RNA id: TU712066


Basic Information

Item Value
RNA id TU712066
length 2621
lncRNA type intronic
GC content 0.33
exon number 5
gene id G626213
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048571.1
NCBI id CM023225.2
chromosome length 90918291
location 56134512 ~ 56142601 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

ctaatggctaaggtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaggtAAACGAATGGCTAAAGTGGCTAAGGTAAACTaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaggtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaaaggCTAAGGTAAACGAATGGCTAAAGTGGCTAAGGTAAACTaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaggtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaggtaaactaatggctaaattaaactaatggctaaagtaaacgaatggctaaagtaaactaaaggctaaagtaaactaatggctataGTGGCTAAAGTAAATTAATggctaaagtggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatgactaaagtggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatgactaaagtggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatgactaaagtggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaatggctaacgtaaactaatggctaaagtggctaaagtaaactaatgacTAAAGTAAACTAAcagctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctcaagtaaactaatggctaaagtggcTAAAGTTAACTAATGGCTAAAGGAAACTaacggctaaagtaaactaatgtcTAAAGttaactaatggctaaagtaaacaaatggctaaagtaaactaatgggtaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaggtaaactaatggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtggctaaagtaagctaatggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaacgtggctaaagtaaactaatggcaaaagtggctaaagtaaactaatggcaaaagtggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtggctaaagtaaactaatggcaaaagtggctaaagtaaactaatggcaaAAGTGGCTAAAGttaactaatggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctacagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtggctaaagtaaactaatggcaaaagtggctaaagtaaactaatggcaaaagtggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtggctaaagtaaactaatggcaaaagttgctaaagtaaactaatggcaaaagtggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaatagctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtggctaaagtaaactaatggaaaaagtggctaaagtaaactaatggcaaaagtggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaatggcaaaagtggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaatggcaaaagtggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtggctaaagtaaactaatggcaaaagtggctaaagtaaactaatggcaaaagtggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaatggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaatggcaaaagtggctaaagtaaactaacggctaaagtaaactaacggCTAAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU711707 lncRNA downstream 241767 55892467 ~ 55892745 (-) True G625884
TU711688 lncRNA downstream 261996 55870757 ~ 55872516 (-) True G625865
TU711685 lncRNA downstream 265321 55868938 ~ 55869191 (-) True G625862
TU711655 lncRNA downstream 308244 55826061 ~ 55826268 (-) True G625832
TU711635 lncRNA downstream 332169 55802038 ~ 55802343 (-) True G625812
TU712144 lncRNA upstream 146879 56289480 ~ 56295845 (-) True G626285
TU712153 lncRNA upstream 164052 56306653 ~ 56306858 (-) True G626294
TU712158 lncRNA upstream 166696 56309297 ~ 56309592 (-) True G626299
TU712255 lncRNA upstream 243574 56386175 ~ 56386471 (-) True G626367
TU712257 lncRNA upstream 244833 56387434 ~ 56387655 (-) True G626369
XM_021609801.2 mRNA downstream 399491 55727429 ~ 55735021 (-) True LOC110528023
XM_036981871.1 mRNA downstream 435204 55620553 ~ 55699308 (-) False pax7b
XM_036983573.1 mRNA upstream 339772 56482373 ~ 56515656 (-) False tfeb
XM_036983570.1 mRNA upstream 339772 56482373 ~ 56555348 (-) False tfeb
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XM_036983571.1 mRNA upstream 339772 56482373 ~ 56593011 (-) False tfeb
XM_036983572.1 mRNA upstream 339772 56482373 ~ 56593011 (-) False tfeb
TU711411 other downstream 700440 55433456 ~ 55434072 (-) True LOC110528020
TU711245 other downstream 962312 55164492 ~ 55172200 (-) False G625472
TU711185 other downstream 1059116 55072479 ~ 55075396 (-) True G625426
TU708601 other downstream 2811681 53305536 ~ 53322831 (-) True G622985
TU705034 other downstream 5175972 50956271 ~ 50958540 (-) True G619733
TU713244 other upstream 548722 56691323 ~ 56696091 (-) True G627254
TU713310 other upstream 691984 56834585 ~ 56835092 (-) True G627314
TU713320 other upstream 704361 56846962 ~ 56852301 (-) True G627323
TU713292 other upstream 710966 56853567 ~ 56869375 (-) False vamp3
TU713290 other upstream 711216 56853817 ~ 56869375 (-) False vamp3

Expression Profile