RNA id: TU721880


Basic Information

Item Value
RNA id TU721880
length 7058
lncRNA type sense_over
GC content 0.39
exon number 3
gene id LOC110528212
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048571.1
NCBI id CM023225.2
chromosome length 90918291
location 63785772 ~ 63827547 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

aggcattggaaaacctccctggtcttttgcggttgtttgaaatgcactgctcgactgaggggccttacaattatctgtatgtgtggggtacagagagaagctaatttttactcctgaacttatttaggcttgtcataacacatacattttaaatttaggctgtaacgCATCCAAATTTGGAGgaagtcaaggtgtgtgaatactttctgaatgcaataTAGGTGAAATATATTCTCTACATTTTAGGTTTGATCCCCCAAAAAGTTAATAATGTAATTTCACTTAAGGATTTGAAAGGCTAGTTTTACTACCAGATTacatttgatgagatgtgtggtgGATATAAGCGATTAAAAAAAAGCATGAAACTTAATTGTCCAAAAAATGATCACTGAAAACGCAGGACGTCATGCCTCAATAAGGTTCAAATTGGAATAACTCCCAGTTGTAATGATGTCTTCCAAAATTGTATGTGTATTTTAAATCCAGACAGTTTATGATGTATTAGTTAAATGACAGATATTGGAACCTGCAGAAAGGGTTAAAGATGTCTACAATCTGAAAACACCTTCTCCTGCTCTGTATTTCCAACTTGGCAATGTTGCACTAGTCATTAGATCTTTCAGTCCCCTTCTCATTTCCCCCCTAAAAGTGGCTAAGGTAAATTCAGCATTATTTAAGGATTATTTTACCTGTTAGTTTTCAAAAATGAAGCGACTTTCCTGCAGTGATTTGGCCTAGTCAGAACAGcagcgtacacacacactgtgctgatGATGATCACATGCCTTACAAATGTGTGTTTGGAAGTTATCATGGAAATCAATTGTCTACTTTATCTACAATTTTTGTAACATTGTGCTGCTAACAATAGCTGGTTTCTTACCCCACAAAAAGTTGTCAACACCAGTCCTGTTGTGTGAAGGCAGAATGTTGATGACAGCACTTGGTGCATATTGTCTGTTGTGCTGTATTTGTCTGAACTTTATGGAAAACTTAGTGGAAGACTAACAAGAGGCACAAAGTAACATATTGATGCCCTTGTGTGTATAGGGGTGAAGCCATATGGTTGCACCATGTGTGACAAGAGATTTTACCAGCGATACCACCTCTCAAGACACAGCCTCACTCATTTGGGTAGGGGTCCGCTCACCGTACCCACTGTACCCAAGATCAGGCCACACCTCAAGCCTTGCATATAGGGTTAGCAGGATGTACAGGAGCAGtcgcacctactcattccagggtttttctttatttttactattttctacattgtataataatagtgaagacatcaaaactgaaataacatatggaatcatgtagtaaccaaaaagtgttaaacaaatctaaatattttgagattcttcactgtagccaccctttgccttgatgacagctttgtaaactcttggcattctctcaatcagcttcatgagttagtcacctggaatgcatttcaattaacaggtgtgccttgttaaaagttaatttgtggaatttctttccttaatgtgtttgaggcaatcagatgtgttgtgacaaggtaggggtggtatacagaagatggacCCATTTgggaaaagaccaagtccatagtttgacaagaacagttcaaataagcaaagagaaatgacactccattactttaagacatggtcagtacATCAAGAAAAAGACCTTTGAAAGTTTCTCCAAGTgccgtcgcaaaaaccatcaagcactatgacgaaactggctctcatgaggaccgccacaggaatggaagacccagagttacctctgctgttggaggataagttcattagagttactagcctcaaattgctgcccaaataaatgcttcacagagttctagtaatagacacatctcaaacacaactgttcagaggagactgagtgaatcaggccaaattgctgcaaagaaaccactactaaaggacaccaataagaagtaaagacttgcttgggccaagaaacatgagcaatggacattagaactGTTGAAaaactgtcctttggtctgatgagtccaaatttgaaatgtttggttccaaccgtcatgtctttgtgagatgcagagtaggtgaacagatgaccGCCGCATGTCTGGTTCCCACTATgaggcatggaggaggtggtgtgatagtgctttgctggtgacactgatttatttcgaattcgaggcacaattaaccagcatgactaccacagcattctgcagcgatgcgccatcccatctggtctgcgcttagtgggactattatttgtttttcaacaggacaatgacccaacacacctccaggctgtataagggctatttgaccaaggaggagagtgatggagtgttgcgtcagatgacctggcctccacaatcacctgacctcaactgAATTGAGAttgtttgagatgagttggactgcagagtgaaggaaaagcagccaacaagtgctcagcatatgtgggaactccttcaagactgttggaaaagcattctaggtgaagctagttgagagaatgccaatagtgctCAAagctatcaaggcaaagggtggctactttgaagaatctcaactataaaatgtattttgatttaacacgTTATTTCGTAgtttgtagaaaatagtataaataaagaaaaaacattgaatgagtaggtgtccaaacttttgactggtactgtatatgatagTCATCATGCACAAATAAATATAGGTGAAATATATATTGTTAGGTTTAATATCCAAAAAAGTCCAGAATTTCCATAAGTTTGGATGAGAAGGGGTAGTTTTACTATTAGATTACATCATCAGCTCATGTGATGTGTTGTGGTTGTGGACTAAAGCattgaaaaatacatttaaaaaaatagttGGAGAAAACATCTCCCTGATTCTTCCACCTGAATCCCCTGTAAGTCATTGCATGAATTGAAATTAGTGGTAAAAATCAGTTTAGCGTAAATGGATAAACTGTACTTAAACTTCCTATTGGACTTAAAATGGTGCGAGGCACAAAAATAATATCTCAATGCTTTGTGCATTTAGGTGTGAAACCTTACGCTTGCACCATGTGTGACATGAGGTTTGTTCAGCGCTACCACCTGACAAGACACTGCCTCACTCATACGGGTACAGTCCGCTCACCGTACCTATCACACATACAAGCTAGTAAAGGATGTTCGTAATATATTTTCACACACGTAATGAAGGACTGCTAGAAAATAAAAATGTCTCATCTACATAGTTTTGTAGTGATAAATTAGTAAATTGTTGATTTTAAGTTTAAAATACTGCAGCAACACAAATTAATATTTGTAATACATTCTAGTACAAGTtccattttttattgtttaaagcTAGACCCCTAAAGATCTTCAGCTAATTTAGCTATCATGTGGATGTTGAgataataaaaacatttatttgaacAATAAATCTATAACAATCTATTTCCTGCTATTCCAAACATGAATTGGCCAAGCACCAAGTAAAACGATATCATATTGTAAGCTTGTTGTGAGACATTGTCTGCAGCTAAGTAGCTATTGCTATAATGATTTTAGTGAAGAATTTAGTTAAAATTTGAAACTacaactattttttacattgtctAATGATTATTTTAGCTAGTTATTTTTGCAGTGGGATTATACGTTCTGCGAAGGCTTTGACACACAATTACAGATTTTGTTCTTAATAGTTTTATTCGGTGCTTAGTTCACAATTAGTTCACAATTGCGTGTGTTGATTGTTGTTAATTAGCTAGTAGTGTTTTATGATGAAAAAAATTAGTGTTCATTAGAGCTTAATAAACAAGTCAGATTGCCACGTCTTCTCATCCTTGTGATCAACAGCCCCCATCTTCAGGGTCCACATCGTGATATGACACGTAAAGCACTCTTACTGTAATTGTTACATGCTTATGGTAGCAAACAATTATCTCACAATAGTATTTGTAGTGCTAACTTGATTTTTGTGTTGTACTCTTTGGAGTGAGAGCTAATGCattgctctgtgtgtgtataggggTGAAGCCGTATGCTTGTTCCATGTGTGACATGAGGTTTATTCAGCGTAACCACCTGGAGAGACACAGCCACACTCATACGGGGGAGAAGCCGTTTGCTTGTGACATGTGTGACATGAGGTTTATCCAGCGTTACCATCTGGAGAGACACAAGCGTGTCCACAGCGGAGAGAAGCCTTATCAATGTGAGCGATGCCAGCAGAACTTCTCGCGGACGGACCGGCTGCTGCGACATCGGCGGCTGTGCCAGGGCCGTGGTGTGGCCAAGGTGGAGAACCAGCCGTGCTGCGAGCCCCGCCCTTACTCCCAGGAGCCCCCACCCGCTCCACCCACCTGGAGCCCCCTTCACCCACCCCCTGGtcgactggctgtctgactgacattccctcccatcctccctccctccatacacacacaccatctcccaGAGACGGGACAGGCCACCTAGTCTCACTCAACCCTGCACTCAGTGGCGCCACACTCTGGCAAAGACTGATCCTTCATCTCGGGTCCTGAGGTTACTATGACAGCGGGACAGATGTTTTTGTCTTCTTTTGAGAGCGAGTTTCCTTCGATAATCGCTGGTCTATTTTGTACTTAATCTATTTTTTAAAagttgttttttattattatttagatGTATTGTTTGTGCTGTTGGTGGTACTCTCTGGTAGAGGGGGTGGGTGTTAAATGTTTGTTACACCATTACAATGATGAAgtgggatatatatatatctatataacaATAAACAACACAGGACGTTTGTAGAAAATGTAGTTtgtgaaagaaaaaaagagttGTCAGACAATGGTACAGGTGTCAGAACTAAAACAGGGTTCCATAAAGTTTGATTTTAGGACGATATAGGCAAGTGGAGGATGTCCTAACAGGTCAGAAGTGAAGGGTCAGGTCAGAGGATATTGTGGTTCTTGTTGGATAAAGTTGCTGATGACTCAGGAAGTGGAAC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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Loading

