RNA id: TCONS_00033986


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00033986
length 8224
lncRNA type antisense_over
GC content 0.32
exon number 2
gene id XLOC_016952
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 55215186 ~ 55224575 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATTACATACAAAATACATATAAAGAAATTTCACTGAGAAAATACAACAGCACAAATTACAATGTTGTTAGGAACCCCATTCTTATCAATGACCCAATGTATTAACATAAAAAATCAGTGCAAAAAATATCTCTTTTATTATTCATGATAATAACATCATTACACAAACAGACAGGATGAAGAGTTTGATAATCCTCAATGTCACCGACTGAAACAGAACTTTGTTAAAAAGCAGCAAAAGGACTGATTGAGCAGAAGAACCAGCAGAAGCTCGCAGACCACACAATAAAGCACATTCACAAAGAAGCCAGATATAGAGAAAGAAAATTACTCGTTCACGGtcaggagaaagaaagaaaaaaatgtctgTTGAGAATTGTGAAAACCTTAAACATTTCAAACATTATGAAATCAGCAAACTTTCTGTCTACAAGTAGtacaagtgtttttaaaaagcacaacagAGAATATACAGAGAAACGTTCCACCTGATGTGATACCAAATGCACCTAAAACCATAAGAATCCATATCTACAGCATTTCATTGAACGATACTATCCCATCATAATCCCAAATGGCATTGTTTAAAGTATTCATGGCATCAGGGAccatacaatgaaaaaaaatattcagagatgattccttaaatttactcaatttgtttacattaagtggtagtaaacaatttatttgtgttgaatttaaacaaacaaattaagttgaacattattaaacttaatttgtttgtttaaatttaacacaaataaattgttcgcaacagttctgcatgcaacacttttttcagtgtacattaaataaaaatgctggTTTTAATAAAAAGAGTTTGTCTaatttcttgtccaaatatctaaaaactcttgaATCAAAaggattttctagacaagtaaaatatcctgttgtgtgttcagaaataaTGGGTCAAAATTAAGTGACGTTACAGAAGAAGTCTGGTAACATAAAATATCACAGTCTGCTACAAATCACTGACTATAAAATATCTATAGTGATTTATGTGaaactgcattttaaaattaaattagggGGTTGGAGAAACTAATAAATGATAGTAGTTAAAGAAATGagactaattaaaataaatatttagtaatttagttgcagacgttttggccccgaAGGCCTTCCATATTTTCGTAATAATTACTCTATGTTCGCAATTATGTTTACTTTTATTAGTTTAGTTGTAAATATTTTGtcgaaataaaatgttaatttgtatTATAAATAGAATTTGCACTAGAAATAAAAGGCAAACGCATATTTCGTTGCATtttgtacaatgacaataaagattcTGGTTAATAAATCTGGGGAGGTAGATGGCGACAACCATTTAAATGTGACACTTCATTAATCTTTAAATACGATTAATCTAATGAAACCTGAAGTCTTTATAAGAGAGTTATTGAATCGTTAACTGACATgtgaaaaatattgcttaaagcaGGCATGTCCAGATCtggtccttgagggccggtgtcctgcaaagtttagttccaagcccaatcagacacacctggtctagctaatcaagctcttactagccattctagaaacatccttgctggtgtgttggagctaaaatctgcaggacgtcggccctccaggacagagtttggacacccctggcttaaagaAACaagactaattaaaaaaataataatttagtagtTTAGTTGCAGACATTTTAGCCCCAACGACCTTCCATATTTTAGTAATAATTACTTTGTTTGTAATTTTATCTACTTCAATTAGTTTAGATGTAAATATTTAGTCCGTTTAAGATGTTAACTTGTATTTTCTCCCCTATGTTGTGCAAGTATTTTGGGTCAGCCTGGCCTGCCTGacttctttgtattttttttcaagactcAATTCGTCACTCTGAAGTAGACTAGCAGCGGCATGATAATGTAAAACAAAGTGAGTTTGtgcttaaaacaagccaaataatctagtaaaatatattatttatgtaccccaatggcagataatttagcatattttaaagaaaaacacttaattttgacttttttttttcagcttaagtTTTTACTTAGCTGGGTTCTGATGTACTTCCCCAATCTCACAAGCACGGAATTGTGCACAgttatctgctttttaagtagttggagcattttaattatttgcggtctcctccctcgccatagtaagctaccatCATATAAGGCATGTcgtaaatgatgtcagtacataataactagttatgattattactgaaacGATACTTAATTATTTGCGTCTGCATTGTGGTgtgttgaacattttttttttttacatccctaAACGTTTTGGCCCCAATGGCCTTCCATATTTTCGTAATCATCACTTTGTTCGtaattttgtttaattgattCAGTTGTAAATATCTTTTTCTGTATAAGatgttaatttgtattttcttcaGTGTTGCACAAGTCAGTATTTTGGGTCAGCCTGGCCTGCCTAACCTCTTTTTTAAATTCAAGACGTGTGTCTGTTCACTACTTACTTTTATGTCACTGTAAAGTAGGCTAGCAGCAGCATGATAATGTAAAGCATATAACATAAATTAAAACTAAGGgagtttttgcttaaaacaagctaaataacagaaaaatatattgtttacttACCCCAATGGaggataatttagcttgttttaaagagaaacacttaattttgacttattatttgaAGCTTTTATTTTTTCCTAGCTGAGTTCTGATGTACTTCCCTGTCAGTGAAAGAGCGTctagcaaactcacaagcagtgaattgtgcacagctatctgctttttaagtagttggactCCCTCTACtccttcgccatagtaagctaccgccATATAATGCATAtgtgataaatgatgtcagtacatagtAATcgattatgattattactgaactgataccaaATTGTTTGCGTCTGCATTATCAGTGCAtcgaaaaaacaattaattttgacaccccatAAATGTTTTGGCCCCGACGGCCttccatattttaataaaatagctttttttgtaattatgtttaaCTTGATTAGTTTAGTTTCTCATGTTATTTTGTATTATCTCCCCTATGTTGTGCAAGTATTTTGGGTCAGCCTGGCCTGTCCAACtccctttttttttattcaagacaCATTTCTGTTCACTACTTACTTTTAGGTTGTTGTGAAGTAAGCTAGCAGCAGCATGATAATGTAAAGCATGTAACGTAAtgcaaaattaagtgagttttttcttacaacaagctaaataaaatagcaaaatatcttatttacatACCCCaatggcagataatttagcttgcttaaaaaaaaagaacaacacttttgacttattatttacaGCATTCACTTTTTTTCTAGCTGAGTTCTGATGAACTTCCCTGCCAGTAAAAGACTGTctagcaaactcacaagcagtgaacTGTGCACAGTTATCTGCATTTTAAGTAGTTGGACTCCCTCTCCTCCTTCGCCATAGTTAAGTTACCGCCATATAACACATATCTGATaaagacgttttggccccaatgACCTTCCATATTTTTGTAATAATCACTTTGTTCGTAATTTTTTACTTCAATtcagttgtaaatattattataatttagcttgttttaaagataaaacttcaaaattaagtttttttatatCTAAAAACACAACAGTATTATTTACTTTTCTACAAAATGCATCTTGATTCAAAAGCTTTGTTAGATATTTGaactacaaaaagacaaaaaaataaaaaaatgtgtaatacactgtaaaaatatctgtaaattagatggtttttcatattttgtgatccatgtttttaattttcacgtgtatttatgcttttgaattgcattatcaGAGCTTGATTTTTCTTTcagcaacttttaaccttaaaaagtagaaaaaagtgacttttattaacatttttagtagtttaaagtataaaatggtctgagttggtgttgtatattacgctacaaacaccATGTAATAAACCACCCGTgcattctgttattttacacacatatttctccatttattatttcttatacattattttattatattttaactactaaaatgtcaataaaagtcactttggtaaactgtagagtttaatttttaacatcaaaagtcagaAGTCAACAtcccaaaatgtaaataaacacttgtgaatcacaaaatacagatttttttaacagtgttattccaattaattagtaataaaaacaaaataaagcaaagaaaTAAGCTAAATGAGCTGTGTTTGGGATCTACAGTGTACAATTGATGAATCTGTCAAGCGCTATAATGCACTAAAGAAACTCAGAAAACCGAAGCATGCAGAAAAAGAAGttcagcaaacagccaatcagagagcagaGCCGAACACCTAACATTTGCATATGAAATCCTCAGTGGTTTGCATTACATTTACATAGCCAAATTCATTTACGTACAGGTGGCTTTTGAGTAGTGGTTCGATGGGTTGTGATCGaactgaaaacaacaacaaacctcTAATAGCCATGCATGTGTAATTGTCAATTGTAAATATGTAGGGGATACAGTTAATACAAAATAATCTGTTTTAAACAAATCAACTTTGTAACTGTGTCTACATTTCAGACTGGGGGCTTTTAATCTTTGAATTTCCAGGAGCCTGAGAATAAAGTGCAAATGCTGCAagcaaacacaattaaaaaagggAATAATCAGGAGGATGAACAAGTGGCCAATTATTAAGCTTATGCATGTCATTTACAACAATGCAACAACGAAAATAAAACAAGGGCATAAAAAATGGtcacaaatacattttaagttgCCGTTTTATcactttaaaaaggaggtgtgatGATAAAGCTCATGCAGAGTCAATGCAAAGGGGGAAAAATACAATAAAGATCACTATTCATCACTGAAGACCTGCCGTCAATCCACAGTAA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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
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TCONS_00033974 lncRNA downstream 230706 54983323 ~ 54984480 (-) False XLOC_016950
TCONS_00033973 lncRNA downstream 427608 54783824 ~ 54787578 (-) True XLOC_016948
TCONS_00033972 lncRNA downstream 1060017 54153450 ~ 54155169 (-) True XLOC_016944
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TCONS_00033996 lncRNA upstream 414830 55639371 ~ 55663975 (-) False XLOC_016955
TCONS_00033994 lncRNA upstream 414830 55639371 ~ 55663975 (-) False XLOC_016955
TCONS_00033420 lncRNA upstream 420182 55644723 ~ 55663735 (-) False XLOC_016955
TCONS_00033998 lncRNA upstream 420394 55644935 ~ 55663975 (-) False XLOC_016955
TCONS_00033103 mRNA downstream 268352 54919257 ~ 54946834 (-) True XLOC_016949
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TCONS_00033098 mRNA downstream 1175893 54015958 ~ 54039293 (-) True XLOC_016942
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TCONS_00033109 mRNA upstream 80801 55305342 ~ 55337585 (-) True XLOC_016954
TCONS_00033102 other downstream 487760 54727306 ~ 54727426 (-) True XLOC_016947
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TCONS_00033076 other downstream 3458076 51752508 ~ 51757110 (-) True XLOC_016919
TCONS_00033073 other downstream 3465845 51746255 ~ 51749341 (-) False XLOC_016919
TCONS_00033108 other upstream 80548 55305089 ~ 55314210 (-) False XLOC_016954
TCONS_00033116 other upstream 669197 55893738 ~ 55982701 (-) False XLOC_016960
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TCONS_00033120 other upstream 817971 56042512 ~ 56042630 (-) True XLOC_016962
TCONS_00033134 other upstream 1833537 57058078 ~ 57061793 (-) True XLOC_016972