RNA id: XM_036986865.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_036986865.1
length 2541
RNA type mRNA
GC content 0.55
exon number 5
gene id LOC118965623
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048572.1
NCBI id CM023226.2
chromosome length 91622588
location 29204150 ~ 29208928 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

agcagtagtagcagcagtagcagcagcagtagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagtagcagtagcagcagcagtagtagtagcagcagcagcagtagcagcagtagtagcagtagtagtagcagtaacagcagcagcagcagcagcagtagcagcagtagtagcagcagcagcagtagtagcagcagcagcagcagcagcagtagcagcagcagtagcagcagtagcagaagcagcagtagcagcagtagcagcagcagtaacagcagtagcagcagcagcagtagcagttgtagcagcagtagtagcagcagtagcagcagtagtagcagcagtagcagcagcagtagcagcagtagcagcagcagcagcagtagcagcagcagcagcagtagtagcagcagcagcagcagcagtagcagcagtagtagcagtagcagtagtagtagcagcagtagcagtagtagcagcagtagcagcaatagcaggagcagcagtagcagcagcagtagcagcagtagcagcagcagcagtagcagcagtagcagcagcagcagtagcagcagcagcagtagcagcagtagcagcagcagtagcagcagtagcagcagcagtagcagcagtagcagcagtagtagcagcagtagtagcagcagtagcagcagcagcagcagcagcagcagtagcagcagtagtagcagcagtagtagtagcagcagtagcagcagtagtagcagcagtagtagcagcagtagtaggaaaagtagtagcagcagtagtagcagcagcagtagtagcagcagtagcagcagcagtagcagcagcagcagcagcagcagcagcagtagcagtagcagcagcacagcaacagtagcagcagtagtagcagcagcagcagtagtagcagcagcagcaagtagcagcaataGCAGGagcagaagtagtagcagcagtagcagcagtagcagcagcagcagtagcagcagtagcagcagcagcagtagcagcagcagcagtagcagcagtagcagcagcagtagcagcagtagcagcagcagcagtagcagcagtagtagcagcagtagtagcagcagtagcagcagcagcagtagcagttgtagcagcagtagtagcagcagtagcagcagtagcagcagtagcagcagcagtagcagcagaagcagcagtagcaacagtagtatcagcagtagcagcagtagcagcagcagtagcagtagcagcagcagtagcagcagtagtagcagcagcaggagtagcagtagtagcagcagtagtagcagcagtagcagcagcagtagcagcagtagcagcagcagcagcagtagcagtagcagtagcagcagcagcagcagtagtagcagcagcagcagcagcagtagcagcagtagtagcagtagcagtagtagtaacagcagtagcagtagtagcagcagtagcagcaatagcaggagcagcagtagcagcagcagtagcagcagcagcagcagcagcagcagcagtagcagcagcagtagtagtagcagcagcagcagtagcagcagtagtagcagtagtagtagcagcagtagcagcagtagcagcagcagtaacagcagcagcagcagcagtagcagcagtagtagcagcagcagcagtagtagcagcagcagcagcagaagtagtagcagcagcagcagcagcagtagcagcagcagtagcagcagtagcagcagcagcagtagcagcagtagcagcagcagtaacagcagtagcagcagcagcagtagcagttgtagcagcagtagtagcagcagtagcagcagtagcagcagtagcagcagcagtagcagcagaagcagcagtagcaacagtagtatcagcagtagcagcagtagcagcagcagtagcagtagcagcagcagtagcagcagtagtagcagcagcaggagtagcagtagtagcagcagtagtagcagcagtagcagcagcagtagcagcagtagcagcagcagcagcagtagcagtagcagtagcagcagcagcagcagtagtagcagcagcagcagcagcagtagcagcagtagtagcagtagcagtagtagtaacagcagtagcagtagtagcagcagtagcagcaatagcaggagcagcagtagtagcagcagtagcagcagtagcagcagcagcagtagcagcagtaggagaagcagcagcagcagcagcagcagcagcagtagcagtagcagtagcagtagcagcagcagcagcagtagtagcagcagcagcagcagcagtagcagcagtagtagcagtagcagtagtagtagcagcagtagcagtagtagcagcaggagcagcagtagcagcagcagtagtagcagcagcacagtagcagcagcagctgcagcagcagcagtagcagcagcagctgcagcagcagcaTTTGTAGTCAGTAGAAGAGTACTGCTGCCTGCTGTCAAGTACATACAGGCCATCTACACAGGATGGACTGACCACTACTTGAGAACCTGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU789838 lncRNA downstream 13058 29190734 ~ 29191092 (-) True G693862
TU789828 lncRNA downstream 24722 29179211 ~ 29179428 (-) True G693852
TU789812 lncRNA downstream 37882 29166028 ~ 29166268 (-) True G693836
TU789792 lncRNA downstream 66699 29137248 ~ 29137451 (-) True G693816
TU789791 lncRNA downstream 67076 29136874 ~ 29137074 (-) True G693815
TU789883 lncRNA upstream 32755 29241683 ~ 29242006 (-) True G693906
TU789884 lncRNA upstream 33591 29242519 ~ 29242788 (-) True G693907
TU789897 lncRNA upstream 41447 29250375 ~ 29250584 (-) True G693920
TU789904 lncRNA upstream 46842 29255770 ~ 29256077 (-) True G693927
TU789939 lncRNA upstream 71814 29280742 ~ 29280965 (-) True G693962
XM_036986864.1 mRNA downstream 670 29202386 ~ 29203480 (-) True LOC118965622
LOC110529223 mRNA downstream 108115 29046423 ~ 29096035 (-) False LOC110529223
NM_001165131.2 mRNA downstream 174434 29025283 ~ 29029716 (-) True lcb2
XM_036985241.1 mRNA downstream 198990 28990257 ~ 29005160 (-) True LOC110529757
XM_021612235.2 mRNA downstream 344039 28850874 ~ 28860111 (-) True ahsa1a
XM_036986844.1 mRNA upstream 3224 29212152 ~ 29213579 (-) True LOC118965608
XM_036986866.1 mRNA upstream 4859 29213787 ~ 29223764 (-) True LOC118965624
XM_021612264.2 mRNA upstream 252062 29460990 ~ 29465444 (-) False LOC110529760
XM_021612266.2 mRNA upstream 252062 29460990 ~ 29465444 (-) True LOC110529760
XM_021612267.2 mRNA upstream 681627 29890555 ~ 29938325 (-) False LOC110529761
TU789639 other downstream 245318 28958395 ~ 28958832 (-) True G693665
TU789291 other downstream 609719 28593341 ~ 28594431 (-) True G693383
TU789000 other downstream 722252 28478817 ~ 28481898 (-) True si:dkey-85n7.8
TU788741 other downstream 1088102 28115736 ~ 28116048 (-) True G692859
TU787547 other downstream 1888215 27315568 ~ 27315935 (-) True G691747
TU790962 other upstream 792835 30001763 ~ 30062168 (-) False G694858
TU790963 other upstream 829660 30038588 ~ 30062168 (-) True G694858
TU792305 other upstream 1637974 30846902 ~ 30847209 (-) True G696068
TU792310 other upstream 1646179 30855107 ~ 30855407 (-) True G696073
TU792778 other upstream 2268426 31477354 ~ 31478027 (-) True G696499

Expression Profile