RNA id: XR_005052230.1


Basic Information

Item Value
RNA id XR_005052230.1
length 4503
RNA type mRNA
GC content 0.49
exon number 3
gene id LOC118964927
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048570.1
NCBI id CM023224.2
chromosome length 101096859
location 70498546 ~ 70503416 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

tcgatcctgactagtctcccagtccctgccgctgaaaaacatcccgacaGCAAGATATCTAGATATCTAAATGAGAGAgccccataggagaaccttttttggttccaggtagaaccattttgtgTTCCATgaagaacccaaaagggttctacctgaaaccaaaacgGGTAATCctatgggggagagatggagggccTGGTTCGGCTTTCAAGTTCTGTGTGTGTCCAGTCCTCTCATAATTGTCCCCTGTGCCTGGGATGGTGGGATTTTTTCAGGACATGCACCACTTGTGGTGTTTGGACCTGGGCCATGCCTCCCCTCATATCCTCCCgtctctccctcctgcctcctTTTCATTGTTTTGGGAGTGCAGTGTTGACTCAGGAAAGGGACAGCAAGAatggcctctcctctctccctgctctcatCCCCTGTTCTCCCCCTCCTTTCCGTCCCCCCATTCTCCCCCATTGTGGTCTGTTCAGTGTTGATTGAGGCCAGTACAGTCAGGGCCAGGCTGAATGGCTGGGTGAGAATTGCTGCTGTGCTATGTGAATGAGGTCTGTCTGTATTGTGTGGAGGCCAGCCCACTGGCTGGGGTTCCCCATGCTAGGCCTGGAGCTGCTTGAGTCTGGGTCCGTACAGGCCAGGGGATCTGGGCCAGACCAAGGGATCTGAGCAAGACCAGGGGATCTGGGTCAGGCCAGGGGATCTGGGTCAGGCCAGGGGATCTGGGTCAGACTAGGGGATCTGTGCCAGACCAGGGGATCTGCGCAAGACCAGGGGATCTGGGTCAGGCCAGGGGATCTGGGCCAGGCCAGGGGATCTGGGCCAGGCCAGGGGATCTGGGCCAGGACAGAGGTTCTGTACAGGACAGGGGATCTGGACCAGGCCAGGGGATCTGTACAGGACAGGGGATCTGAGCCAGGACGGGATCTGGGCCAGGACGGGATCTGGGCCAGTACAGGGGATCTGTACAGGACAGGGGATCTCTACAGGACAGGGGATCTGGACCAGGCCAGGGGATATGGGCAAGGCCAGAGGATCTGGGCCAGGACAGGGCACCTGGgccaggacagagagggaggacaggccactgtgttctcctCTGTCATAGAAAACAACAACTATATCACAACATGACCTACGTTCATTTGTGCTctactcattcattcattcattcattcattcattcattcattcatttattcagtAAACCTGTTCCGTTATACAAAGGACCACAACGAGACCACATGTTGGTTAGTCACTTACTTCACAGCTGGCCTGTAGCTGACGTGGTCTGTAGACCATAGATTACTACCACATTGTGCCCCAGACCTACATACTTGACATGTGCCAGCCATTAGAGGTCAGGCGGCTGGCATCTGTCTCAGTGCCTGGCATAGAGTGGTATGGCCAGGGGTAGAGGAGCAGGCTGGAAGCTGGCGAAGTTTCCCAGTGCCCCCCTCTTTTCCCATGGCCCTGGTTTTACTAGGGTTTTATACCAATGTAATTACAGAGTAGAGACAGTACTGTAACAATGTAACTACAGcccagctctttctctctctcaaacactccCTCACTCCCAAACTTAGATCAGCCCACGAGCCAGAGGAAACAAACCTCAaacactgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtctgccagggGTTGGGAGCAGTAGCAGGTGTTTGCTCGCTGAAACACGCGGGCAAAGCAGCTGGACTGtgccacagctgtgtgtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatgtgtgtgtagcaCCTGGACACAGCTGGACTGTATGGCAGGCAGTAGCTAATAGAATAACTGTGTTTCTGGCCAGACGTGAGCTCCTACACTCAGCCTGTTCAACAAGTTATAGTATTCATTTCactagctctccctctctcccacacacacacagttccattGCCAAAGTGCTTTCTTTTTATTCTCTATATTGATTTTTGGGATCTCTTTACTCCTTGTTCTTTCAGGTCTTCTTTTAGTTCTGGGTGTGTCATTTCAGagtcatttgaaggggtgaggtatggtgttgtggtggtgtgtcaTTTCAGagtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGATGTTGTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtatggtgttgtggtgatgtgtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGATGTTGTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtatggtgttgtggtgatgtgtcatttgaaggggtgaggtattgtgttttggtgatgtgtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGGGTCATTTCAGagtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtatggtgttgtggtgatgtgtcatttgagtcatttgaagGGGGGAGGTATGGTGTTTTGGTGATGtgtcatttgaaagggtgaggcATGGTGTTTTGGTGATGTGTCATTTGAAGGGGTGAGGCATGGTGTTTTGGTGATGTGTCATTTGAAGgggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATgtgtcatttgagtcatttgaagTGGGGAGGTATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGTGTCATTTGAAGGGGTGAGGCATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATgtgtcatttgagtcatttgaagTGGGGAGGTATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGTGTCATTTGAAGGGGTGAGGCATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGTGTCATTTCAGagtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTGTGTTGATGTGTCATTTCAGagtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGATGTTGTGGTGATGTGTCATTTCAGagtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTGTGGTGATGTGATGTGTCATTTCAGAGTCATTTGAATGGTGAGGTATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTGTGGTGATGTGTCATTTCAGagtcatttgaaggggtgagGCATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGCTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGTGTCATTTGAAGGGTGAGGTATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTGTGGTGATGTGTCATTTCAGagtcatttgaaggggtgagGCATGGTGTTTTGGTGATGTGtcatttgaaggggtgaggtATGGTGTTTTGGTGTATGGCAATTACAGTAGCAATGTGTCTGCTTGTGAAAGGGGTCTGCTCTGCTTTGCTCTAGTCCTGCTTACCTCcccacctttccctctctcctcctctccctttctcacccctctccccccaTTCTGCTGATAGTCCTAATGAGGTGAGGAGAGCAGGGTTCTGTAGCACCTCTCAGTTTAGGATGCCATACCAGGACAACTGGTCATACCAGCAGCAAGGGAGAGAGCTCAGCCAAAATAGACACTCACacctggctatatacagtatgccCTATACACAGCTAACCAATCAAGGACTAGGTTACTGTACCCCTTAACACACCCAGCTAACCAACCAGGGATTAGGTTACTGCAGTGTACCCCTAACTGTACGGGCCATAGCCAACCAATCAGGGAATGGCCAAATAGGTTTGTTGCGAGGGCAGGATGGCTATTGTCTGACATAGCAGATCTGAGCTGCCGGAGTGAAGAAGATAGATATCCTCCTTAAATTACAACCCCTCAAGTCCTCACCACCATAAATTACACCTCACCCCCTCTcagcctctctttcctcctctatgTACCCCTCACCCCATCCAagcctctctgtcctcctcaccccc

