RNA id: TCONS_00039082


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00039082
length 7715
RNA type mRNA
GC content 0.44
exon number 2
gene id XLOC_019862
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007132.7
NCBI id CM002905.2
chromosome length 45934066
location 43644573 ~ 43666481 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATTTGACAAATGATGTCTTAAATttctgaaaaatattaatttaatttatgacCCTAATCTTCTCCACAGCTGTTAATAGTGCAAGATCACTTGAAGTGGCTGATGTGCTCTCATGGGAGGGTGTGCCTGACTCCATTTTTGAAGGTTTGTTGGGTGGTGAGCTTCAGAATGATGAATTCCCTAAAGATACAAGTGTGCAAAACGTGTCAAACCTGGATGCAGATGTTATGGAATCTGCTTTAAATTTGCATGGGAACTTGAGCCTAGATGTTGCTGAAACAAACTTAACCTTGCCTGGAAACTTCAGCCAAGATGATGCTGCAGAGTTCAACTCTACTCTGCATGGTAACTTCAGCCTTGATGCAGATTCAAAGTCTACTTTGCCAGGAAACCTCAGCCTAGATGCTTCTGCACAATACAACTCCACTCTGCAGGgaaacttcagcctagatgatgctgcagaatccaattccaccttgtatggtaacttcagcctTGAAGCTTCTGCAGAATTAAACTCCACCCGACAGGGAAACTTCACCCTAGATGCTGCAGAATCCAATTCCACTCTGCCTGGAAACTTCAGCCTAGCTGATGCTGCAGAATCTAACTCCACCCTGCAAGGTAACTTCAGCCTAGGTGATGCTAAAGAATCCAATTCCCCTCCACCTCTAAACTTCAGCCTAGACGCTGCAGAATCCAACTCCACCCTGCAAGGTAACTTCAGCCTAGGTGATGCTAAAGAATCCAATTCCCCTCCACCTCTAAACTTCAGCCTAGACGCTGCAGAATCCAACTCCACTCTGCAGGGTAACTTAAGCCTAGATGCTTCTGCAGAATCCAACTCAACTCTGCAGGGAAACTTCAGCCTACATGATGCTGCAGAATCCAACTCcaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcaGAATCCAACTCCACCCTGCAAGGTAACTCGAGCCTAGACGATGCTGCGGAATCCGACTCcaccttgtatggtaacttcagcctagatgctGCAGAATCCAACTCCACTTTGTATGGTAACTTAAGCGAAGATGATGCTGCAGAGTCCAACTCCACCCTGCAAGGTAACTTCAGCTTTAAATCTGCTGCAGAATCAATCTCCACCCTGCAAGGTAACTCGAGCCTAGATGATGCTGCGGAATCCGACTCcaccttgtatggtaacttcagcctagatgctGCAGAATCCAACTCCACTTTGTATGGCAACTTAAGCCTAGATGATGCTGCAGAATTCAACTCcaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcaGAATCCGACTACACCTTGTATGGTAACTTAAGCCTAGATGCTGCAGAATCCAACTCcaccttgtatggtaacttcagcctagatgccacagaatccaactccaccttgtatggcaacttcagcctagatgatgctgcagaatccaactcaaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcaCAATTCAACTCcaccttgtatggtaacttcagcctagatgccacagaatccaactccaccttgtatggcaacttcagcctagatgatgctgcagaatccaactcaaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcaGAATTCAACTCCACCTTGCatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccgactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccaactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccgactacaccttgtatggtaacttcagcctagatgccacagaatccaactccaccttgtatggcaacttcagcctagatgatgccgCAGAATTCAACTCAaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccgactacaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccaactcaaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcaCAATTCAACTCcaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccaactcaaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcaGAATTCAACTCCACCTTGCATGGTAACTTCAGCTTAGATGATGCTGCAGAATCCGACTAcaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccgactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccaactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccaactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgctGCAGAATCCGACTCcaccttgtatggtaacttcagcctagatgctGCAGAATCCGACTCcaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccgactacaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccgactacaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccgactacaccttgtatggtaacttcagcctagatgccACAGAATCCAACTCCACCTTGTATGGGAACTTCAGCCTACATGATGCTGCAGAATTCAACTCCACCTTGCATGGTAACTTCAGCTTAAATGATGCTGCAGAATCCGACTAcaccttgtatggtaacttcagcTTAGATGCCACAGAATCCAACTCCACCTTGTATGggaacttcagcctagatgatgccgCAGAATTCAACTCCACCTTGCATGGTAACTTCAGCTTAAATGATGCTGCAGAATCCGACTAcaccttgtatggtaacttcagcTTAGATGCCACAGAATCCAACTCAACCTTGTATGgcaacttcagcctagatgatgctgcagaatccgactacaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgctgaatccaactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccgactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccgactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccaactccaccttgtatgggaacttcagcctagatgatgctgcaGAATCCGACTACACCTTGTATGGTAACTTTAGCCTAGATGCCACAGAATCCAACTCCACCTTGTATGGGAAtttcagcctagatgatgctgcaGAATTCAACTCCACCTTGCATGGTAACTTCAGCTTAGATGATGCTGCAGAATCCGACTAcaccttgtatggtaacttcagcTTAGATGCCACAGAATCCAACTCCACCTTGTATGggaacttcagcctagatgatgctgcaGAATCCGACTCCACCTTGTATGgcaacttcagcctagatgatgctgcagaatccggctacaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccgactacaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccaactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccaactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccaactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccaactