RNA id: TCONS_00042137


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00042137
length 6411
lncRNA type intronic
GC content 0.38
exon number 1
gene id XLOC_020403
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 21134709 ~ 21141119 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00042136 lncRNA upstream 560749 20571834 ~ 20573960 (+) True XLOC_020399
TCONS_00041896 lncRNA upstream 700692 20433570 ~ 20434017 (+) True XLOC_020395
TCONS_00042134 lncRNA upstream 801875 20312803 ~ 20332834 (+) False XLOC_020393
TCONS_00042135 lncRNA upstream 801875 20313205 ~ 20332834 (+) True XLOC_020393
TCONS_00042133 lncRNA upstream 869182 20261231 ~ 20265527 (+) True XLOC_020392
TCONS_00040493 lncRNA downstream 138602 21279721 ~ 21281352 (+) True XLOC_020405
TCONS_00040504 lncRNA downstream 514310 21655429 ~ 21658284 (+) False XLOC_020411
TCONS_00040505 lncRNA downstream 514354 21655473 ~ 21658284 (+) True XLOC_020411
TCONS_00042138 lncRNA downstream 528046 21669165 ~ 21766839 (+) True XLOC_020412
TCONS_00042139 lncRNA downstream 645660 21786779 ~ 21787648 (+) True XLOC_020413
TCONS_00040487 mRNA upstream 387647 20720808 ~ 20747062 (+) True XLOC_020401
TCONS_00040486 mRNA upstream 422055 20710434 ~ 20712654 (+) True XLOC_020400
TCONS_00040485 mRNA upstream 573922 20560041 ~ 20560787 (+) True XLOC_020398
TCONS_00040484 mRNA upstream 587302 20546612 ~ 20547407 (+) True XLOC_020397
TCONS_00040483 mRNA upstream 661142 20461488 ~ 20473567 (+) True XLOC_020396
TCONS_00040489 mRNA downstream 11728 21152847 ~ 21165192 (+) False XLOC_020404
TCONS_00040490 mRNA downstream 11912 21153031 ~ 21164560 (+) True XLOC_020404
TCONS_00040491 mRNA downstream 111671 21252790 ~ 21264881 (+) False XLOC_020405
TCONS_00040492 mRNA downstream 114741 21255860 ~ 21304247 (+) False XLOC_020405
TCONS_00040494 mRNA downstream 164563 21305682 ~ 21311540 (+) True XLOC_020406
TCONS_00040488 other upstream 40744 21093851 ~ 21093965 (+) True XLOC_020402
TCONS_00040475 other upstream 982728 20151925 ~ 20151981 (+) True XLOC_020387
TCONS_00040472 other upstream 995117 20139525 ~ 20139592 (+) True XLOC_020385
TCONS_00040470 other upstream 1341476 19793119 ~ 19793233 (+) True XLOC_020381
TCONS_00040469 other upstream 1362897 19771698 ~ 19771812 (+) True XLOC_020380
TCONS_00040522 other downstream 1425055 22566174 ~ 22588719 (+) True XLOC_020427
TCONS_00040524 other downstream 1699439 22840558 ~ 22840675 (+) True XLOC_020429
TCONS_00040525 other downstream 1814613 22955732 ~ 22955849 (+) True XLOC_020430
TCONS_00040526 other downstream 1954569 23095688 ~ 23095804 (+) True XLOC_020431
TCONS_00040529 other downstream 2351207 23492326 ~ 23493332 (+) True XLOC_020436

Expression Profile

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