RNA id: XM_036990231.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_036990231.1
length 6747
RNA type mRNA
GC content 0.40
exon number 15
gene id LOC110533864
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048574.1
NCBI id CM023228.2
chromosome length 87811138
location 39310186 ~ 39634685 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

taggCTGAGTTGATCCCACGTGTGACGATTCCATTCCCGGCTCAGTAATATTCTCATAGCGGGCTTTGCATAGCTTTtcccttgtctgtgtgtgtgtgtctgttactgtagttactgcCTATAGTTTGGTTAGCTATGGAAGGAGACGGGAGTCAAGCCACATCTGGAAGCCCAAATGATTCACAACATGACCCGGGTAAAATGTTTATCGGTGGCCTCAGCTGGCAAACCTCACCAGACAGCCTTAGAGACTATTTTAGCAAATTCGGAGAAATAAGAGAATGTATGGTGATGAGAGACCCCACGACAAAACGTTCcagAGGATTTGGGTTCGTTACGTTTGCAGATGCTGCCAGTGTAGATAAAGTCTTAGCTCAACCACACCACGAATTAGACTCAAAGACGATTGATCCTAAGGTTGCCTTCCCCCGACGCGCTCAACCTAAGatGGTCACAAGAACAAAGAAAATATTTGTGGGTGGATTGTCAGCCAACACGGTAGTGGAAGATGTGAAGCAGTATTTTGAACAGTTTGGGAAGGTAGAAGACGCCATGCTCATGTTTGATAAAACTACTAACAGACATAGAGgattCGGATTTGTAACTTTCGAGGGTGAAGACGTCGTAGAGAAAGTCTGTGAAattcattttcatgaaatcaataataaAATGGTAGAATGTAAGAAGGCCCAGCCCAAGGAGGTGATGTTCCCACCAGGCACGCGAGGGAGGGCCAGGGGCCTGCCCTACACCATGGATGCCTTCATGCTGGGGATGGGCATGCTGAGTGAGTATGGACCAACACTACTCCAGCAAAGTCCAGCACACTACTCAGTCTCGCACGGTTACCCGAACATTGTGGCGACGTACGGCCGTGGATACACTGGATTCGCCCCGAGCTACAGCTATCAGTTCCCTGGCTTCCCGGCGACGGCGTACGGACCGGTGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCGCGTGGCTCAGGTAGGGGGGCCCGTGGAAGAGGCGGATACATGGCGTACCCACAGAACGCAGGGCCAGGCTTTCCCGATTACGGGTTTTACTCTGCGCCCAGTGACCAGAGGGGGGCGCCCTGCTCCTTTGCGGACTATGGCTCCCTGGGGCCCCAGGCGGCTCAGATGCTGCACAGTGAGCATGCCACCTCCGCCTGCAACTCCCCCCTCCAGCACCTGCACAGCCCGGATCAGTTTAAGAGCCCAGGGGGAAACCCACCTCGGCCTGGAGGTTTCCCTGGTGCCAACAGCCCTGGGCCTGTAGCCGAACTGTACGGCCCTGGAGGCCAGGACTCCAATGTGGGCAACTACATCAGTGCTGCTAGCCCCCAGCCTGGCTCAGGCTTCGGCCACAGCATGGCAGGCCCGTTGATTGCGACAGCTTTTACAAATGGATACCATTGAACAGGTGGTTGGTTGCCATCTCATTGGAGAGTCTATCTGGTGGTCCAGGGAAGACAGGCCGAAGCTTCTAATTAGCTCTGAGTATAGGTGATGCCATCCAACTTCAAGCACTACAGCATCACCCAGGAGAAATGAGAGGtggaaccacaacaacaacaacaacaacaaaaaagttcaAATCATCTCAGAAAAAAATAAACTGCTGTATCATAATCCAAACCCGTAACCTGACAACCTGGTTTGGTATGTTTCATGTTGATTTCATTCACTTTTTTCCTTTCTTTTATTAGTTCTTTGATTAGCTTCAGAGAGAGGCATTTTAGTTTCGCCTTATTTGGGATTTTGTCTTCTAGTGTACTCATGTAAATGGTTTTGTCTTCTAGTGTACTCATGTAAATGGTTTTGCTTCTCTCTTTTGGGGGTCATAGTTGAATGTTCGCAAGTCATGCCTACACCTTTGGTACCAATCATTTAAACAAATCCGATCAGAGCTTCAGGTGTCTTTTTGCACACAAAATAAATCCAAAGTGGAAAGGTTTGGAAAAAAAACATCCATTTAATTTCAAATTACATATTCGAGAGTGTAACTAACTAATGCATTTTAgtagctgttttttttttgtttttgtgatgTCTCATTGTTAACCATAATTACCTATTTTTTGGGCAATACAAAGAGGACTCCAATATTTTTATGGTCCttttttataaatgttgtttttgttgtttagaaaaaaaacatgtatacTATAAACAATTTCATATAAATACATTGTGAATTCAAGATTTAAGAAAAAGAAATGTAACTGTAAATATTATTCCAATCGTGCATAACCAACTTGATGAGAGGATAGCATATTTTTGTGATGGTGTGTCAAAGAAATGTTCTAGCGTGTGAATAGAAACAAAGCTCTAAACAAATACCATTATCCTTTACTGCTCGGAGACGGTGACTACCCCAGTGTCGGACAGAACTCTGATGGCTTGCTCTGGAAATACTCAAGCTGAATAACTTTACAAGTGTCATACCAGCATATTTACAAAAGGTGAGTTCAGTGCACAGTTCAGTTCAGTTTTAAGGTGAGTTCAGTTTTAAAGGAACAAGAAGATCATTGGGATCTTTTGTCTAACCAACTGTTATTTAGAAATCAATGTTATTTCAAAAAGAGTGATCATTTCATCCAAAGCACACTGTATTTAGTGTTGAAGAATAGAACTCGAGCCTAAGCATTTTACAGTGCTCTACGCATCCTGACACTTTTATACTCCGGAGAGAAAAACTCAACTTGTTTGtagttttttgttgtttgtttcctCCTGCTTGTTCCTGTTAAGTTTGGGACGCAGTATCTGGACTCTGTGGTAGAGTCAGTGTATAACACTTGTTCTCTCCATCAGTTCTCTTTTCAAATGAATTAGGAAGGCAAATATTTTGATACCATACCTCAGTCCTGTGAGTTATACCTTGGAATTGTTGACAGGTTTAATTTATTTTAGTGGCAAATAGATTAAAACATTGAATGGAAAAAATTATAAATCATTGCACTGTGAGCAGTAAAGAAAGAACAGGCCATTTCCTATTTGCACATGTATATGTTGGCTATTTAAAATGGTTGTGTCTGGGGTGAAGTATGAAGGAATATTGGACTTTGCTCCTCTCTAGAATAGGCATACACAGGGGTGAATAAACAGATTGACAGATCGCAATTAACTGATTAATTACTACCAATGTTTTGTGGTCATGTCTTTGGATTTCATTGTATGGTGTACGTCAACTTCTAATCTAAAATATTGAGATCCGGCCAGAAGACACTGAATAAATGATTCATCCTGTTAATCATAGCTTGATGCGCAGATTTCTTATGCAGTACATGTGTAGGGACAGGTTTTGCTCGAATATAGAGAGACATTTAATGACGTGCTTTAAAGTGCAGTAAGAGTTGTAAACATAATGATGGAATGAGTGGTGTCTATTCTGATGATGTACTTTTCCTGCTGCAAATGTATTTGATATTTCATTTCTCCTGATGTTTCATTTCATTAGCTCTTTTGTTCAGAACAACCAGGTGAAGGAAAATACTGGATGCTTTTGAACGATGTGGAGATAAACAAGTAATAATTTAAATGAGAAAACAGAAGAGAACCGGTGTAATGTTCAAATGTAAAAGAAAAtaagaaatacaaaaaaaaaaaaaaaaaagatgcttCTTCACTGATTTCAATTTTGAGTCAGGGGGTTTTATTGATATTGTGGTTACTAttaataattgtaatattatattaAAATGTACTGTGCATCCATCGATTTCTCTCTTTCCATTCCCTGTCACCACATACAATATTTTGTTGATCATCCATGCATATCAAGTGTGTACAAAAAAATCACAATTAACTTGTAACAGAGTGCTGTCTTTGATACCAGTGTAGTGGTCTATGCTCTACTTTGTTGTTCTCCCTTTCTCTGGCTTTTTCCTCTGCCTCCTTCCTCTGTCACATTATACCCCAcccaccacccccctctctcttactctcctctatctccttgTAATTAGTTGTAGATGTAATGTGATAGTACTTGTAGTTATTAGTGGATTTAGGACCAGTAAGGATAGAACTTGCTCTTATTATCAAAGGTTTGACATACATTTGCAGGCAATTATTTGAATAGCAGTTCCATGCCATGATTCATATGtcttttttccttttctgttgtgTTTTACCGATCTCACATGGTTTCAACTAACCAAAGCTCTCACAGAAGACCTATAGAGAAACAAATTGCTGTAAGATAAAAAATTTAAACAAGGCATTATTTGGATATTCTCCACCCTTGAATGTTTTAAAAGGGGTGTGCCATACTACCTTAAATGCTAACGCTAgatatgcaaaacattttttttgtattacttTCTAAGGGACACAAGCTATAATTATGAAAAAGATTTTATGTGCGGAAAaaaatcatatattttttttaaagttaacatattaatgatgatgatgataacaataataatacCACTACTAAACTGTAATATCTTTTAATCTTTGTACACTTTGAGAATATCCCAGATGCCTATAAGGCTCTGCTATTTTTAGATACCACTCGGTTTTTTAAGTGTCTCTGCCTTTTCTTTCACTCCAAAAACATCCATTTTGTGAATACTTTTTTTAGTCCCTGGAAATCAGCGCTTTATTCTAATCAAAGACAGGCTTGTATATGTTCTCTGTTAATGTTGCTCTCACAGATCTAGACAGCTATGCTTACTACTTCACAACGGTTGCAAAGAATTTGAGGTCATCTAACTTCTAGAGGGGATCATTTGATGCCGTTACATACTTGGAGCAAAGATTACACAGACTGAATCGTCCTGATGATTGTTTCTTAACTAGTGGAGGTGGGCAACACGGCATAAACCCCTGCAGATGATCTTCATTTAGTTCACCTGTTGTTGAATGTCTTCATACAGTAGTTCAGGTGGTTGGTAAAACTGTAATGTGTATAGCAAGGAGAAGTTTAATGAAGATCATTTACAGGTGGGGAAGTGCATCTAAGCTTAGATATTCATGTATTTTCTCACTTATCA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1009596 lncRNA downstream 764 39307424 ~ 39309422 (-) True G887397
TU1009522 lncRNA downstream 88410 39221531 ~ 39221776 (-) True G887333
TU1009517 lncRNA downstream 94010 39215909 ~ 39216176 (-) True G887328
TU1009513 lncRNA downstream 100411 39209354 ~ 39209775 (-) True G887324
TU1009125 lncRNA downstream 106623 39203308 ~ 39203563 (-) True G886950
TU1009778 lncRNA upstream 6114 39640799 ~ 39641246 (-) True G887564
TU1009777 lncRNA upstream 6852 39641537 ~ 39641759 (-) True G887563
TU1009809 lncRNA upstream 100182 39734867 ~ 39735143 (-) True G887595
TU1009810 lncRNA upstream 100914 39735599 ~ 39735802 (-) True G887596
TU1009820 lncRNA upstream 114373 39749058 ~ 39749338 (-) True G887606
XR_005034354.1 mRNA downstream 110265 39197965 ~ 39199921 (-) True LOC110533862
XM_021618418.2 mRNA downstream 124608 39183759 ~ 39185578 (-) False rpl36a
LOC110534920 mRNA downstream 188348 39120154 ~ 39121838 (-) True LOC110534920
XM_021618413.2 mRNA downstream 214110 39024243 ~ 39096076 (-) False LOC110533857
XM_021618425.2 mRNA upstream 7303 39641988 ~ 39671372 (-) False LOC110533865
XM_036990247.1 mRNA upstream 7303 39641988 ~ 39671375 (-) False LOC110533865
XM_036990246.1 mRNA upstream 7303 39641988 ~ 39671377 (-) True LOC110533865
LOC110533866 mRNA upstream 36888 39671573 ~ 39748431 (-) True LOC110533866
XM_021618429.2 mRNA upstream 136605 39771290 ~ 39775768 (-) False LOC110533869
TU1009518 other downstream 92448 39217313 ~ 39217738 (-) True G887329
TU1009059 other downstream 124692 39183698 ~ 39185494 (-) True rpl36a
TU1007856 other downstream 1069627 38238950 ~ 38240559 (-) True G885767
TU1007025 other downstream 1606400 37598633 ~ 37703786 (-) True LOC110533823
TU1006746 other downstream 1991322 37316917 ~ 37318864 (-) True G884736
TU1010435 other upstream 220281 39854966 ~ 39893703 (-) True ksr1a
TU1010822 other upstream 862029 40496714 ~ 40547367 (-) True LOC110533878
TU1012917 other upstream 2348016 41982701 ~ 41984417 (-) True G890360
TU1012952 other upstream 2353026 41987711 ~ 41989801 (-) False G890385
TU1012992 other upstream 2442056 42076741 ~ 42077947 (-) True G890403

Expression Profile