RNA id: TU805322


Basic Information

Item Value
RNA id TU805322
length 5992
lncRNA type inter_gene
GC content 0.41
exon number 5
gene id G708229
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048572.1
NCBI id CM023226.2
chromosome length 91622588
location 41026601 ~ 41039666 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

tattcactccctgtacttgcttctcatctcccagcgtctgtccctACAGGATATATAattgtgaagcatccggttggcgtttcTACACACTACCAAAggtggtagtgagaggaagcccgcTGGCTGTGGAAGGagatggaacgagatggattttggaCAACATCCTGCAAATTTCTTTCAtcaattaaacatttgatctcaatacagttttctgtttccaaaaatAGAATGTGAATGGAGTGGACTAAGTTtagtagactttaccctttgcaaaagtttttaaaaatggtGCTGTTTAGAAGAAGTTAATTGCACACGCACACTTCCCTAAATGAAACATGCAAATGAATACTAGAACGTGCCAAAATAATATTGCTAGcgcgtgcttggctctgcccacttcCTTCCTtcttctgcccactatgactcatttgttATCATTGGAAACAACAAGcagtggtctatcttggtttagttattaCACACCCTCCAATTTAAGGTCTGAAAATCACTGCAGCCATTTTGCTCCttccctacctcttcaaagaagATCCAAGTGGGCTGTATGTCACAGACGGTATGTATTTCCCagcataaaaataaatacatgcaaAGTTAGTAGTACTGTGTAAGGTGTACTATGCTCAGTTGTTAACCTACTGTTTCAAATATGACTTGAGTaaccttcatttaaaaaaaaaatacttcttaaagtgtgtaaagtTCTCATCACCTAGCATAAGAATAGAGGGGAATCCCTTTGCGGATGAGAGCCACATCCAACTCTTCCTGGATGGAGAGGAGCTACTCACTGAAGAGCCGGAGGACATCTCCATGGGATTGGGAGTGGCAATGGGGGTCCATTTCCTTTTTAATACTGAGTGTGCAGCATCATGAAAGACACTAAGCTATTTGTTCagaaatgtgttctgggaattgactccaggaaccttttctttttaCGCCCATctgccatccctgtccacaatgcCAAGCtaaacccaagcctacttgaaggtaacagtgctcattgttgcccctagtggccagtttccaGGTCATCTGACCTCAGACATGCATggacgttgaatactgacttgtatcatgggtgacctgcCAGGGGGTATAACATTAAAATGGTATAGCTGAAAGGCTGTGTTTGTAGATGGGCTGAGGTGAATGAACCCTGAGCAACCAAGTTGATAATGGCTATTGTAATTTCTGCTTGTTTTTTCTGTTCTCCAAAACGCATTTGAACGTTTTTGAATTGTATAGAAAGGCGGTAAATGAGCATCAACCCAATCAATTTAGCGATTGGGAATTTGAAATGTGTAGCTTCAAATTAGTGgaagatgagagaaaaaaatataactatcaaatgtcaaattgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagagagagagaataaaggttGTTGAGGAAGCCATTTAATGAATGACTGATTGTGTGAAGATTTGTGATTGTTGGAGAGGAGCGTGGCGAGATACTGTATGTGCACATCCTGATCTCTCGTCACTCACCTCATTATTTACCGCCGCGCGTTTTGACACCATGCAATTTTCAAATGTGGCCATGGCATGGAGCAAATATTCACGGAGTCAAGGTAAATGATCTGGGATAAAATTCTGATTGTGATTATTGTCTGAAACCCTCGAATCAAGACACTGCAGTCAATGGTCTTTAATGTGAAATTAGTGGCTCTAGTTAGTGGCTCTAATAGTCAGAGCCTAATGAAAATAAGGGGAGAGAATGCGTGGCATTAGATCCTATTCTAATGCCTGCTCAGAAGTCTGCCGATAAATATGCAGTTTTTATATGGATTCTGGCAGTATGGGGCACCACCATCTGCTTATTTGAAATCGTTGTTCCACTGTCTAGAGTTAAATTAATTGATGTTCATCCCTTTTGTGATTTTGAAAGGAAAGAGACTTGAATAGCATGTAATGTGTAGTAGATAATAATCTCACAAAAAATATCTTCAATATTTGcaaagtgtcacgttctgaccttagttcctttgttttgtcttttgttttagtatggtcagggcgtgagttgggtgggttgtctatgttagtttgtctatgattttctatttctgtgtttggcctggtatggttctcaatcagaggcagttgtcaattgttgtccctgattgagaaccatatttaggtagcctgttttccattgtgtttcgtgggtggttgtttcctgtttagtgtttttgtttcacctttcaggactgtttgtttgtcgtgtttgttgttttgtctagtATTTGAAAATGAGtagttttctattttctacattgtagataaaacatatggaatcatgttgtaaccacaAAAGGTGTtagacaaatcaaaatacattttagattcttcaaagtagccaccatttgccttgataacagctttgcacacactctcaaccagtttcatgaggaatgctatttcaacagtcttgaaggagttcccacacatgctgagcacttgttggctgtttttccttcactctgtggacCAAAtcatccaaaccatctcaattggtttgaggtcgggtgattgtggaggccaggtaatctgatgcagcactccatcactcatcttctttgtcaaatagcccttacacagcctggaggtgtgttaggtcaatgtcctgttgaaaaacaaatgatagtcccactaaacgcaaaccagatgggatggcgtatcactgcagaatgttgtggtagccatgctagttaagtgtgcattgaattctaaataaatcacagacagtgtcaccagcaaagcaccatttaaaaaacaacaacattatttcacttttatttaaccaggtaggctagttgagaacaagttctcatttgcaactacgacctggccaagataaagcaaagcagttcgacacacacaacaacatagagttacacatggaataaacaaacaaacaatcaataatacagtagaaaaatatatatacagcatgtggaaatgaggtaggataagagaggtaaggcaataaatatgccatggtggcgaagtaattacaatatagcaattaaacactggaatggtagaatgtgcagaagatgaatgtgcaagtagatgtctcttatcaatggtggttatgatatcgtttaggaccttgagcgtggctgaggtgcacccatgaccaactctgaaaccagattgcatagcggagaaggtacggtgggattcgaaatggtcggtagtctgtttgttaacttggctttcgaagaccttagaaaggcagggtagaatggatataggtctgtagcagtttgggtctagattgtctccccctttgaagagggggatgaccgcagaagctttccaatctatgggaatctcagacgatacgaaagtgaggttgaacaggctagtaatagggtttcaacaattttggcagataattttagaaagagagggtccagattgtctagcccggctgatttgtaggtgtccagattttgcagctctttcagaacatcagctatctggatttgggtgaaggagaaatggcggaggtttgggcgagttgctgtggggagcgcagggctgttgaccgcggtaggggtagccaggtggaaagcatggccagccgtagagaaatgcttattgaaattctcaattatagtggatttatcggtggtgacagtgtttcctagcctcagtgcagtgggcagctgggaggaggtgctcttattctcttaTGGACtctacagtgtcccaaaaccgttttgagtttgtgctacaggatgcaaatttctgcttgaaaaagctagccttaactttcctaactgcctgtgtatatttgttcctaacttccctgaaaatgtgcatatcacgggggctattcgatgctaatgcagaacgccacgggatgtttttgtgctggtcaagggcagtcaggtctggagagaacctcacacctccttctccatgcttcacggtgggaactacacatggggagataatccgttcacctactctgcgtctcacaaagacatggtggttggaatcaaaaatcaaaaatcaaaaatttggacagatttccaccggtctaatgtccattgcttgtgtttcttggcccaagcaagtctcttctcagTGATGCAAACTAGTCACTTTTAGGTGTAGTTGGTCATTTTGAATCCAAAATAGGGGACCTATGTGATTTGTGTAGATCCAATGAGAAATGCCTTTgatcactactggctgtaagtgagtgagtgatgcACGTTTGGAGCAATACTGTActttatccaaggctcagccaatcgttcacatgACAACAGAATGCAGCACACGACTGAAGAGAATGGAGACTACCActttgctagttacagcatccgCGCACGCTCTGGAAAGACAGCAGAGAGTGGAAAGGCAGTTTGCCAGTTACAGCAGCGCGTCCCCTGAAAGATAACGAAGACgtaggtgagaagcctgaccacggagatggggtgagaaggtgatgaagcATACTTCATCAGCTGTAACCGAAAAACTACTACTGGCATTTGGAAAGATTGAGCTGAGGGAGAAAGTGTGATGGAACAAGTATTGTTATCATTGATAAGTATCTTGCTAGCTGGATCGAATTCTccgttagctagccagagaaatgctgagcaacattagccaacttaactgatcaaataattgagtttatggtgtgaaaattagctggctaataaagtcagacagctaacgttagctaggtaacgttacaAAATGAGATGAGCTTAAGTTAGTTACCTAACGAATTTGCtatagtattaactggtatacGACTCCTTGCCGTTCCTCAAATTAAAATGcgttagttgcttactggaccctggcaatctgtgtgaaatgttaactagctaacaaacTAACTACCATCTGAACTAATGTTTTTCCTCTATGGTAACATTCtgtggttaattttcagaa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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU805299 lncRNA downstream 56827 40969543 ~ 40969774 (-) True G708214
TU805254 lncRNA downstream 69121 40956893 ~ 40957480 (-) True G708169
TU805236 lncRNA downstream 115612 40875216 ~ 40910989 (-) True G708154
TU804965 lncRNA downstream 182082 40844292 ~ 40844519 (-) True G707917
TU804955 lncRNA downstream 190470 40835899 ~ 40836131 (-) True G707907
TU805459 lncRNA upstream 201875 41241541 ~ 41241912 (-) True G708363
TU805468 lncRNA upstream 212195 41251861 ~ 41252065 (-) True G708372
TU805478 lncRNA upstream 227365 41267031 ~ 41267294 (-) True G708382
TU805479 lncRNA upstream 228121 41267787 ~ 41268017 (-) True G708383
TU805481 lncRNA upstream 230168 41269834 ~ 41270272 (-) True G708385
XM_036985475.1 mRNA downstream 57123 40958142 ~ 40969478 (-) True LOC110529916
XM_021612576.2 mRNA downstream 57127 40958142 ~ 40969474 (-) False LOC110529916
XR_005052876.1 mRNA downstream 226564 40779851 ~ 40800037 (-) False LOC118965517
XR_005053021.1 mRNA upstream 685855 41725521 ~ 41728987 (-) False LOC118965611
XM_036985477.1 mRNA upstream 1301016 42340682 ~ 42420086 (-) False klhl18
XM_036985478.1 mRNA upstream 1301016 42340682 ~ 42420087 (-) False klhl18
XM_036985479.1 mRNA upstream 1301016 42340682 ~ 42420087 (-) True klhl18
XM_021612584.2 mRNA upstream 1392125 42431791 ~ 42525669 (-) False puf60a
TU804129 other downstream 1066988 39956961 ~ 39959613 (-) True slc22a16
TU803684 other downstream 1800288 39219644 ~ 39226313 (-) True G706683
TU801790 other downstream 2712798 38313489 ~ 38313803 (-) True G704874
TU801610 other downstream 2988255 38037725 ~ 38038346 (-) True G704702
TU800488 other downstream 3534444 37489227 ~ 37492157 (-) True LOC110530908
TU806574 other upstream 1680105 42719771 ~ 42720699 (-) True G709272
TU806781 other upstream 2131094 43170760 ~ 43171082 (-) True G709454
TU808567 other upstream 3499127 44538793 ~ 44539504 (-) True G711133
TU810338 other upstream 4418111 45457777 ~ 45458248 (-) True G712814
TU811283 other upstream 5271464 46311130 ~ 46325681 (-) True crfb16

Expression Profile