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU721768 lncRNA downstream 158336 63627102 ~ 63627463 (-) True G634962
TU721761 lncRNA downstream 172034 63613524 ~ 63613765 (-) True G634955
TU721757 lncRNA downstream 175207 63610347 ~ 63610592 (-) True G634951
TU721755 lncRNA downstream 176926 63608648 ~ 63608873 (-) True G634949
TU721727 lncRNA downstream 179487 63604631 ~ 63606312 (-) True G634924
TU721910 lncRNA upstream 41735 63837064 ~ 63837302 (-) True G635079
TU721911 lncRNA upstream 42628 63837957 ~ 63838183 (-) True G635080
TU721913 lncRNA upstream 44415 63839744 ~ 63839951 (-) True G635082
TU721915 lncRNA upstream 47001 63842330 ~ 63842553 (-) True G635084
TU722032 lncRNA upstream 242234 64037563 ~ 64037887 (-) True G635186
XM_021610067.2 mRNA downstream 100662 63682275 ~ 63685137 (-) True smug1
trnar-ucu mRNA downstream 118483 63667227 ~ 63667316 (-) True trnar-ucu
XM_036983746.1 mRNA downstream 248215 63464383 ~ 63537584 (-) True calcoco1b
XM_021610058.2 mRNA downstream 313548 63464383 ~ 63472251 (-) False calcoco1b
XM_021610056.2 mRNA downstream 453307 63319140 ~ 63332492 (-) True nr1d4b
XM_036983805.1 mRNA upstream 105608 63900937 ~ 63962551 (-) False LOC110528215
XM_021610074.2 mRNA upstream 105608 63900937 ~ 63962763 (-) False LOC110528215
XR_005052634.1 mRNA upstream 105747 63901076 ~ 63962763 (-) False LOC110528215
XR_005052635.1 mRNA upstream 105869 63901198 ~ 63962763 (-) False LOC110528215
XM_036983806.1 mRNA upstream 106076 63901405 ~ 63962763 (-) False LOC110528215
TU720546 other downstream 777759 63006775 ~ 63008040 (-) True si:dkey-28n18.9
TU719986 other downstream 1265289 62508219 ~ 62520510 (-) True LOC118965309
TU719571 other downstream 1563749 62221272 ~ 62222050 (-) False G632994
TU719566 other downstream 1564121 62221272 ~ 62221678 (-) False G632994
TU718974 other downstream 2094155 61691248 ~ 61691644 (-) True G632459
TU722010 other upstream 199187 63994516 ~ 63997239 (-) True LOC110528216
TU722013 other upstream 237117 64032446 ~ 64035381 (-) True G635167
TU723004 other upstream 522865 64318194 ~ 64326230 (-) False G636055
TU723007 other upstream 522865 64318194 ~ 64326230 (-) False G636055
TU723011 other upstream 522865 64318194 ~ 64326230 (-) False G636055

Expression Profile

TU721880 Expression in all Baseline Samples

Bar chart with 20 bars.
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying values. Range: 0 to 2.
End of interactive chart.

TU721880 Expression in each Bioproject

Bar chart with 21 bars.
TU721880 Expression in each Sample
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying Expression. Range: 0 to 40.
End of interactive chart.