RNA id: TCONS_00036560


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00036560
length 552
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 6
gene id XLOC_017198
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 14487757 ~ 14623918 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTCCGCCTCAAACTGTTATGCACCTTGGGTTTCTTGTCCTCTCCGCCATTAGTCCGTAACTTTCAACGATCACTGCCGATGCTTTCGAAGGGAAGATTCACTTCTACTGGATGTAAAGATGCAAACCAACAACATAGTCAGAGTGAAGTTTAGAGAATGGAAGATCACATCACTCATTATTGGAAAGTGGATGCAAACCAACAACACTGTCAGAGTTTCGAGATCAGTTCAGAAAACGGAACATCACATTTCACTCATTTTTGGAAAGTAGAATTATGTGCAGAGTGATCAATGGCAATGATTGAATGTAGTTCGAAAAACTTCCACAACAGGGAAGGAGAAAGAATTGCATGAAAAGTCATTGATGACTGAGATCGAATGGAGTGCGAAAACCACATCAGGGAAAGTGACAGAATTATGTGAAGAGTCATCAATGGCAATGATCAAATGGAGTGCAGAAACTTCCACATCAGGGAAAGAGCCAGAAAGTGAATTTAATTTCCTTCTTGATATGAGCAGAGTTTCTATCCAAAACTGCAAAtataacttatt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00036558 lncRNA upstream 340273 14144076 ~ 14147484 (+) True XLOC_017196
TCONS_00036557 lncRNA upstream 446539 14014812 ~ 14041218 (+) True XLOC_017194
TCONS_00036556 lncRNA upstream 822706 13640945 ~ 13665051 (+) True XLOC_017189
TCONS_00034247 lncRNA upstream 969770 13485785 ~ 13517987 (+) True XLOC_017187
TCONS_00034246 lncRNA upstream 1014101 13462847 ~ 13473656 (+) False XLOC_017187
TCONS_00034261 lncRNA downstream 33223 14657141 ~ 14661432 (+) True XLOC_017199
TCONS_00034265 lncRNA downstream 251542 14875460 ~ 14875546 (+) True XLOC_017202
TCONS_00034266 lncRNA downstream 253721 14877639 ~ 14877738 (+) True XLOC_017203
TCONS_00034270 lncRNA downstream 344195 14968113 ~ 14984108 (+) False XLOC_017205
TCONS_00036562 lncRNA downstream 432078 15055996 ~ 15058705 (+) True XLOC_017208
TCONS_00034260 mRNA upstream 12852 14465973 ~ 14474905 (+) True XLOC_017197
TCONS_00034259 mRNA upstream 369461 14114258 ~ 14118296 (+) True XLOC_017195
TCONS_00034258 mRNA upstream 489922 13969414 ~ 13997835 (+) True XLOC_017193
TCONS_00034257 mRNA upstream 528543 13956106 ~ 13959214 (+) True XLOC_017192
TCONS_00034256 mRNA upstream 573967 13894123 ~ 13913790 (+) True XLOC_017191
TCONS_00034262 mRNA downstream 165230 14789148 ~ 14806671 (+) False XLOC_017200
TCONS_00034263 mRNA downstream 165387 14789305 ~ 14805958 (+) True XLOC_017200
TCONS_00034264 mRNA downstream 186968 14810886 ~ 14815492 (+) True XLOC_017201
TCONS_00034267 mRNA downstream 317346 14941264 ~ 14949443 (+) True XLOC_017204
TCONS_00034268 mRNA downstream 344113 14968031 ~ 15001305 (+) False XLOC_017205
TCONS_00034240 other upstream 1178347 13175801 ~ 13309410 (+) False XLOC_017186
TCONS_00034241 other upstream 1251639 13234944 ~ 13236118 (+) True XLOC_017186
TCONS_00034232 other upstream 1881924 12598637 ~ 12605833 (+) True XLOC_017178
TCONS_00034225 other upstream 3758478 10723727 ~ 10729279 (+) False XLOC_017170
TCONS_00034217 other upstream 3997867 10489621 ~ 10489890 (+) True XLOC_017166
TCONS_00034272 other downstream 344219 14968137 ~ 15001305 (+) False XLOC_017205
TCONS_00034274 other downstream 375038 14998956 ~ 14999072 (+) True XLOC_017206
TCONS_00034279 other downstream 928789 15552707 ~ 15553447 (+) True XLOC_017213
TCONS_00034290 other downstream 1656045 16279963 ~ 16283039 (+) False XLOC_017222
TCONS_00034293 other downstream 1656438 16280356 ~ 16283039 (+) False XLOC_017222

Expression Profile

//