RNA id: XM_036984494.1



Basic Information


Item Value
RNA id XM_036984494.1
length 1081
RNA type mRNA
GC content 0.42
exon number 2
gene id LOC118965393
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_048571.1
NCBI id CM023225.2
chromosome length 90918291
location 83800611 ~ 83802600 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence


AACTCACCCCCAACCTGAATAACATTTATTCGCGATTTGTTCTATGGTGACCGTTATCTATTGCTCTATGGTGACTGGTATATACTGCTCTATGGTGACTGGTATCTACTGCTCTATGGTGACTGGTATATACTGCTCTATGGTGACTGGTATATACTGCTCTATGGTGACTGGTATCTACTGCTCAATGGTGACTGGTATATACTGCTCTATGATGACTTATCTACTGCTCTATGGTGACTGTTATCTACTGCTCTATGGTGACTTTTATCTAATACTCTATGGTGACTGTTATCTACTGCTCTATAGTGACTGTTATCTACTGCTCTATGGTGACTGGTATCTACTGCTCTACGGTGACTGTTATCTACTGCTCTATGGTGACTGTTATCTACTGCTCTGTGGTGACTGTTATCTACTGCTCTATGGTGACTGTTATCTACAGCTCTACGGTGACTGTTATCTACAGCTCTATGGTGACTGTTATCTACTGCTCTATGGTGACTGTTATCTACTGCTCTATGGTGACTGGTATCTACTGCTCTATGGTGACTGTTATCTACTGCTCTATGGTGACTGTTATCTACTGCTCTATGGTGACTGTTATCTACTATTCTATGGTGACTGTTATCTACTGGTCTATGGTGACCGTTATCTACTGCTCTATGGTGACTGGTATCTACTGCTCTATGGTGACCGTTATCTACTGCTCTATGGTGACTGGTATATACTGCTCTATGATGACTGTTATCTACTGCTCTATGATGACTGTTATCTACTGCTCTATGGTGACTGTTATCTACTGCTCTATGGTGACCGTTATCTACTGCTCTATGGTGACTGGTATATACTGCTCTATGGTGACTGGTATCTACTGCTCTATGGTGACCGTTATCTACTGCTCTATGGTGACTGGTATATACTGCTCTATGATGACTGTTATCTACTGCTCTATGATGACTGTTATCTACTGCTCTATGGTGACTGTTATCTACTGCTCTATGGTGACCGTTATCTACTGCTCTATGGTGACTGGTATATACTGCTCTATGATGACTGTTAGCTACTGCTCTATGATGAC

Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU746576 lncRNA upstream 4890 83795363 ~ 83795721 (+) True G656811
TU746575 lncRNA upstream 5576 83794599 ~ 83795035 (+) True G656810
TU746573 lncRNA upstream 10168 83790152 ~ 83790443 (+) True G656808
TU746521 lncRNA upstream 60242 83740155 ~ 83740369 (+) True G656760
TU746321 lncRNA upstream 178423 83620859 ~ 83622188 (+) True G656583
TU746645 lncRNA downstream 86572 83889172 ~ 83889915 (+) True G656871
TU746652 lncRNA downstream 93563 83896163 ~ 83908491 (+) True G656878
TU746677 lncRNA downstream 139626 83942226 ~ 83942499 (+) True G656902
TU746679 lncRNA downstream 145842 83948442 ~ 83948667 (+) True G656904
TU746680 lncRNA downstream 146241 83948841 ~ 83949073 (+) True G656905
XM_036984240.1 mRNA upstream 18146 83759738 ~ 83782465 (+) False nicn1
XM_036984241.1 mRNA upstream 18146 83759738 ~ 83782465 (+) True nicn1
XM_021611193.2 mRNA upstream 88408 83711361 ~ 83712203 (+) True LOC110529053
XM_021610760.2 mRNA upstream 184568 83554283 ~ 83616043 (+) False dag1
XM_036984238.1 mRNA upstream 184568 83555227 ~ 83616043 (+) True dag1
XM_036984242.1 mRNA downstream 75742 83878342 ~ 83881586 (+) False LOC110528627
XR_005052683.1 mRNA downstream 75742 83878342 ~ 83881586 (+) False LOC110528627
XM_036984243.1 mRNA downstream 75790 83878390 ~ 83881586 (+) True LOC110528627
XM_036984465.1 mRNA downstream 569597 84372197 ~ 84401519 (+) True LOC118965371
XM_021610778.2 mRNA downstream 1102028 84904628 ~ 84909361 (+) True amigo3
TU746281 other upstream 240093 83558837 ~ 83560518 (+) True G656551
TU745971 other upstream 528402 83267148 ~ 83272209 (+) True G656264
TU745825 other upstream 644292 83156014 ~ 83156319 (+) True G656125
TU744537 other upstream 1340944 82459085 ~ 82459667 (+) True G655042
TU744236 other upstream 1849219 81951002 ~ 81951392 (+) True G654782
TU747043 other downstream 700949 84503549 ~ 84520418 (+) True G657228
TU747071 other downstream 749396 84551996 ~ 84554773 (+) True G657254
TU747111 other downstream 810229 84612829 ~ 84618717 (+) False G657292
TU747113 other downstream 812063 84614663 ~ 84618035 (+) False G657292
TU747353 other downstream 1203879 85006479 ~ 85007498 (+) False G657481

Expression Profile