RNA id: TCONS_00041894


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00041894
length 324
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 1
gene id XLOC_020345
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 18291474 ~ 18291797 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gcaactggaagggcatccgctgtgtaaaacatatgctggataagttggccactcattcctctgtggtgaaccctgatgaacaaagggactaagccgaaggagaatgaatgaatgtctgaacAAAGCGTTTATTTAAAGAGCTGTTCACACCAAGAACGATAACGATAACCATCACATTTTAGCAGTCACTCCGATtcagtatataaaatataaacgcAACATATTTGACAACTTTAATTTTTCAGCTGATGAATGATTAAAACATTCACTGCAGTTCAGAATAGACTCAAATTTAAAGAGCCTAGCCTGCAAAGACTCCCTCAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00040376 lncRNA upstream 488072 17784642 ~ 17803402 (+) True XLOC_020338
TCONS_00040373 lncRNA upstream 679892 17607753 ~ 17611582 (+) True XLOC_020337
TCONS_00040370 lncRNA upstream 750417 17539163 ~ 17541057 (+) True XLOC_020336
TCONS_00040366 lncRNA upstream 757467 17531024 ~ 17534007 (+) False XLOC_020336
TCONS_00040363 lncRNA upstream 785436 17503508 ~ 17506038 (+) True XLOC_020334
TCONS_00042127 lncRNA downstream 268546 18560343 ~ 18569388 (+) False XLOC_020351
TCONS_00042128 lncRNA downstream 268546 18560343 ~ 18596258 (+) False XLOC_020351
TCONS_00042129 lncRNA downstream 273774 18565571 ~ 18569388 (+) True XLOC_020351
TCONS_00041895 lncRNA downstream 1547478 19839275 ~ 19839592 (+) True XLOC_020382
TCONS_00042130 lncRNA downstream 1719999 20011796 ~ 20050276 (+) True XLOC_020383
TCONS_00040383 mRNA upstream 74986 18187857 ~ 18216488 (+) False XLOC_020343
TCONS_00040384 mRNA upstream 85125 18188045 ~ 18206349 (+) True XLOC_020343
TCONS_00040382 mRNA upstream 116309 18166660 ~ 18175165 (+) True XLOC_020342
TCONS_00040380 mRNA upstream 131205 18156087 ~ 18160269 (+) True XLOC_020341
TCONS_00040379 mRNA upstream 131240 18156000 ~ 18160234 (+) False XLOC_020341
TCONS_00040388 mRNA downstream 23693 18315490 ~ 18387919 (+) False XLOC_020346
TCONS_00040389 mRNA downstream 24347 18316144 ~ 18371115 (+) False XLOC_020346
TCONS_00040391 mRNA downstream 27433 18319230 ~ 18387919 (+) False XLOC_020346
TCONS_00040390 mRNA downstream 27433 18319230 ~ 18387919 (+) False XLOC_020346
TCONS_00040392 mRNA downstream 27869 18319666 ~ 18383156 (+) False XLOC_020346
TCONS_00040385 other upstream 11034 18247292 ~ 18280440 (+) False XLOC_020344
TCONS_00040386 other upstream 11034 18253158 ~ 18280440 (+) False XLOC_020344
TCONS_00040387 other upstream 36619 18254769 ~ 18254855 (+) False XLOC_020344
TCONS_00040381 other upstream 116096 18166599 ~ 18175378 (+) False XLOC_020342
TCONS_00040377 other upstream 466901 17824459 ~ 17824573 (+) True XLOC_020339
TCONS_00040420 other downstream 945234 19237031 ~ 19238226 (+) True XLOC_020360
TCONS_00040469 other downstream 1479901 19771698 ~ 19771812 (+) True XLOC_020380
TCONS_00040470 other downstream 1501322 19793119 ~ 19793233 (+) True XLOC_020381
TCONS_00040472 other downstream 1847728 20139525 ~ 20139592 (+) True XLOC_020385
TCONS_00040475 other downstream 1860128 20151925 ~ 20151981 (+) True XLOC_020387

Expression Profile

//