RNA id: TU846531


Basic Information

Item Value
RNA id TU846531
length 6874
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 1
gene id G745760
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048572.1
NCBI id CM023226.2
chromosome length 91622588
location 74542839 ~ 74549712 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

GAAAAAATACGAATCAACAAGTGATATATGCTTTTGTCTCCCCCTTTTGACAAAAACAGGATAAGACTTTATTGTTTATTGACATGTAAGATGTAGGATAAAACTTTGGTCATGGAAAACAGAGTAAAGCAGAGCAAAGCATTATTATAAACCATCTGGTCCTCTCAGCTACTCCTATCCTGCACCAGGTGGGCACCATGCCACCCAGGGACTCCAAACCTTCACAACAGGGAGAACAAACATACTGGAAAGAAAAcctatcattaaaaaaaaatgtaaaacaaggAACTGTGGTGGTGTAATATTTATTCTACTACCTCACCCACAGCATACCATGGGTCATCCTCAGTCAGTCCCATCCTCCCCTGAAAGCTTGATTCAGTATCAGCATCTCCAACTGGAGCATCAAGCAAAGGCATCATGCCTGAAGCATTCACCACATCTGTAACAGACTTCTTAAAACATGGTATGAtgcaagcagcacaacacatcaataataaAAATACAAGAATTAGGGTCAGAAATCCAGTAACCACCATACCAGTGAGTGCATCACGGGAGTAATTCACAAAACGCTGTTGATTATAGTAGATGTAATTCATCCATGCAGTCTGTCTAGCATCCACTATGGCTGGACCTATAATAGGTAGTAAGTGCCAGAGTCCATCATTCCTACCCAAGGCCTGAAACTCATGAGGAACCCCCACTGGCACTCCCAACAGGTTAGTGTGTATGTCAACTACATCCTCTGTCCATGGAGCACTACGTCTATGTCTCCCATGGGATGGAATGTTTTCAGGTCCCCTGGATACAGAGCCCAACAGCTGTTCAGCAGTAACATCAACAATGGTCAGTGGAATTATCAAACTGGTCAGAGTACACGTACCTTGTCAGTCTCCTCTAAGAATGGGTCTCAGCAGTCTTTTGGGTCCACATATCCACCACACATCAGCCAGACCACTAGTTTGGTTTAGGCCTGTAACTGGCCAAGTGGCATTAATGGTTATGTTACTACTGCAATCAGCTTCAGGCAATCTCCCATAATCAATGCCATTACCTGTACCCGTGATGCAACTGTAATTGCCCCCATATGCCTTAACACCCCAAGGGGCCCGATGAGGAGGTACTGTAGGAAACACAAGGCtcaaagaggaacagagagtTGAATTAGGCTGAACTTGGTAAAAACCTCTCAGAatacacaaccacccctctccttctcctatagCAAATGGGTGTGTAGCCAGAACAGGTCTAGGCATGACCAATGTTTCATGTAGTCCTTTCTTTTCAGGGTCTTAGCTGTATACCTCATATAAGACAGCCACAAATTGTCCCTACCATCAAAACCAGTCTCAGTGCCTAATTGATCAATAGCTGAATAGTCTCTAACGTTAATTACCTGAATGAGATTTGACACAGTGGTGGTAGGTGGCAGTTTCGGTCCAGGGGTGGTAGAGGAGTGTGTCTGGCTCTGGTTCGTCTGGGACCTCTGTGGTTTTGGCAGCACCTTAATAGAAAACACACCCATCGTGTCTGTCCTGGTCCTTTGTATTCCGAGGGTGTAAGTCCCTGCATCAGAGAgcttaatagttttgatggttaGTAGGATTTCATCACTTTACAAAGTTCAACAGTGCTCCCAGGTTTCCCCCATATcatggaaaacctatccacctttGTGGGATCCCCTATGCTATAAGGATACCCTCTTCTCCAATCCTTAGAACTGTCCCAAGTTGGTTATCATGTAATCCCCATACGGACACCCTcccccattacacaggtacactgacactcctgtaaagccccaccctctcccagaGAACACATCAGCAGCCAGAGACCAAACCACACTTCCACTTCTATGAACGCTACACAGTGATGGGCGGGGTCAGGAAGCTTCGTTAAGAGAGTGAAACCCCGAGCCATATTGGTTTCGGTTCTTCTCTCTAACTCTGTGATGGTTCGGCAGTGTCAGTGTGTCCTACCCTCCAACAATGTGTGATATGTCCCCAGGTAGCTACCGCAAAGGCTGTCACCAGGAGCACTTGGTATGGCCCTCCCAACGGGCTGCTTCACATCTATTCTCCACAAGGACTGGATTGAGTGAATCACCTTCTCCTTTAattcacctgtaatgcataacATCTTGGACATACAggtttggttaacaaacagtttcaCATTTGTTCTGATTATATCTTTAACTTCTATGCCTACTTGTTagctacattttaaaaaattagtTTATTATCCAAACGGCCACATCCTATCCTAGACCACAACTTACCCATCCCCCctttgatacctggctctgcccaggtaatAACCTTGCCTACTCTAAAcaatgacttaggtaagattagtaaattatccttatgtctgacattatcatgtaggagcacccctttcattctccacatgtccaattctcccttggGCGTCCATTCATATCTATCCTGTACCAATTCTCTGTCAAGTGTCTTATCTACTTGAAGAGGTATCTGAGCTGCTTATATATgttcttaaatatatatatttttttcgaTTTAAACAGTAACCCTTTTCTCTCCTATCTTCCAAATATTAACTAAGCGTCTCACTGTTTGGCTTTATCTAAAATCATTGATTTGAGAAAAAAACATGTCTATGGTGGCAATCTCTAAAGTCCTTACATAACTTTTATCTCGATCCTATCAATAATCCTAAATCATCCCAGATGTCATATATCCCTGTCAACTTTAATActattaaaataaaaatattctaatGGTCAAATAAAGCCAAAACAAATGCGAACCATATCAAATCCTTTCTGTACTAATAAGCTCTCTCCTTCAGGGTCACAGTAATTTATCTAACAATACCATGGGTTAACCTTAAAATCAGTCTCATCAATAATTTAATATGTTGCATAGTGTGGGATACCTTATCTACAGTAATTTACCACCCCTAAGAactgaaacatttttattttcattaaTAATTTTAATGCTTATAAAATCACAATTTTTCTATGTATTTTCCTGCCCTATTGGCTTAAAATATATCCTGTCTAAACCTCAATGTACCATATCTTCCCCTATTTATTATCGATGATAAATAGGATTTTTTTCTGTTGTAATACCAAATCAATAATAGCCAATTCAAAACCTTCACAGCAAATGTTTAAAAACAGAATCCTGAACCATCCTCTTCCTCACTAGAGTTTATTCCCCCGCTCCTCATAATTTGTCCTGCCTCAATTCCACTTTTTCCTCTGTGGTTCAAACTATAATTATGTCCAAGAGCTATAAACTCCATTATAATTAATAAATCTAATCCCAGTGCAGGAACATcaatcagcggaaatttcagagcgccaactATAGTtttcgataaaactcaaactttcattaaaacacacatgcaaggtactgaattaaagctacactcgttgtgaatctagccaccaagtcagatttgtaaaattcttttcggcgaaagcatgaaaagctattatctgatagcatgcacccccccaaaataccagaacGTCacctaaacaacagattttgcggtagccggtgctacacaaaacgcagaaataaaatataaaacattcattacctttgacgagcttctctgttggcactcctatatgtcccataaacatcacaattgggtctttttcccgattaaatccgtcaaagtatgccaaaaatgtccatttataaaggcCGTCTGATCCAAGGAAAATGCAGCTTTAcacgacgcaacgtcacttttaaAATTaacaaagttgcctataaacttttacaaatcacttcaaactacttttgtaaaccaactttaggtattaataaacgttaataatcgatcaaattgatcacggggcgatctgtattcgatagcagcaagtcttgaaatcatcttccatttttttcactttcataatttcctgggtgcaccccaagacaggaagtgcctatacgtCATCCCACCAAGGATAAACGTGCAAAGAAATGCCagtattggcgacatcgtgtggaagctgtaggcgttggAATCTCATCTATTTTCTGTCGGCTGATCAGACCACAAGAGATAGCCATGATAAAGGTCAAAGGTTATAACACCCTTTTATAGTCATGTTCCATACCATATTAGACATATTAAAGAACcctttatctaaaaaaaaaatcccttgtgtaattaaaactcagaaaataaaactCCTAATATTCcatatgtgagtgtacccctttaagatttcctcaatgtttcatgtaactcattcaGTCTTTCTCCAAATAATTTATAGGAACACCCTGCCATTGGACTCACACAACTGTGATAaacgtgcactgtccctttaaaatAAAACAAACTCAGCCAGCAATAAACTTTGCGGACCTTTCATTGTTCCCCTTAATGAAAACAGATCATGTTTAGAATACATTAACTTCTTGTTCAAATTCACTGGTGTAACctaaacaatcaaaccaaaaaTCAATAACCGGGAACTTATCACAAACTTTTACTATTCAACTATTCAGACCTCCCTCTCTTTTAGCCAAATATAGCCCAGTAAACGCCACCAATCAGTGATGGCCATCTAGCGATTTTGTTGCTAGTTTTAGCATCTTTTCAGACTACCCTGACGATATAcagctacttttaaaaatgtatttggaactttTATCAACTTCTGAAAAGTGACTCAAAGCTATAATGCACGCATTTTCCTTCTAAATGACACAAACCATTTTCTCTGAGTGATGTCAGTAACAGGCGCTCAACCCGTCCCCAAGCCACAGCGACTTTCAACGAATTGCAAAACAttgttggctgactgcagcagcagtagtacgtACGTGTTCGATAAACCAAACCCCAATTTATCACAAATGTTGGACCTTGAATagaacttacaacatcaatcaacatctCTCAATCAAAATTGTACTGCCAGAAGTACAGCAAAGAGTGTTACCTGAACAACGGTCAAAGCAATT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU846680 lncRNA upstream 13051 74529563 ~ 74529788 (+) True G745899
TU846679 lncRNA upstream 13490 74529117 ~ 74529349 (+) True G745898
TU846674 lncRNA upstream 19675 74522964 ~ 74523164 (+) True G745893
TU846673 lncRNA upstream 20426 74522192 ~ 74522413 (+) True G745892
TU846665 lncRNA upstream 33113 74509416 ~ 74509726 (+) True G745884
TU846544 lncRNA downstream 79079 74628791 ~ 74643321 (+) True G745770
TU846688 lncRNA downstream 129618 74679330 ~ 74679543 (+) True G745907
TU846689 lncRNA downstream 130625 74680337 ~ 74680554 (+) True G745908
TU846691 lncRNA downstream 132183 74681895 ~ 74682190 (+) True G745910
TU846701 lncRNA downstream 145000 74694712 ~ 74694912 (+) True G745920
XM_021613779.2 mRNA upstream 8822 74530674 ~ 74534017 (+) True LOC110530584
XM_036986219.1 mRNA upstream 41717 74480507 ~ 74501122 (+) False LOC110530582
XM_036986228.1 mRNA downstream 147637 74697349 ~ 74712803 (+) True LOC110530591
XM_021613790.2 mRNA downstream 163378 74713090 ~ 74717411 (+) False LOC110530590
XM_021613791.2 mRNA downstream 163382 74713094 ~ 74717411 (+) True LOC110530590
XM_021614268.1 mRNA downstream 245704 74795416 ~ 74796285 (+) True LOC110530985
XM_021613807.2 mRNA downstream 254989 74804701 ~ 74812569 (+) False LOC110530598
TU846223 other upstream 822189 73719716 ~ 73720650 (+) True G745489
TU846133 other upstream 947601 73593637 ~ 73595238 (+) True G745410
TU845764 other upstream 1292343 73249424 ~ 73250496 (+) True G745083
TU845352 other upstream 1674457 72867101 ~ 72868382 (+) True G744697
TU845350 other upstream 1678136 72862256 ~ 72864703 (+) True G744696
TU846883 other downstream 402973 74952685 ~ 74953654 (+) False G746052
TU846909 other downstream 464932 75014644 ~ 75033896 (+) False nedd8
TU846908 other downstream 473452 75023164 ~ 75033896 (+) False nedd8
TU846907 other downstream 482218 75031930 ~ 75033896 (+) True nedd8
TU847942 other downstream 778060 75327772 ~ 75328195 (+) True G746936

Expression Profile