RNA id: TU1019259


Basic Information

Item Value
RNA id TU1019259
length 1637
lncRNA type intronic
GC content 0.35
exon number 3
gene id G895839
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048574.1
NCBI id CM023228.2
chromosome length 87811138
location 47524694 ~ 47597056 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

ctactgtatgtgttatgtgtatgttgtaattagaggggctactgtatgtgttgtaattagagtggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattagagaagctactgaatgtgttataaataGAGAGactactctgtgttataattagagaggctactctgtgttttaattagaggctactgtatgtgttataattagagaggctactctgtgttataattagagaagctactgtatgtgttgtcatgagagagtctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattatagaggttcctgtatgtgttgtaattagaggttactgtatgtgttatatttagatgctactgtatgtgttatgtgtatgttgtaattagaggggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgaatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaatttgagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattataggatactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaatgagaggcctactatatgtgttgtaatgggagacctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattagagcctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaatgagaggcctactatatgtgttgtaatgggagacctactgtatgtgttataattagagaggctactgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaatgaaaggcctactatatgtgttgtaatgggagacctactgtatgtgttataattagaggctattgtatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaatgagaggcctactatatgtgttgtaatgggagacctactgcatgtgttgtaattagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattagagggtactgtatgtgttgtaattacagaggctactgaatgtgttgtaattacagaggctactgtatgtgttgtaattggataggttactgtatgtgttgtaattagagactactgtatgtgttataattagagaggctactgtatgttttgtaattagaggctactgtatgtgctgtaattatttgctactgtatgtgttgtaattagaggggctactgtatgtgttgtaatgagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggttactgtatgtgttgtaattagaggttactgtatgtgttatatttagatgctactgtatgtgttatgtgtatgttgtaattagaggggctactgtatgtgttgtaattagagaggctactgtatgtgttgtaattagagaggttactgtatgtgttgtaattagaggttactgtatgtgttatatttaGAGGCTAATGTATGTGTTATATG

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1019101 lncRNA upstream 120414 47388841 ~ 47404280 (+) True G895724
TU1019062 lncRNA upstream 140460 47383066 ~ 47384234 (+) True G895687
TU1019084 lncRNA upstream 181124 47292167 ~ 47343570 (+) True G895709
TU1019093 lncRNA upstream 217976 47301851 ~ 47306718 (+) True G895717
TU1019036 lncRNA upstream 300177 47224278 ~ 47224517 (+) True G895663
TU1019257 lncRNA downstream 22119 47563534 ~ 47577294 (+) False G895839
TU1019254 lncRNA downstream 49733 47591148 ~ 47597056 (+) True G895839
TU1019300 lncRNA downstream 63973 47605388 ~ 47616102 (+) True G895856
TU1019306 lncRNA downstream 64939 47606354 ~ 47614212 (+) True G895862
TU1019309 lncRNA downstream 65805 47607220 ~ 47613316 (+) True G895863
XR_005034163.1 mRNA upstream 98213 47420827 ~ 47426481 (+) False LOC118936698
XR_005034164.1 mRNA upstream 98213 47420827 ~ 47426481 (+) True LOC118936698
LOC110533129 mRNA upstream 104689 47409387 ~ 47420005 (+) True LOC110533129
XM_021618799.2 mRNA upstream 150122 47259242 ~ 47374572 (+) False LOC110534120
XM_036933226.1 mRNA downstream 198635 47740050 ~ 47849279 (+) True LOC110533130
XM_036933227.1 mRNA downstream 316075 47857490 ~ 47887278 (+) True LOC110534124
XM_036933230.1 mRNA downstream 360144 47901559 ~ 47905308 (+) True LOC110534126
XM_036933232.1 mRNA downstream 395948 47937363 ~ 47950461 (+) True cfb
XM_036933233.1 mRNA downstream 422020 47963435 ~ 47987449 (+) False LOC110534131
TU1019031 other upstream 307623 47216407 ~ 47217071 (+) True G895658
TU1019025 other upstream 319852 47203246 ~ 47204842 (+) True G895652
TU1019024 other upstream 320070 47202925 ~ 47204624 (+) False G895652
TU1019023 other upstream 320070 47203246 ~ 47204624 (+) False G895652
TU1018993 other upstream 373145 47142044 ~ 47151549 (+) True LOC110511048
TU1019490 other downstream 368301 47909716 ~ 47910975 (+) True G896043
TU1019687 other downstream 693767 48235182 ~ 48235616 (+) True G896217
TU1020802 other downstream 1134842 48676257 ~ 48677065 (+) True G897244
TU1021453 other downstream 1736287 49277702 ~ 49281952 (+) False LOC110534184
TU1021565 other downstream 1888984 49430399 ~ 49432958 (+) True LOC110534189

Expression Profile