RNA id: TCONS_00040841


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00040841
length 3388
RNA type mRNA
GC content 0.54
exon number 6
gene id XLOC_020644
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 76469 ~ 80533 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATGACCGAAGCATCTGCAGGAGAGCAGCGGCCGCCGGGCTTTCTGGAGCGGCTGCGCGCGAGCACTGGAGGCGTGATTGCGGGCGCGTGCCTGTTCGCGCTCTCGCTGTATGTGCTGTTCACCAAcgagggGCGTGCTCTGCGCATCGCCGCGGCTCTGGATGAGGGTCTCTCCCAGCTGGTGTGTGTGCAGTCGGATGCGCAGCCAGAGCTCAGGAATGATGGACGGCTGGTTCACCTGAGTGGAGATCTGCGCACcgcacagCCGCTGCATGACCCCAACTACAGTGTGTCTGTGCATGCAGTGAAGCTGCAGAGGCAGGTGGAGATGTACCAATGGGTGGAGTACAGCGACAGCAGGACCGTTGAGGAGAACGGAGAGAAGAAAACAGAAACCACATACTCATACAACACTGAGTGGAGGTCAGAGGTCATCAGCAGCAGGCACTTTGACCAGGAGGTTGGACACATGAACCCCAGGTGAGCGCCGgtactggagtgtgtgtgtgtgtgtttatctgtgttgtacatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcatatctacgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttagtgtgtgtgtgtgtgtgtgttagtgttagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttagtgtgtgtgtgtgttgacctcTGGGTGTCGGGGGTTGGGTGTGTGATAGTAGTAGTCGTCCTGCACGGTGAGGAAACCGGCAACAGGAACAGGAAGTGCGGAGAGGCTGAGTGTGTGGAACTCACTGATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACACACTCGTTTACCTGTGGACAGGAGGAAGTTCCCGACCCACACTTCTGGAGCCACAACCGTCACACTCTCCACCGCCAtctcactgcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagccgtgCAGGGCTCAGTGAGAGTggagatctgctgtgtaaagcctgatttatacttctgcatcaagtgaccagactcgtcagcgctaccaagccgaccaatcacagagcttgcgctacgcatcgatgtgacgtgtagttaaattttttgagaggtgcacatcagtgccgtagcatacgctggcgtttgacgcagacgtataaatcagccttaacggaGCTGAAGCAGAGCTGCTCTCATATGATCGTCTCTCAGTTCTAGAAGCGCTCTAGCGGCAGCGTCTGAACAGCTGGAGTTAGAgcattagcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacataataacaCATTACAGTAGTGTGATGCTGCGtcacaccagatgcagatgaAGCGCCGAGCGCCAGTCATTTACGTGTTAAGTGAATGCAAAGACACGAACAGACGTCCTGCGGCGCGATGCATCCCACTGAGACGAGCGGACGCCGTGATTTGTGCAAATGATGCGGTGCGCGTGTATCAGGCGGTGCGAATGTCACAGTGCGAACGATAGGAGAGGTGCGAATGATGCGGTGTGATTGGCGCGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGCGGTGTTGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGCGGTGTTGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGACGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGACGTGTGGATGAGGACGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGACATGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGAGGTGTTGATGAGGACATGTGGATGAGGAGGTGTTGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTTGATGAGGACGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGATGTGATTGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGACGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGAGGTGTTGATGAGGAGGTGTTGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGACGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGACGTGTGGATGAGGACGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGACATGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGAGGTGTTGATGAGGACATGTGGATGAGGAGGTGTTGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTTGATGAGGACGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGATGTGATTGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGACGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGAGGTGTTGATGAGGAGGTGTTGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGACGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGCGGTGTTGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGACGTGTGGATGAGGACGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGAGGTGTTGATGAGGAGGTGTTGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTTGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTTGATGAGGAGGTGTTGATGAGGAGGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTTGATGAGGAGGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATAAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGATGTGATTGATGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGCGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGGAGGTGTGGATGAGG

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000183124

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00041933 lncRNA downstream 40353 27146 ~ 36116 (-) True XLOC_020641
TCONS_00042226 lncRNA upstream 20549 101082 ~ 101447 (-) True XLOC_020646
TCONS_00041934 lncRNA upstream 52239 132772 ~ 134339 (-) True XLOC_020647
TCONS_00040846 lncRNA upstream 80044 160577 ~ 161002 (-) True XLOC_020648
TCONS_00042227 lncRNA upstream 233177 313710 ~ 315374 (-) False XLOC_020657
TCONS_00042228 lncRNA upstream 233177 313710 ~ 315380 (-) True XLOC_020657
TCONS_00040840 mRNA downstream 19292 56644 ~ 57177 (-) True XLOC_020643
TCONS_00040839 mRNA downstream 25591 44365 ~ 50878 (-) True XLOC_020642
TCONS_00040838 mRNA downstream 65643 9165 ~ 10826 (-) True XLOC_020640
TCONS_00040837 mRNA downstream 69419 5156 ~ 7050 (-) True XLOC_020639
TCONS_00040842 mRNA upstream 5064 85597 ~ 94352 (-) False XLOC_020645
TCONS_00040843 mRNA upstream 9456 89989 ~ 94519 (-) True XLOC_020645
TCONS_00040844 mRNA upstream 50434 130967 ~ 155627 (-) False XLOC_020647
TCONS_00040845 mRNA upstream 77579 158112 ~ 164944 (-) False XLOC_020648
TCONS_00040847 mRNA upstream 104137 184670 ~ 188112 (-) True XLOC_020649
TCONS_00040857 other upstream 264385 344918 ~ 347414 (-) False XLOC_020658
TCONS_00040885 other upstream 732387 812920 ~ 817407 (-) True XLOC_020678
TCONS_00040895 other upstream 1077536 1158069 ~ 1159749 (-) False XLOC_020686
TCONS_00040899 other upstream 1149373 1229906 ~ 1230022 (-) True XLOC_020689
TCONS_00040924 other upstream 3514735 3595268 ~ 3680725 (-) True XLOC_020748

Expression Profile

//