RNA id: XM_036989154.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_036989154.1
length 2092
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 5
gene id LOC118966138
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048573.1
NCBI id CM023227.2
chromosome length 79455637
location 79226535 ~ 79234703 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

tctctgtctcctctatgtAGAGTGTGTCTGGggtgtgactctctctctgtctcctctatgtAGAGTGTGTCTGGGGTGGTGGAGTGTCTGAAGATCATCACGAGGACTAACTCTCTGAGGATTGCTGACTATGCTTTCAGACTGGCCAGGGAGAGAGGTCGTCGTAGGGTCACCGCTGTCCACAAGGCcaacatcatgAAGCTAGGTGATGGTCTGTTCCTACAGTGTTGTAAGGAGGTTGCCGCGGGTTATCAAGACATCGCCTTCGATGCCATGATCGTGGACAACACCACCATGCAGctggtgtcTAAGCCGCAGCAGTTTGACGTGATGGTGATGCCTAATCTCTATGGTAATGTGGTGAGCAACGTGTGTGCTGGTCTGGTGGGGGGGCCGGGACTCGTTCCAGGAGCCAACTACGGGACGGACTACGCTGTGTTCGAGTGTggcacCAGAAACACAGGGAAGAGCATAGCAGATGGTAACATAGCCAACCCTACAGCCATGTTACTCGCTTCCTGTCTGCTTCTGGACCATCTGAGGCTACATGCATACGCCACCATGATACGACGGGCTGTCATCGCTACTGTTACTGAGACACGGctccacaCAGCTGATTTGGGAGGTCAGGGGTCAACCTCTGATGTGGTCCAGTCCATCATGAAGGAGATACAGAGCACTGGACCCCTAACACAGAACATCTAAATATTTATTTCACTTATGACTCTAGCCTACCCTATAATTATGACCCCATGATTCTATAATTATGACCCTATGATCCTATACTTATGACCCCATGATTATGACCCTATAATTATGACCATATGATTATGACCATATAATTATGACCCTATGTTTGTATAATTATGACCTTATGACCCTATGATTATGACCCTATGATTATGACCCTATAATTATGACCCTATGACCCTATAATTATGACCTTATAATTATGACCCTATGACCCTATAATTCTGACCCTATGATTATAACCCTATAATTATGACCATATGATTATGACCCTATAATTATGACCCTATGACCCTATAATTATGACCCCATGACCCTATAATTATGACCCTATGATCCTATAATTATGACCCTATAATTATGACCCTATGACCCTATAATTCTGACCCTATGATTATAACCCTATAATTATGACCATATGATTATGACCCTATAATTATGACCCTATGACCCTATAATTATGACCCTATGACCCTATAATTATGACCCTATGATCCTATAATTATGACCCTATGACCCTATAATTATGACCCTATAATTATGACCCTATGATCCTATAATTATGACCCTATGATTATGACCCTATGATTATGACCCTATGATTATGACCCTATGACCCTATAATTATGACCCTATGATCCTATAATTATGACCCTATGATTATGACCCTATGATTATGACCCTATAATTATGACCCTATGATTATGACACTATGACCCTATAATTATGACCATATGATTATGATCCTATAATTATGACCCTATGATTATGACCCTATAATTATGACCCTATGATTATGACCCTATAATTATGACCCTATGATTATGACCCTATGGCCCTATAATTATGCCACTATGATTATGACCCTATAATTATGACCCTATGATTATGACCATATGATTTTGACCCTATGATCATATAATTATGACCATATGATTATGACCCTATAATTATGACCCTATAATTATGACCCTATAATTATGTCCATATGATTTTGACCCTATAATTATGACCATATGATTATGACCATATGATTATGACCCTATGATCATATAATTATGACCCTATGATCCTATTATTATGACCCTCTGATCCTATAATTATGACCCTATGATCCTATAATTATGACCCTATGATCCTATAATTATGACCCCATGATCCTATAATTATGACCATATGATTATGACCCTATGATCATATAATTATGACCCTATGATCCTATTATTATGACCCTCTGATCCTATAATTATGACCCTATGATCCTATGATTATGACCCTATGATCCTATAATTATGACCCTATGACCCTATGATTATGACCCTATGATTATGACCCTATGATT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Loading

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU960613 lncRNA upstream 63856 79155596 ~ 79162679 (+) True G843669
TU960624 lncRNA upstream 98289 79121531 ~ 79128246 (+) True G843680
TU960620 lncRNA upstream 98811 79125614 ~ 79127724 (+) True G843676
TU960619 lncRNA upstream 115964 79107187 ~ 79110571 (+) True LOC118966137
TU960696 lncRNA upstream 172559 79052448 ~ 79053976 (+) True G843738
TU960775 lncRNA downstream 34460 79266668 ~ 79266910 (+) True G843807
TU960777 lncRNA downstream 35813 79268021 ~ 79268323 (+) True G843809
TU960778 lncRNA downstream 38562 79270770 ~ 79275193 (+) True G843810
TU961101 lncRNA downstream 100860 79333068 ~ 79333346 (+) True G844042
TU961102 lncRNA downstream 102825 79335033 ~ 79335351 (+) True G844043
XM_036989153.1 mRNA upstream 51965 79107315 ~ 79174570 (+) False LOC118966137
XM_036989132.1 mRNA upstream 494052 78553341 ~ 78732483 (+) False LOC110516429
XM_036989133.1 mRNA upstream 494052 78553341 ~ 78732483 (+) False LOC110516429
XM_036989129.1 mRNA upstream 715383 78499887 ~ 78511152 (+) False ccnq
XM_036989157.1 mRNA downstream 78085 79310293 ~ 79323545 (+) False LOC110532880
XM_021617037.2 mRNA downstream 78085 79310293 ~ 79324120 (+) True LOC110532880
TU960622 other upstream 68126 79138052 ~ 79158409 (+) True G843678
TU960701 other upstream 169466 79056634 ~ 79057069 (+) True G843741
TU960549 other upstream 374483 78848290 ~ 78852052 (+) False G843633
TU960552 other upstream 374483 78848290 ~ 78852052 (+) True G843633
TU960296 other upstream 564243 78661982 ~ 78662292 (+) True G843440
TU961230 other downstream 200296 79432504 ~ 79433205 (+) True G844164

Expression Profile

XM_036989154.1 Expression in all Baseline Samples

Bar chart with 20 bars.
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying values. Range: 0 to 6.
End of interactive chart.

XM_036989154.1 Expression in each Bioproject

Bar chart with 18 bars.
XM_036989154.1 Expression in each Sample
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying Expression. Range: 0 to 75.
End of interactive chart.