RNA id: XM_036990219.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_036990219.1
length 5603
RNA type mRNA
GC content 0.41
exon number 5
gene id LOC110533840
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048574.1
NCBI id CM023228.2
chromosome length 87811138
location 38310821 ~ 38336289 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

aaATATCCACACAGGCtactagccagccagccatataTCATGAGTTGAAATATTatgaatattatattattaaGTTATTATTTAGGAGCACTGAAGATGAATCACAATCAATAAAAAAGTTAttgagctagctaactagcagatGTACATCAATCATCAACATATGATCAGCGATAGCCTACCCTTTTTGCCCAATGTCATTCATGTCTTTAGGAGGCAATTTGCTTGATTACAATTTGTGATGAGTGAGTGTTTTGCCAAAATAAATAGGAATATGCACAAAAAAATACATCGCACAGAGGCTGTTAGTATGCTATGAATTTCCAGATATGAATTATTACATGCATTTCAGCTAACAACCTATATGCTGATATCTACATGAAAAGATTGAATCTAGTCCCCCTTTTCCTCGGTTTTGGCAGGTCAATTTAGTTTATGAAGAGAAGTAAGGTCCCTGACTACAGGGACAAGCAAGTTTTTGGTGTCCCGCCAATCATCAATGTCCAAATGAGTGGGCAACCCCTACCCCAGGGCATCCAGCAGGCCATGCGCTACCTCCGCAGCCAATGTCTGGAAAAGGTTGACATTTTCCCTAAGTCTGGGGTGAAGTCTAGGATCCAGACTCTGCGGAAGCTGAATGAAAATCCTCCAGATCATGTGAGCTACCAGGGCCAATCAGTTTACGAAGTGGCTGACCTGCTGAAACAGTACTTCAGAGACCTGCCTGAGCCTGTCCTCACCACCAAGCTCACTGATACCTTCCTGCAGATCTACCAGTGTGTCCCGAAGGACATGCGTCTTCAGGCAGCCCAGGCTGCAGTCATCCTGCTGCCTGACGAGAACCGGGAGGTCCTGCAGACCCTGCTCTACTTCCTCAGTGACATCGCTTCTGCTGAGGAGAACCAGATGACAGCTGGGAACCTGGCCGTGTGCCTGGCCCCCTCCATCCTGCACCTCAACGTCTCCAAGAAGGAGGGCACCTCCCCTAGATTAATCCACCGAAAGGGGGCAGGTGGAAAACCAGACCACAAGGACCTGAGTGAGAACATGGCTGCCAGTCAAGGGCTCAGCCACATGATTGTGGAATGTAAGAAATTATTCCAGTTCCCTCATGGGATGATGTTGCAGTCGCGGAACTCCTACGTTGCAGCAGACGCCCAGCCACTCCCTCTCTACGGCCTGGGCCTGAACATGAAGGGCAATCCTGTGGATTACAGAGCCTACCTGGAGGATAACATCCAAGCTGTACTGAGGGAGGCCATAGCAAAGAGCAAAGGATGGCACAGTGCCCCAAGCCCAGAGAACACAGAGCTGACCTACAAGAAGGAATGACTCAGTGACTCTGCTGCATGCTGATACTAATGCTGTCTGTTCTCATACAAGACCACCTCACAGGCAAAACATTTCAGtgttaaagttaatttcctgcaattctactcattttgccatggggtgtaaagaacattttgcagttttaaaactaatttcatgcaagtctacacattttgccattgggtGGTGAGAAATATTTGCAGTTTTTacgctaatttcctgcaattctacacattttttcaTATccgagtgagagtgactaacaaaatcaatgggggccccctggaggtcagggctcttGGGCACATGCCCTGCGTGCCCGGTAATTTGGTGATGTTTAGATAACTGACAAGACTACATtagcaataaaaaaaaatgtagttgacatatgctatctgagtgactgtcagtgactgacataacgaGTGGAAAACTGCTAATTCACTACcacatttcaaaattgcaccttgcACCTTGTATTCTTCTTTTCTAACTcttaacagtaagttgagactgaGTTCCATTAAAAAATAactaccaataataataatcagccccccgcacctctctgattcagagagatTGGGTTAATtgcagaagacacatttaatttgaaggcattcagttgtacaactgactaggaatccccctttccataATAATTATCATTATAAATTCTATATGTTTTGGGTTGGGGGCTCCCTAGCGGTCATTCAATCACAGGAGCATGTTTGCCAAATTGAGTTTGAATTTTGCCCTACATTGTCATGACAGTATGGCCTTCAATCTTTGTATGACTGGAAAATGAATTTACCATTTGGCATAGCTTCTTTTGCTGTTGGAATGAAGTGAATCCTGTCCACTTTGAAGAGTGAAGGCACATTAGCTAGCTTGTTAAAGCTACAGTATACGGTCCAGTCCTAAACCATAAAATCACAATCCATTTGGGCCGGTCCAGGCTGACGCACTACTGCAGAGCGGACCTCCTGTAGGAAACCAGCTAtgcattcatttctattggacaccaggtttttttttttgtgatgaTTTAAATGGCTAATTGATGCCTACGCATTGATGCCTACGTTGACCTTGAGTTCATGCAATTAATTTGCACCTTGCCATTTAAACATAGTCATAATTACCATGAAAAGAATTATGCAACGTAGATTTGTTGTGTGAAAGATAATCTACATGTGAATGCTATTGATATGTCTTTCTGAGTGGGTGAACCGCCGCTGTTATTGAAGTACGTAATTGGATCATAATGTCTTATTTGCCCTTGTGTTGTCATGTTTCAGGGGACGATCACCTGAGTGGTACTGCAAAGTGTTTGGCCATCTCTGTGCAGTGGAAGTTGCTAGGATACGGGGCTCCTTCCCTGTGCTCACAGCGAGAGGAACAGAGACAAAGATTTGAGCTCTGAGATGGCCAGACAGCCCACCTCAGACACGTGTTGCCTACGGCTCACAATTACTCAAATTTAGAGTGCCAATCTGTAGCATTATGCTACATCTACCTGACAAACTCTCTACAGTGTCATCAACATAGGACTGTCAGGATGTGGACTCTCATATTGTACTGATGTACCATTAGGAGCGACTGTGGAATTGGTAGCAATATTCTAAACAAGTCTATGCATTAACTCACGATAACATATTCAAAAGTACTCTGAAGTAAATAAAATAGTTTATATATACAAAATCCATTCTTGTGAAAGACTAGATTAGGACAATTGTGTTGATAGCTTTACTTATGATACTTACATATCAGTTCCCATTTTAATGCTGCTGTGAAAGGAGCAAGACTAAAGGCGAGGATGCTAAAATGCCATGGAATAATTCAGGAGAGCTCTTTAGCAACCATTCCTGTTTGTTCTGTATACTATGCAATTTCTTCATGATAAATTCACAGAGCTAATATATTTTACTACTGTGATTTGCTGCATCTCAAACATAAGAATGGCACCTTACCTTGCTACTTGAATAGCTAACCCCAGTATTGATGATACTTAGATGTAAGAGAGAAAAGGGTTGCTTACTGAGATACCTTAGTGGGTGGTagtgagctttcttatatctcctagatatcggacagacacttcaaaaacGCATTCCTTATGATATATTTTTTGGTCTCTCTGTTTTGCCATTTATTTGTGTGTTACTCAATgtatttctatgggctatagtagtaaaggccaaattcaatattttatcaaataaggtttttatatatttttttatactgacaggggtcctaaaattcaaaatcaaatagctaaatgatccatggtattaccatcttaaaacaattccatatgttagcttagtagacccCCCTCCCAGGCCTTGCTTTGGCTATACACTCTCATCAACTGCTTGTATTACTCAAGTGTTTATCATCACACACTGTATGTTAAACATCTCAAGAGGGGGCTCTACTCTGGACTTCATGTTATGTCTCTTCCTTTTACTCCTATCTTTATAAGTCTAACTGgttaacctcctctctctttaaTTTAGCTGCTGAGCTCTAGGGATCAGTCCTCTTCCCCAGATCTTCAGAAGTTTAAAAATAGGAACAGAGACATTTTTTAAATTGGCAAATATCTCTTCACCAAGGCCCAAACTATAAGATATAAGCGCGGAGCTCAAACGATAGAATAAATCAAACTTTGATGTCAGTTAAATATTTATTCATGGGTAATTTGCTATCACAATGAGGAGGGGAAAGGATTGTAGCATGCTCCACAGTGGACAGACAGCCCGAGCTTTAGGAAACGTTAGTGTAGCTTGCTGATTTACTGTaagtgtggcaggtagcctagtggttagagcgtggttAGTGGTTAAACCGGAAGgtttctggatcgaatccccgagctgacaaggttaacatctgttgttctacccctgagcaaggcagttaacccactgttccctgggtgccGTGGATGGTGactaaggcagccccctgcaccgctctgattcagagggcttgggttaaatgtggaaggcattcagttgtacaactgactcggTATCTTCCCTATCTATTGTGTCTCAGTAATCAGTGTTTTATTTATGTCTGTTGATGATTGAGTCCTTATTTGAGTCGTATGAATGTGACTACCAGTATGTAAGTGACTATAAGTGTCTGTAGAGAATGTAACCATGGTCTGTTGGGCATGGGATGATGTTTTGTTTGATCTAATCTTAATCCGAGTTATGCCATGACTGAATGCCTTTAACCTTTTTCAGTGTTTTCTTATGCCATAcgctttacatacagtacatacactagTAACCAGTGCTCTTAACTGGAATTACGCCCATTGAATAATTGAAACAATTGTGTGGTAACAATAACCCTAAACACAGTTCTGTGAACTACAGTGTATTTTTAACTTAATAATTTTTTGTAACACATAACAAGCTGTTGTACTTATCATTGAAGCAGTAGTAAATAACTTAACATCTTAGTCCACAACGTCGTTATCTAATTTGTCTCATCTATTACTCTTTATTCTCCATTTACTACCTATTTGTATTATACGGCTCTGACTGTAAACAAATTACAAAAACAATAGATTTGTTGAAATGTGTATTCTCTCCCTAAATCCCCCAGCCCCTTTTTCACCACCATAATTTGTATTCTTGTTTATT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1007755 