RNA id: TCONS_00039676


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00039676
length 329
lncRNA type inter_gene
GC content 0.50
exon number 3
gene id XLOC_019740
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007132.7
NCBI id CM002905.2
chromosome length 45934066
location 33145252 ~ 33146525 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATGCCTTTGTTGCTGGCTGAGCTCATGTCTCCAGCTGTGAGAGTGGGATGGGGATTGGGCTTATGGCCTGCACGTACTGCTGCACTCATGAATGGAGAGGAACAGGTGTCCACCATCACCCAACAGAAGGAGCTTTGGTGACGCAAAACTGAACGGGTTCTGGATGGTTTTCCGGTCTGAACCTGCTTTGGGCAGTTTGATTGGACAAGTGTGTGCAGAAACACTTAAGGAATTGCTGGAAGACCCATTTCAAGATTACTTGACCAAAGCCCCCATGTGAAGCCCATGACTTGCACCTGCAGATGCTAGATAAAACCATAGTGTTCGCA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00038858 lncRNA downstream 55048 33058625 ~ 33090204 (-) False XLOC_019737
TCONS_00039675 lncRNA downstream 55295 33058753 ~ 33089957 (-) False XLOC_019737
TCONS_00039674 lncRNA downstream 55550 33058753 ~ 33089702 (-) False XLOC_019737
TCONS_00039253 lncRNA downstream 55579 33058754 ~ 33089673 (-) True XLOC_019737
TCONS_00039673 lncRNA downstream 61565 33058753 ~ 33083687 (-) False XLOC_019737
TCONS_00038863 lncRNA upstream 318750 33465275 ~ 33477963 (-) True XLOC_019742
TCONS_00039677 lncRNA upstream 490637 33637162 ~ 33638641 (-) False XLOC_019743
TCONS_00039678 lncRNA upstream 490637 33637162 ~ 33646880 (-) True XLOC_019743
TCONS_00039679 lncRNA upstream 2499013 35645538 ~ 35650096 (-) True XLOC_019755
TCONS_00039680 lncRNA upstream 2907959 36054484 ~ 36055407 (-) True XLOC_019757
TCONS_00038860 mRNA downstream 18555 33093331 ~ 33126697 (-) False XLOC_019738
TCONS_00038859 mRNA downstream 18555 33093331 ~ 33126697 (-) True XLOC_019738
TCONS_00038856 mRNA downstream 112536 33006949 ~ 33032716 (-) True XLOC_019736
TCONS_00038854 mRNA downstream 112537 33006650 ~ 33032715 (-) False XLOC_019736
TCONS_00038853 mRNA downstream 112537 33006650 ~ 33032715 (-) False XLOC_019736
TCONS_00038862 mRNA upstream 64781 33211306 ~ 33229950 (-) True XLOC_019741
TCONS_00038864 mRNA upstream 578454 33724979 ~ 33851877 (-) False XLOC_019744
TCONS_00038865 mRNA upstream 578841 33725366 ~ 33995710 (-) False XLOC_019744
TCONS_00038866 mRNA upstream 587584 33734109 ~ 33995710 (-) False XLOC_019744
TCONS_00038867 mRNA upstream 826570 33973095 ~ 33995213 (-) True XLOC_019744
TCONS_00038861 other downstream 8169 33136948 ~ 33137083 (-) True XLOC_019739
TCONS_00038828 other downstream 1063103 32076707 ~ 32082149 (-) True XLOC_019725
TCONS_00038827 other downstream 1063874 32073529 ~ 32081378 (-) False XLOC_019725
TCONS_00038821 other downstream 1807467 31337670 ~ 31337785 (-) True XLOC_019722
TCONS_00038809 other downstream 2150703 30974165 ~ 30994549 (-) True XLOC_019715
TCONS_00038875 other upstream 1283935 34430460 ~ 34536374 (-) True XLOC_019748
TCONS_00038902 other upstream 3926426 37072951 ~ 37073080 (-) True XLOC_019765
TCONS_00038929 other upstream 4916672 38063197 ~ 38063314 (-) True XLOC_019777
TCONS_00038943 other upstream 5580574 38727099 ~ 38730018 (-) False XLOC_019784
TCONS_00038955 other upstream 6120700 39267225 ~ 39267306 (-) True XLOC_019791

Expression Profile

//