RNA id: TU868857


Basic Information

Item Value
RNA id TU868857
length 2290
lncRNA type intronic
GC content 0.35
exon number 2
gene id G763773
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048573.1
NCBI id CM023227.2
chromosome length 79455637
location 2637437 ~ 2678012 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

gatggatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctatatctactgtctctattatattatgatagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactggctctattatattatgacagacaagctagatctactgtctctgttatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctatatctactgtctctattatattatgatagaccaggtagatctactgtctctattatattatgatagaccatgtagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagacctactgtctctattatattatgatagaccaggtagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctatatctactgtctctattatattatgatagaccaggtagatctactgtctctattatattatgatagaccaggtagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagacctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgccagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagacctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctccattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagagcagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagtccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagacctactgtctctattatattatgacagaccatctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagacctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagccagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagacctactgtctctattatattatgacagaccatctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctaggtctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctccattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactggctctattatattatgacagaccagatagatcatctgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtgtctctattatattatgacagaccaggtagatctactgtctctattatattatgacagaccagatagatcatctgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagatagatctactgtctctattatattatgacagaccagctcaatatactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgac

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU868832 lncRNA downstream 47212 2548674 ~ 2590835 (-) True G763751
TU868825 lncRNA downstream 63550 2552840 ~ 2574497 (-) True G763747
TU868827 lncRNA downstream 66103 2550749 ~ 2571944 (-) False G763748
TU868821 lncRNA downstream 94868 2542868 ~ 2543179 (-) True G763743
TU868820 lncRNA downstream 96078 2541479 ~ 2541969 (-) True G763742
TU868263 lncRNA upstream 122609 2800621 ~ 2803861 (-) True G763320
TU868911 lncRNA upstream 131227 2809239 ~ 2810641 (-) False G763800
TU868909 lncRNA upstream 131346 2809358 ~ 2809977 (-) True G763800
TU868931 lncRNA upstream 151364 2829376 ~ 2829607 (-) True G763815
TU868932 lncRNA upstream 152140 2830152 ~ 2830510 (-) True G763816
NM_001165147.1 mRNA downstream 268570 2357311 ~ 2369477 (-) True mog
XM_036987012.1 mRNA downstream 283734 2212274 ~ 2354313 (-) False LOC110535267
XM_036987040.1 mRNA upstream 49453 2727465 ~ 2788437 (-) True LOC110518027
XM_036987044.1 mRNA upstream 135383 2813395 ~ 2824097 (-) False LOC110531328
XR_005053092.1 mRNA upstream 135484 2813496 ~ 2824097 (-) True LOC110531328
XM_021614538.2 mRNA upstream 180747 2858759 ~ 2861355 (-) False LOC110531335
XM_036987047.1 mRNA upstream 180748 2858760 ~ 2861089 (-) False LOC110531335
TU868794 other downstream 151146 2473098 ~ 2486901 (-) False G763719
TU868793 other downstream 151146 2475074 ~ 2486901 (-) True G763719
TU868630 other downstream 659816 1962973 ~ 1978231 (-) False G763587
TU867065 other downstream 1771615 861374 ~ 866432 (-) False G762459
TU869128 other upstream 618290 3296302 ~ 3299103 (-) True G763961
TU869858 other upstream 1173959 3851971 ~ 3858893 (-) False LOC110498423
TU870731 other upstream 1335822 4013834 ~ 4016409 (-) False LOC118966151
TU870733 other upstream 1335822 4013834 ~ 4016409 (-) True LOC118966151
TU870833 other upstream 1612783 4290795 ~ 4319826 (-) True G765059

Expression Profile