RNA id: TU909392


Basic Information

Item Value
RNA id TU909392
length 2674
lncRNA type inter_gene
GC content 0.34
exon number 2
gene id G798996
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048573.1
NCBI id CM023227.2
chromosome length 79455637
location 36152448 ~ 36228493 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

gttatgtttaaaacattgtatccagattgcatcaaacatgattttagactttgtttatggaaaattggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagttctgtaaaaaaattacttccaaagtgcaaccaaacatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagctatgtttaaaacattgtatccagagtgcatcaaacatgattttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccacagtgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagtgcatcaaacatgattttagaccttgtttatggaaaagtggttatttatttagttcaattgctgcaacttgctgaaaattggccatagtgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagtgcatcaaacatgattttagaccttgttcatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgccgcaacttgctgaaaattgtccacagtgtctctatcatctagtttgaactgttatgtttaaaacattgtatccagattgcatcaaacatgattttagactttgtttatggaaaattggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtctctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagattgcatcaaacatgattttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagttctgtaaaaaatgtacttccaaagtgcaaccaaacatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctttaGTTCAactgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagttctgtaaaaaatgtacttccaaagtgcaaccaaaaatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaactttgtatccagagtgcatcaaacatgattttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccacagtgtccctatcatctagtttgaacagttctgtaaaaaatgtacttccaaagtgcaaccaaacatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccatagtgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagtgcatcaaacatgattttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattggccatagtgtccctatcatctagtttgaactgttatgtttaaaacattgtatccagattgcattaaacatgattttagactttgtttatggaaaattggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagttctgtaaaaaatgtacttccaaagtgcaaccaaacatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagttctgtaaaaaatttacttccaaagtgcaaccaaacatgatttagaccttgtttatgtaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccctatcatctagtttgaacagttatgttttaaacattgtatccagttatgttttaaacattgtatccagagttcatcaaacatgattttagagcttgtttatggaaagtagttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtcgatggtgtccctatcatctagtttgaacagttctgtaaaaaatgtacttccaaagtgcaaccaaacatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccatagtgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagtgcatcaaacatgattttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattggccatagtgtccctatcatctagtttgaactgttatgtttaaaacattgtatccagattgcattaaacatgattttagactttgtttatggaaaattggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagttctgtaaaaaatgtacttccaaagtgcaaccaaacatgattt

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU909380 lncRNA downstream 56 36152448 ~ 36163560 (-) False G798996
TU909391 lncRNA downstream 3762 36152448 ~ 36159854 (-) False G798996
TU909395 lncRNA downstream 3762 36152448 ~ 36159854 (-) False G798996
TU909354 lncRNA downstream 14331 36148809 ~ 36149285 (-) True G798992
TU909338 lncRNA downstream 17971 36118923 ~ 36145645 (-) True G798976
TU909393 lncRNA upstream 3530 36192218 ~ 36198796 (-) False G798996
TU909388 lncRNA upstream 24680 36213368 ~ 36228493 (-) True G798996
TU909360 lncRNA upstream 45250 36233938 ~ 36235633 (-) False G798995
TU909366 lncRNA upstream 45250 36233938 ~ 36235633 (-) False G798995
TU909368 lncRNA upstream 45250 36233938 ~ 36235633 (-) False G798995
XM_036987894.1 mRNA downstream 53572 35980798 ~ 36110044 (-) False LOC110531157
XM_021615462.2 mRNA upstream 105750 36294438 ~ 36318533 (-) False snap29
XM_021615460.2 mRNA upstream 105750 36294438 ~ 36318554 (-) False snap29
XM_021615459.2 mRNA upstream 105750 36294438 ~ 36318652 (-) True snap29
XM_021615452.2 mRNA upstream 146696 36335384 ~ 36369350 (-) False LOC110531936
XM_021615453.2 mRNA upstream 146696 36335384 ~ 36369350 (-) False LOC110531936
TU909355 other downstream 12979 36150338 ~ 36150637 (-) True G798993
TU909208 other downstream 184501 35977422 ~ 35979115 (-) True LOC110531979
TU908458 other downstream 642284 35492026 ~ 35521332 (-) True LOC118966032
TU908411 other downstream 776484 35385853 ~ 35387132 (-) False LOC110531966
TU908405 other downstream 808941 35354219 ~ 35354675 (-) True G798195
TU910500 other upstream 639208 36827896 ~ 36907648 (-) False LOC110531982
TU910862 other upstream 1155707 37344395 ~ 37345147 (-) True G800318
TU912701 other upstream 2652521 38841209 ~ 38841512 (-) True LOC110532015
TU912768 other upstream 2777768 38966456 ~ 38996032 (-) True G802100
TU912807 other upstream 2861842 39050530 ~ 39061381 (-) True G802138

Expression Profile