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccaactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccgactacaccttgtatggtaacttcagcctagatgctgcagaatccaactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgccgCAGAATTCGACTAcaccttgtatggtaacttcagcctagatgctgcagaatccaactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgccgCAGAATTCAACTCAACCTTGTATGgcaacttcagcctagatgatgctgcagaatccaactacaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcaGAATTCAACTCAACCTTGCATGgcaacttcagcctagatgatgctgcagaatccgactacaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgccacagaatccaactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgctGTAGAATCCAACTCCACTttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcaGAATCTGGCTAcaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcaGAATTCAACTCAaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgccgcagaatccaactccaccttgtatgggaacttcagcctagatgatgctgcaGAATTCAACTCAACCTTGTATGgcaacttcagcctagatgatgctgcagaatccggctacaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcaGAATCCAACTCAACCTTGTATGgcaacttcagcctagatgatgctgcagaatccgactacaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgctgaatccaactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgaagCTGCAGAATCCGACTAcaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccgactacaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccaactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcaGAATCCGACTACACCTTGTATGGTAACTTTAGCCTAGATGCCACAGAATCCAACTCCACCTTGTATGGGAAtttcagcctagatgatgctgcaGAATTCAACTCCACCTTGCATGGTAACTTCAGCTTAGATGATGCTGCAGAATCCGACTAcaccttgtatggtaacttcagcTTAGATGCCACAGAATCCAACTCCACCTTGTATGggaacttcagcctagatgatgccgCAGAATTCAACTCAACCTTGTATGGCAACTTCAGCCTAGATGCTGCAGAATCCGGCTAcaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccaactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcagaatccgactacaccttgtatggtaacttcagcctagatgctgcagaatccaactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgccgCAGAATTCGACTAcaccttgtatggtaacttcagcctagatgctgcagaatccaactacaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcaGAATTCAACTCAACCTTGCATGgcaacttcagcctagatgatgctgcagaatccgactacaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgccacagaatccaactccaccttgtatggtaacttcagcctagatgctGTAGAATCCAACTCCACTttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcaGAATCTGGCTAcaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcaGAATTCAACTCAaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgccgcagaatccaactccaccttgtatgggaacttcagcctagatgatgctgcaGAATTCAACTCAACCTTGTATGgcaacttcagcctagatgatgccgCAGAATTCAACTCAaccttgtatggtaacttcagcctagatgatgccgcagaatccaactccaccttgtatggcaacttcagcctagatgatgccgCAGAATCAGACTACACTttgtatggtaacttcagcctagatgatgctgcaCAATCCGACTAcaccttgtatggtaacttcagcctagatgataCTGCAGAATCTAATTCCACCCTTAGTGGCAACTTCACTCTAGATGCTTCTGCAGCATTTAACTCCACCCTGCAAGTTAACTTGAGCCTAGACTCTGCTGCAAAATCCAATGTCTCGCTCCCTGGAAACTTTACCCTAGATGATGCTGCAGAATTCAACTCAACCTTGTATGGCAACTTCATCCTTGGTGCTGCTGCTGCATAATTTAACTCCACTTTTTTGCTAACTCTAGCTTAGATGCTGCAGAAGGAAGTGCTAACTAATAATGCCTCAatcaagtttttaaaataaatttaaagtttAACGAAGTTGCTGGCGAGTGTTTATTTCTGCATCTTTTTCAAACAGTTCTAACTAATGGTAGAAATGTGGTCAAGCATGTTTCAAGGAGTCAGTCAAGCTAACctcttggtttttttttttttttttttttttttttttttttttttttcccttctccccccccccctccctttCTCCAGTACATTTTTATCAATTTACTAAATTGACAATGTTTGCTAGCAAAATGCCAATTTTAGTTTTTCATGCAGGCTCAAAGTACCAATGGTTCCATATTTTACCTTCAGTTGCTCAAGCTGTGGATTGCAAAACTTGTAGCAGCTTAATTTTCATTGGCTTGTTTGCAGCTCTTCAGGTTTTAGACTCTAATCATAATGCCCATTCTGGGTTGCCTAGTGCTGCTTATGGGGATGACCAGGAATCAGTGCTTGGACCAATCCTCTTATCAAAGtactatacatttctggaacCATATTCTGCTACCCTTACTGTGCTGATCACAAGTTTGCTTTTCAGTTTAGTATAAATTCTAAAAATGGTGTGTCTCCTTGCTGAATCAAATGAGAGAAACCTTTGTTTTAACAATCACATGAAATGGAGGGGGGTTGTAAATCTCATTGTCAAATGGAAAACGGCTATATTAAGTATTTTACATCACTTTAGATGgagcttttctttattttcaaacatttatttttctttatcacTCTCTTGATGGGCTATTCAAATAACAAAATCCAATATAAAGTAGATACCCACATCCTGCATTTCCTTAATAGATCTCTATTCTACACTTTACTGCTTATAAATGGCGGAAGTATTTGATTGTCTCTTAATACCAACGGTGTACTTAACAGTGGATAAACCACTGCTTTATGAATGTTTGTATGGcattttaaaaatttgcttttcaAAATTATATGTAAGCCTATAACAAAGTATACCAAAAAAATTCTAGACGGGTCATAGTTTAAAAACAGCATCTCTAGGAGACTTGATTTGCATACTTGTGTACAAATTTTGAGCATAAAGGCCTGTGcacacagagacattttttttGCTCGTGTCAAGGTGCAAAATGGCAGGTGCaaaagcatcatttaaaaaaaaaaacgcctcatgctcatttttttgttttgacgtgcGGTGTCAAAActatctccaccaatcagatcggcacttttgttcatgtgcacggagctgctaaagttaccgtaaacagcacttggaggcgcgcaaacacaaaactgtcaatgcgagcgcacattgtaGAAGattgtggagctgcttattgctctggtcaACAATAATTTCTTCATCACTAGAGCAAGAGCTGCTTCTTGAACCATCCGTGCTTGTTCGAGTTACCAGCAAATTTAGCAACAAGCATGTGAACTTCCGCTCCTCCACTTCTTCTGCGTTATAAGTGGGTGTCAGAAGCTTGTAGTTGTGCAgcaccatctaacgtcaaaatggtgatttagcatactcttctgcttgacgccagtgaaaagc

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000157610

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00039065 lncRNA downstream 183216 43469329 ~ 43474000 (-) True XLOC_019855
TCONS_00039701 lncRNA downstream 331324 43325281 ~ 43325892 (-) True XLOC_019850
TCONS_00039700 lncRNA downstream 405392 43246707 ~ 43251824 (-) True XLOC_019849
TCONS_00039699 lncRNA downstream 1500964 42150360 ~ 42156252 (-) True XLOC_019840
TCONS_00039698 lncRNA downstream 1500968 42150360 ~ 42156248 (-) False XLOC_019840
TCONS_00039702 lncRNA upstream 19325 43684862 ~ 43700254 (-) False XLOC_019864
TCONS_00039703 lncRNA upstream 19325 43684862 ~ 43700262 (-) False XLOC_019864
TCONS_00039705 lncRNA upstream 19325 43684862 ~ 43700280 (-) False XLOC_019864
TCONS_00039704 lncRNA upstream 19325 43684862 ~ 43700280 (-) True XLOC_019864
TCONS_00039706 lncRNA upstream 491536 44157073 ~ 44157770 (-) True XLOC_019872
TCONS_00039076 mRNA downstream 1040 43644573 ~ 43656176 (-) False XLOC_019862
TCONS_00039075 mRNA downstream 1040 43644573 ~ 43656176 (-) False XLOC_019862
TCONS_00039081 mRNA downstream 1091 43653826 ~ 43656125 (-) False XLOC_019862
TCONS_00039080 mRNA downstream 3886 43651954 ~ 43653330 (-) True XLOC_019863
TCONS_00039079 mRNA downstream 7257 43645812 ~ 43649959 (-) False XLOC_019862
TCONS_00039084 mRNA upstream 72861 43738398 ~ 43801493 (-) False XLOC_019865
TCONS_00039086 mRNA upstream 231591 43897128 ~ 43952958 (-) False XLOC_019866
TCONS_00039087 mRNA upstream 250108 43915645 ~ 43949208 (-) True XLOC_019866
TCONS_00039088 mRNA upstream 310538 43976075 ~ 43992027 (-) True XLOC_019867
TCONS_00039089 mRNA upstream 334162 43999699 ~ 44003457 (-) True XLOC_019868
TCONS_00039061 other downstream 264137 43390401 ~ 43393079 (-) True XLOC_019853
TCONS_00039031 other downstream 1784119 41863654 ~ 41873097 (-) True XLOC_019836
TCONS_00039016 other downstream 2305551 41351545 ~ 41351665 (-) True XLOC_019828
TCONS_00039012 other downstream 2405668 41251431 ~ 41251548 (-) True XLOC_019825
TCONS_00038990 other downstream 3245569 40403260 ~ 40411647 (-) True XLOC_019813
TCONS_00039085 other upstream 89440 43754977 ~ 43801511 (-) True XLOC_019865
TCONS_00039098 other upstream 902643 44568180 ~ 44568266 (-) True XLOC_019876
TCONS_00039112 other upstream 1531805 45197342 ~ 45209405 (-) False XLOC_019883

Expression Profile

//