTCTAAAATAATTAGAAAAGTAATTTTAAATTTCCATGATCATTTCATAATTAATTCCTCACCTTTTCTGACTAATGGCTTCATATTCACAAAATTGCCTATAGGCCTGAAGCAAGTTATTATAGGCTACAATTGATCCAATTTCTCAATTGATTAAACCCACTTTACAATAGTAAATAGATGGGCTATTTCAAGTATTTTGCTCTATGCAATCTGACGTGAAGCTCAGTTTAACGGTGGAAGAGACGGTTCCTTTTCCATTAACGTTTGTAGGCTACCTCTGAATACTGTGCTGTCAAATTTCTCGGGTAGACAATATTTCATTTATAAACATGCATACACcgagtacacaaaacattaagaacaccttcctaatattgagttgcaccactttttgccctcagaacagcctcatttcGTCGGGGCAtggtctctacaaggtgtcgaaagcattccacaagaatgcttcccacagttgtcaagttggctggatgtcatttgggtggtggaccattcttgatacacacgggaaacttgaGTGTGAAACCcagaagcgttgcagttcttgacacattggtgcgcctgggctggcacctactaccataccccgttaagAGGCATTTaactcttttgtcttgcccattcaccctctgaatggcacacatacaaatcATGTCTCAAATCCATCTTTAacgtgtctcctccccttcagctacactgattgaagtaaatgtgacatcaataagggatcatagcttttacctgaaattcacctggtcagtctgtcatggaaagagcaggtgttcttaatgttttgtacactcggtgtataggCTTATCATAACCATTGCGGAATACATTCCTTACCTTTTCTGTCCAAGTTGAGTTCATATTTCTGACACAACCATACAATAAATGCATTTAAACGCAGTTTTACACAATTccggacatttaatcctagtaaaaaatccctgttttaggtcagttagaatcaccacttttatttaaaaaatgtgaaatgtcagaatagtagagaattatttatttcagcttttatttctttcatcatattcccagtgggtcagacgtttacctaaactcaattagtatttggtagcattccctttaaattgtttaacttgggtcaaacgttttgggtagccttccacaagcttcccacaataaattggatgaattttggcccattcctcctgacagagctgagtcaggtttgtaggccttgctcgcacacgctttttcagttcggcccacacattttctataggattgaggtcagggctttgtgatggccactccaataccttgactttgctgtccttaagccattttgccacaactttggaagtctgcttgtggtcattgtccatttggaagacccacttgcgaccaagctttaaattcctgactgatgtcttgagatgttgcttcgatgtatccacataattttcctccctcatgatgccatctattttgtgaaatgcaccagtccctcctgcttcaaagcacccccacaacatgatgctgccacccccactgCTTCACAATTGGGacgttgttcttcggcttgcaagcctcccccttttccctccaaacataacgatggtcattattgccaaacagttatatttttgtttcttcagaccaaaggacatttgtccaaaaagtacaaggtttgtccctatgtgcagttgcaaaccgtagtctggcttttttatggttgttttggagcagtggctgctTCCaagctgagcggcctttcaggttatgtcgatatagaacttgttttactgtggatatagatacttttttgtACCCGTTttcaccagcatcttcacaaggtcctttgctgctgttctgggattgatttgcacttttcgcatcaatgtacgtccatctctaggagacagaccatGTCTCTTTCGTGAGCGGTATGACCgatgcgtggtcccattgtgtttatacttgtgtactattgtttgtacagatgaacgtggtaccttcaggcattcgGAAAATgcacccaaggatgaatcagacttgtggaagtctttTTTTTCTGTCTTTCTGATGTCTCAGTGCAAAGAGGCACTgcttttgaaggtaggccttgaaatacagccacaggtacacctccaattgactcaaatgatgtcagaagcttctaaagccatgacataattttctgtcattttcaaagctgtttaaaggcgcagtcaacttggtgtatgtacatttctaacccactggaattgtgatagtgaaataatctgtctgtagacaattgttggaaaaattccttgtgtcatgtacaaagtagatgtcctaaccgatttgccaaaactataagaaatgtgtggagtggttgaaaaacaagttttaatgactcctacctaagtgt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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU559308 lncRNA downstream 33485 27791875 ~ 27793746 (-) True G492208
TU559307 lncRNA downstream 50284 27776556 ~ 27776947 (-) True G492207
TU559335 lncRNA downstream 51426 27775598 ~ 27775805 (-) True G492235
TU559329 lncRNA downstream 56424 27770598 ~ 27770807 (-) True G492229
TU559279 lncRNA downstream 97940 27729057 ~ 27729291 (-) True G492195
TU559312 lncRNA upstream 1126 27836428 ~ 27885634 (-) True LOC110525655
TU559383 lncRNA upstream 57566 27892868 ~ 27893100 (-) True G492279
TU559388 lncRNA upstream 60980 27896282 ~ 27896518 (-) True G492284
TU559394 lncRNA upstream 74264 27909566 ~ 27909770 (-) True G492289
TU559400 lncRNA upstream 78973 27914275 ~ 27914474 (-) True G492295
XM_036981825.1 mRNA downstream 7029 27817576 ~ 27820202 (-) True LOC118965072
XM_021605975.2 mRNA downstream 14349 27798270 ~ 27812882 (-) True LOC110525654
XR_002473790.2 mRNA downstream 90207 27734995 ~ 27737024 (-) False LOC110525653
XM_021605970.2 mRNA downstream 103228 27714131 ~ 27724003 (-) True LOC110525649
XM_021605969.2 mRNA downstream 103229 27714131 ~ 27724002 (-) False LOC110525649
XM_021605978.2 mRNA upstream 1127 27836429 ~ 27867279 (-) False LOC110525655
XM_021605980.2 mRNA upstream 3959 27839261 ~ 27867279 (-) False LOC110525655
XM_021605986.2 mRNA upstream 192874 28028176 ~ 28044286 (-) False LOC110525658
XM_021605984.2 mRNA upstream 192874 28028176 ~ 28044300 (-) True LOC110525658
XM_021605987.2 mRNA upstream 209503 28044805 ~ 28105169 (-) True LOC110525659
TU559251 other downstream 90253 27734996 ~ 27736978 (-) True LOC110525653
TU558571 other downstream 583038 27216607 ~ 27244193 (-) True G491539
TU558306 other downstream 960073 26824867 ~ 26867158 (-) True G491291
TU557799 other downstream 1275604 26547222 ~ 26551627 (-) True LOC110525619
TU557449 other downstream 1369390 26455732 ~ 26457841 (-) True tmem230b
TU561692 other upstream 1575913 29411215 ~ 29415314 (-) True G494389
TU561696 other upstream 1643353 29478655 ~ 29483346 (-) True LOC110525681
TU561743 other upstream 1666951 29502253 ~ 29503391 (-) True LOC110525684
TU561865 other upstream 1840021 29675323 ~ 29675573 (-) True G494542
TU562998 other upstream 2691384 30526686 ~ 30527546 (-) True LOC110525714

Expression Profile