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU612251 lncRNA downstream 3098 70495113 ~ 70495448 (-) True G540614
TU612247 lncRNA downstream 11266 70486935 ~ 70487280 (-) True G540610
TU612246 lncRNA downstream 11670 70486606 ~ 70486876 (-) True G540609
TU612245 lncRNA downstream 12504 70485556 ~ 70486042 (-) True G540608
TU612241 lncRNA downstream 17185 70481154 ~ 70481361 (-) True G540604
TU612263 lncRNA upstream 3047 70506463 ~ 70506668 (-) True G540625
TU612264 lncRNA upstream 3926 70507342 ~ 70507894 (-) True G540626
TU612267 lncRNA upstream 7523 70510939 ~ 70511159 (-) True G540629
TU612274 lncRNA upstream 16869 70520285 ~ 70558002 (-) True G540635
TU612306 lncRNA upstream 73393 70576809 ~ 70577015 (-) True G540664
XM_021607488.2 mRNA downstream 474024 70015270 ~ 70024522 (-) True LOC110526482
XM_021607490.1 mRNA downstream 474127 70015270 ~ 70024419 (-) False LOC110526482
XM_036980864.1 mRNA downstream 474913 70015270 ~ 70023633 (-) False LOC110526482
XM_021607489.1 mRNA downstream 477988 70015270 ~ 70020558 (-) False LOC110526482
XM_021607487.2 mRNA downstream 483614 69975945 ~ 70014932 (-) True dusp22a
XR_005052232.1 mRNA upstream 23680 70527096 ~ 70556412 (-) True LOC118964928
XM_021608132.2 mRNA upstream 89142 70592558 ~ 70593481 (-) True LOC110526959
XM_036980870.1 mRNA upstream 96585 70600001 ~ 70613388 (-) True LOC110526960
XM_021607497.2 mRNA upstream 120412 70623828 ~ 70666213 (-) False LOC110526488
XM_021607498.2 mRNA upstream 512631 71016047 ~ 71136889 (-) True mafa
TU611977 other downstream 391371 70103798 ~ 70107175 (-) True G540376
TU611227 other downstream 808531 69688907 ~ 69690015 (-) True G539714
TU611171 other downstream 882227 69615754 ~ 69616319 (-) False G539674
TU610935 other downstream 1209050 69273118 ~ 69289496 (-) False LOC110526462
TU610933 other downstream 1211456 69273118 ~ 69287090 (-) False LOC110526462
TU612280 other upstream 147548 70650964 ~ 70665861 (-) True LOC110526488
TU613499 other upstream 1106115 71609531 ~ 71610006 (-) False G541798
TU613501 other upstream 1106115 71609531 ~ 71612692 (-) False G541798
TU613497 other upstream 1108688 71612104 ~ 71613840 (-) False G541798
TU614997 other upstream 2096859 72600275 ~ 72721818 (-) False G543091

Expression Profile