lncRNA upstream 35905 38292560 ~ 38292793 (+) True G885671
TU1007753 lncRNA upstream 37675 38290726 ~ 38291023 (+) True G885669
TU1007752 lncRNA upstream 38136 38290229 ~ 38290562 (+) True G885668
TU1007741 lncRNA upstream 59110 38267288 ~ 38269588 (+) True G885657
TU1007672 lncRNA upstream 88418 38238734 ~ 38240280 (+) True G885595
TU1007792 lncRNA downstream 10870 38347159 ~ 38347517 (+) True G885706
TU1007796 lncRNA downstream 18115 38354404 ~ 38354623 (+) True G885710
TU1007797 lncRNA downstream 19152 38355441 ~ 38355642 (+) True G885711
TU1007798 lncRNA downstream 20114 38356403 ~ 38356610 (+) True G885712
TU1007800 lncRNA downstream 22535 38358824 ~ 38359026 (+) True G885714
XM_021618379.2 mRNA upstream 42038 38280338 ~ 38286660 (+) True LOC110533839
XM_021617169.2 mRNA upstream 98460 38178704 ~ 38230238 (+) False ar-beta
XM_021617170.2 mRNA upstream 98460 38178707 ~ 38230238 (+) False ar-beta
NM_001124185.1 mRNA upstream 98460 38179756 ~ 38230238 (+) True ar-beta
XR_005053660.1 mRNA upstream 210711 38117154 ~ 38117987 (+) False LOC110533835
XR_002475183.2 mRNA downstream 397854 38734143 ~ 38743257 (+) True LOC110534919
XM_021618385.2 mRNA downstream 419154 38755443 ~ 38815017 (+) False LOC110533845
XM_021618386.2 mRNA downstream 420417 38756706 ~ 38815017 (+) False LOC110533845
XM_021618387.2 mRNA downstream 493329 38829618 ~ 38891890 (+) False LOC110533846
XM_021618388.2 mRNA downstream 493329 38829618 ~ 38891890 (+) False LOC110533846
TU1005877 other upstream 1477545 36849646 ~ 36851153 (+) True G883966
TU1005835 other upstream 1527113 36799385 ~ 36801585 (+) True LOC110533788
TU1005301 other upstream 2033151 36293314 ~ 36295547 (+) False G883473
TU1004434 other upstream 2642125 35682655 ~ 35686573 (+) True LOC110533748
TU1004303 other upstream 2912460 35414975 ~ 35416238 (+) True G882624
TU1008492 other downstream 419220 38755509 ~ 38812139 (+) True LOC110533845
TU1012334 other downstream 3376038 41712327 ~ 41717292 (+) False G889906
TU1012335 other downstream 3376038 41712327 ~ 41717292 (+) False G889906
TU1012336 other downstream 3376038 41712327 ~ 41717292 (+) True G889906
TU1012699 other downstream 3741926 42078215 ~ 42153778 (+) False G890228

Expression Profile