RNA id: TCONS_00036545


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00036545
length 1911
lncRNA type inter_gene
GC content 0.32
exon number 2
gene id XLOC_017162
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 9951564 ~ 9953982 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

cattatgaccttaatctgattaaattaatcaaacatCGCTGTTTACATTGTTAACTTtttatcagagtattgtcttaatcacattaaaatttaattattggtgttcatgtaaacatagtcagtggCTTTCAAGTTAGCTTTGGACTTAAAAGAAAGAGAAGCAGATTTGatttgtcagtgggtgcacatggctcctgaattgCATAAAAGTTTGAGAAAttgtgaatgtgtttttttttttttttttaatttaacccattgaaaaaaaaaaaaaaacagtgtaaaataaatacaattatggtTAAAAATCTATTGATGTattgtttgtcgcatatagttaatgttaatgtgatttgggtaaatggtgtgtttcaattcggctaccaccgcaagtatatttcaagcACGTGGGAAGTACTGAGGTATTTGTAAAATGCAAAAAAGCCCACTattaaacaagcaacaaaaaagccttgacaataacaaaaaaaatcacataatatACAGACACTAACTATTTAATAATGAGTGCATTTATACATACTTGAAATCCAAATTAATGCATATTTTGTCTGAGGTTCTGTTGCATTTACATGGTTGTAAGATGTAGCATGTTGTGTTTAGgatattttaaaacagtaaatcATTAGTTTGGTTGTTTCAAAGCATTGAAAAGCTTTTATTTCTTTCATTACTAGCTGACAAGAGTGGATCAAGAGGAGTCTTCTTCTGCTGTAGCTCACctgcttcaagGCTTCATAGACGAAGTGGAGGGGTCTTTGGGGGGAGTTCTGAGCATCAGCATTCCCTAAACTGCTTTGGAGAATTACATCTTGTGCCAGGATATTGAGCTTGAATTATTCAAAATGCTTTCGAAGCACTGCACAGTACTAAGTCTGACTGAGAGCTAAAAATAAACTAGCACACAATCCTTTGAATTGCTTACATGTTCCACATTTGAAATGTTAATGtgctgttaatttatttgttcggAGGAATTATGTATGTGAAGTCCTACAGAGTAAAGTGTAAATAATAAATTGCATAAATATTTAAGGcacaattaaaaatgtatgaaattatTTGTCTTGgataaataatgtcaaattaaGTGGGGTTTGTAAACAAATTATGCTAGAGCTTTTCTCAGGAATGATTTTATCGTCATCTGTGACCTTGGACCACACAACCAGTCTTATGTTGGATGGAGTATATTTTGGGTAATTGTCAAACATTGGATGGGTCAAAACTATGcagattttttaatgtaaaaatcattagaatattaagaataagatcatgttccattcatttattttgtaaatttcctactgtaaatatcaaaatgtaattattaattagtAATATGTATTGCTAAAAATGACTTGCAAAACTTTAAAGacaattttctcagtatttagatttttttttctttttttttttttgtggtccgGGTCACATTTTGCAATGATATTTAGCAATTTACCAAACGGTTTCCATTGTAATAACAGTAGGTGAAGTCACATCCTCTCGAGGTTACTTTTCAaagtatttcagttttcacatTGACAATACAGGTCCATTATCCACTACCtgccaaaagtcttgtcatctatccaagttttgggaacaacaattaataacttgacctctagttgatcttttggtATCAGACGTGGCTGATATGGAAGGCAGAGGCCTCTAGATTATAcctattttacccaaataaaatatgattatgccttaatttttaaataattaggacagtaaggtctgagtttgcttaaacaaaagcttgtcacttaatataaataatgtacagtatagaatataaagtcatggtgcagtggaaaaagaattagtattgtgcatgactcccatgagcttggaggactgcacccATACTCTGCA

Function

GO:

id name namespace
GO:0003139 secondary heart field specification biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00034211 lncRNA upstream 150022 9797088 ~ 9801542 (+) True XLOC_017160
TCONS_00034209 lncRNA upstream 159843 9782940 ~ 9791721 (+) False XLOC_017160
TCONS_00034193 lncRNA upstream 811014 9128829 ~ 9140550 (+) False XLOC_017150
TCONS_00036371 lncRNA upstream 944228 8998775 ~ 9007336 (+) True XLOC_017148
TCONS_00036370 lncRNA upstream 954101 8996867 ~ 8997463 (+) True XLOC_017147
TCONS_00036546 lncRNA downstream 113953 10067935 ~ 10068758 (+) True XLOC_017163
TCONS_00036547 lncRNA downstream 267433 10221415 ~ 10225073 (+) True XLOC_017165
TCONS_00034216 lncRNA downstream 535476 10489458 ~ 10490064 (+) False XLOC_017166
TCONS_00036548 lncRNA downstream 535486 10489468 ~ 10490064 (+) False XLOC_017166
TCONS_00036549 lncRNA downstream 1115634 11069616 ~ 11071165 (+) True XLOC_017171
TCONS_00034212 mRNA upstream 102611 9828769 ~ 9848953 (+) False XLOC_017161
TCONS_00034214 mRNA upstream 103271 9828967 ~ 9848293 (+) True XLOC_017161
TCONS_00034213 mRNA upstream 104691 9828877 ~ 9846873 (+) False XLOC_017161
TCONS_00034208 mRNA upstream 127754 9781932 ~ 9823810 (+) False XLOC_017160
TCONS_00034210 mRNA upstream 157248 9785952 ~ 9794316 (+) False XLOC_017160
TCONS_00034215 mRNA downstream 212315 10166297 ~ 10220280 (+) True XLOC_017164
TCONS_00034218 mRNA downstream 544722 10498704 ~ 10520821 (+) False XLOC_017167
TCONS_00034219 mRNA downstream 545004 10498986 ~ 10520126 (+) True XLOC_017167
TCONS_00034220 mRNA downstream 584043 10538025 ~ 10541197 (+) False XLOC_017168
TCONS_00034221 mRNA downstream 585311 10539293 ~ 10540960 (+) True XLOC_017168
TCONS_00034207 other upstream 182815 9763367 ~ 9768749 (+) True XLOC_017159
TCONS_00034205 other upstream 229426 9720121 ~ 9722138 (+) True XLOC_017158
TCONS_00034201 other upstream 593434 9355970 ~ 9358130 (+) True XLOC_017155
TCONS_00034199 other upstream 652015 9299434 ~ 9299549 (+) True XLOC_017154
TCONS_00034188 other upstream 955583 8993860 ~ 8995981 (+) True XLOC_017146
TCONS_00034217 other downstream 535639 10489621 ~ 10489890 (+) True XLOC_017166
TCONS_00034225 other downstream 769745 10723727 ~ 10729279 (+) False XLOC_017170
TCONS_00034232 other downstream 2644655 12598637 ~ 12605833 (+) True XLOC_017178
TCONS_00034240 other downstream 3221819 13175801 ~ 13309410 (+) False XLOC_017186
TCONS_00034241 other downstream 3280962 13234944 ~ 13236118 (+) True XLOC_017186

Expression Profile

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