RNA id: TU909388


Basic Information

Item Value
RNA id TU909388
length 3606
lncRNA type inter_gene
GC content 0.34
exon number 2
gene id G798996
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048573.1
NCBI id CM023227.2
chromosome length 79455637
location 36152448 ~ 36228493 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

cgtcgtgattcgtgatgtttagtcaaattgccatatgattccttatgccctcttgtgggaatttCCGGGATAGCGGAAAAATGGTCCTAAACTTGTTTATTTTAtgaaacggaaaccgaatgtccgacaaagttcattcgatgacttcccggtaggtccggccctatggactttctcactaaccatacacgaaatgtcaaaatgttcccttaaggtatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagtgcatcaaacatgattttagaacttgtttatggaaaagtgattatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgttcctatcatctagtttgaacagtgctgtaaaaaatgtacttccaaagtgcaaccaaacatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttacttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccctatcatctagtttgaacagttatgttttaaacattgtatccagagttgcatcaaacatgattttagagcttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccatagtgtccctatcatctagtttgaacagttctgtaaaaaatgtaattccaaagtgcaaccaaacatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgttgaaaattgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagttcatcaaacatgattttagagcttgtttatgtaaaagtggttatatctgtagttcaattgctttaacttgctgaaaattgtccatagtgtccctatcatctagtttgaacagttctgtaaaaaatgtacttccaaagtgcaaccaaacatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttacttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccctatcatctagtttgaacagttatgttttaaacattgtatccagagttgcatcaaacatgattttagagcttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccatagtgtccctatcatctagtttgaacagttctgtaaaaaatgtaattccaaagtgcaaccaaacatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagttcatcaaacatgattttagagcttgtttatgtaaAAGTGGTTgtatctgtagttcaattgctttaacttgctgaaaattgtccatagtgtccctatcatctagtttgaacagttccttaaaaaatgtacttccaaagtgcaaccaaacatgatttagaccttatttatggaaagtggttatttctgtagttcaattgctgctacttgctgaaaattgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagttcatcaaacatgatgttagagcttgtttattgaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaatggtccaatgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagtgcatcaaacatgattttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgacaATTGtccacagtgtctctatcatctagtttgaactgttatgtttaaaacattgtatccagattgcatcaaacatgattttagactatgtttatggaaaattggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagttctgtaaaaaatgtacttccaaagtgcaaccaaacatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagtgcatcaaacatgattttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccacagtgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaactttgtatccagagtgcatcaaacatgattttagactttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccacagtgtccctatcatctagtttgaacagttctgtaaaaaatgtacttccaaagtgcaaccaaacatgatttagaccttatttatggaaagtggttatttctgtagttcaattgctgctacttgctgaaaattgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagttcatcaaacatgatgttagagcttgtttattgaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaatggtccaatgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagtgcatcaaacatgattttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccctatcatctagtttgaacagttatgttttaaacattgtatccagttatgttttaaacattgtatccagagttcatcaaacatgattttagagcttgtttatggaaagtagttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccatagtgtccctatcatctagtttgaacagttctgtaaaaaatgtacttccaaagtgcaaccaaacatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccatagtgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagtgcatcaaacatgattttagaccttgtttatggaaaagtggttatttatgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccatagtgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagtgcatcaaacatgattttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgttgcaacttgctgaaaattgtccacagtgtctctatcatctagtttgaactgttatgtttaaaacattgtatccagattgcatcaaacatgattttagactttgtttatggaaaattggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagttctgtaaaaaatttacttccaaagtgcaacc

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU909405 lncRNA downstream 572 36172834 ~ 36212796 (-) True G798997
TU909400 lncRNA downstream 13914 36172834 ~ 36199454 (-) False G798997
TU909385 lncRNA downstream 14572 36187252 ~ 36198796 (-) False G798996
TU909393 lncRNA downstream 14572 36192218 ~ 36198796 (-) False G798996
TU909390 lncRNA downstream 23576 36152448 ~ 36189792 (-) False G798996
TU909360 lncRNA upstream 5445 36233938 ~ 36235633 (-) False G798995
TU909366 lncRNA upstream 5445 36233938 ~ 36235633 (-) False G798995
TU909368 lncRNA upstream 5445 36233938 ~ 36235633 (-) False G798995
TU909371 lncRNA upstream 5445 36233938 ~ 36235633 (-) True G798995
TU909428 lncRNA upstream 15354 36243847 ~ 36244054 (-) True G799019
XM_036987894.1 mRNA downstream 103324 35980798 ~ 36110044 (-) False LOC110531157
XM_021615462.2 mRNA upstream 65945 36294438 ~ 36318533 (-) False snap29
XM_021615460.2 mRNA upstream 65945 36294438 ~ 36318554 (-) False snap29
XM_021615459.2 mRNA upstream 65945 36294438 ~ 36318652 (-) True snap29
XM_021615452.2 mRNA upstream 106891 36335384 ~ 36369350 (-) False LOC110531936
XM_021615453.2 mRNA upstream 106891 36335384 ~ 36369350 (-) False LOC110531936
TU909355 other downstream 62731 36150338 ~ 36150637 (-) True G798993
TU909208 other downstream 234253 35977422 ~ 35979115 (-) True LOC110531979
TU908458 other downstream 692036 35492026 ~ 35521332 (-) True LOC118966032
TU908411 other downstream 826236 35385853 ~ 35387132 (-) False LOC110531966
TU908405 other downstream 858693 35354219 ~ 35354675 (-) True G798195
TU910500 other upstream 599403 36827896 ~ 36907648 (-) False LOC110531982
TU910862 other upstream 1115902 37344395 ~ 37345147 (-) True G800318
TU912701 other upstream 2612716 38841209 ~ 38841512 (-) True LOC110532015
TU912768 other upstream 2737963 38966456 ~ 38996032 (-) True G802100
TU912807 other upstream 2822037 39050530 ~ 39061381 (-) True G802138

Expression Profile