RNA id: TCONS_00041036


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00041036
length 5131
RNA type mRNA
GC content 0.36
exon number 5
gene id XLOC_020826
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 6487048 ~ 6499077 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATGTTTGGAAGCTTTGTCACACGATGTCTATTGTGTGTTTTTCTCTTGAATGGTCTGTCTTTTACCTCAGACCCGTTATTAGTGAAGGAAGGACAATCTGTCACTTTATGCTCTAATATTAATCTAGACCAAAATGATATTAAAATTATGTGGTATTTTGATGATGTGCGCATTGCTGACATCAATGCAGTTAATAACGGTAAAACCTGTTTAAATGATCAGTGTAAAACGAGATTTAGTGACAGACTGAAGCTGCATCAACAGACTGGATCTCTAATAATCACAAACACCAGAACCACAGACTCTGGAGATTATAAATTGATGATCACAGGAAACGACAACTACAGTGAAAAGATCTTCAGTGTTTCTGTCAGTGGTGGGGCTGGTAATGGCTTAGATGAAGTGTTTGTGATGGAGGGGGATTCAGTCACTCTACTTGCTGATGTAAGAGCCGACCATGACAGAAGTGTGTGGTATTATAATGAGATTCGCCTCGCTAAGATCAATGGAGGTCAGAGTAGCATCTGTACAGATTATCAGTGTAAAAAGGGATTTGGTGACAGACTGAAGCTAGATAATCAGACCGCATCTCTGACCATCATGAACATCAGAGAAACAGACGCTGGACTTTATAAATTGATAAAACGCAACAGTGACAAAATcttcagtgttgttgtttgtgGTGTTCCTGGTACTCAGGATCAAATTAAGAAAAATCTAGTGAGGGATGGAGAATCCGTCACTATAAATCCTGACAGGTCTTCAGCTGCTGTTGCTCGTATACATTTTGttggtgctgctgctgctgctgtcctGCTGCTTGTGGCTGTTGTGATCATCATTGTCAAATGGAGGAAGACGCGGCCATATTCGGTAAAATAAACTGAATTGCTACATGATACTACTAAAAGCAGGGACTATGGATCTAGTTTTGTGTGATAgtctataaatacatataattaaatataaatgtaaaatttaaataattgtaatataaatTTAACTTTAAAGCTGTATATATTGGCAGTGTTAGGATTAATGTGTGAAGGTAATGTGAAATACTTACTGCTTTTTAAGGACTGTAACTGTTAAAGTAACACACTTTTctattttcaggaaaataagaGTAAAGCCATATATTGTCAGCACTTTTCGCAATGCTGTACAACAGTCCTTTATGGCTAAGCTTGAACATCAATAATTTTTTAATCATCAATAAAGCATGTCATCActaaaacatataaatacaatCCATACTCTTATATAGTGGATAAAAATTGATTTAAAGAGTtggtatttttattagtatttaaaaaatatgtagaaTTGGTAaattcaaaagaaaatgtttttttcaatagcCACATTTCCACTTTCAGGCCAGTGccagccagggcttttatcgggctggGCCGGGCTAATCGCCTgtgaggttgagcagtgaggccggaGTCATGTCGCGTTTctactgtcgggctagtagctcgcagtgtgtcacgcaaaccctgcccccagaacatcccccgaatgtCACGCAACCAGCCCACTTCagcaggaatcaggcagataaagcacatcatcttgaaaccattcaaatgaagctgttagcagaccactgtaatccagaAACATGGGTCCACTCGCCAGTGGTGCTCTCATCAcaggaaaatggaaacaaaattTCATTGTGACACATTTATAAATGCTGCATTACAGCAAAcgctgacgacccatgtctccaaactgTTTTAATTACGGTTGTTAACACAAGGTtgtgtctctctgccgtctgaacacagTAACGGGTAAAaagagtcttcgaagctatcatgcatattaatgaagtggcacctcattcacaatagagcacgctgattaaTTTAAACCAAGTCTTTTTCATGAAATAAGGATAAACTCAAAAGACGTCACGTTGTACTGACCGGTACAGACATTcagtctccacgctggaatttacacaatgatctcctTGCCGTGATGTAGcttgaaattttatttttaaaccggaagaatttgttcgaaataacacaaaaatagcaaccaatttttactttttagtgagatatgtgtgtcctaatagtgtttttagcagcgtgggacacacaaatgactgtcaacatcttaaaacatgtgtttttgtgtttcatgaccctttaaaatctGAGATAGAATTTGAGCTTGAAATGAATGGTTTAGTTAAAATAACACCGAGATATTCACTCTGCTTTTCTTTAAAATCACTaatccatttttttttgttactatggaagtgaataagCAGtcatatttgcttgttttttaccTTCTGTGAATCTGTTTTCTTACAGGGAGCCATCTCTGCTGTGGAAAGTGAGAGTTCATGACAGTCACTGACAGTGTAATCAAGAACAAGGTCCAATCACAATTCTACCCCTCATGGTTCGTTTACACCAGATGGTGATGATGAAGCATCTAGAATAAGTGATTTacttgttaagtcaatgcaaagacttgATTAGACATCCTTTGGTGAGTTTCGAGAGATTAAAGCAATTCGAGCACATGATATAAAGTGAATTAAGCTTAACCAAGTgggtgctgcacactggtggtggtgtggagagacccctctcctgattgtgaagcgcttttggtgtttggccatacacaataaatgcgctatataaattcaaattattaaaaaaatctaaacttttgTGGACATATACATATGCAATAACCAATAAGGAGCTTGCTCTAGTAGGGGTGTGATATTGATTTGCACCTGTAGTTGGTGTCATGAAGGGAAATCTTCCTGCTGACAtgggacaacagctcatcaaactgggacCGGCTGAGTCGGAAGTACAGCTTAAAGCATACGTCAGCCAGGCACATCTTCTGGAGGAGTTGGATCCAGACAGAGCACTAAACAAATGTATGCcattttcagccttcctaaagcacataaagtaCAGCTACTCTCTCAAAAAAATTCATCTCAGTCATTTAGTAATGAAACTGGAGTctccaggcagacagaagcccctaCCGTGACGCTAATCACAATCTAGTGTGAGGTGAATTTGACACATGAATGTAGCAAGTGCAAAATAGCGCACTCTATTTGCGTAAGCCGCATCTAGTGAGAGCGCCCCATTAGCATTTCTACTTCTCCCTCAGATTGCTCACtcacatgaaggggtaggggtcTCCCAATTCTTTTTTGCTTGAAGGGTTACGGTTAAGGCCATATAGCCCTAAgatttttcagaaccacactACAAACGAAGGCATATGAGACATTTCTATGAATACACCTGCAAACATGACACACAAATGTTGAAAAAAGGCATTAATaaggttttttaaaataaacatatatctCCTTTCTTACATTCATACCAGCATTAATGTGTCCCAGTCATTATCTtagaagaaacatttaaaaaataataaataaagctaaGCTCTGTAAACAATAGTGGCTTTTACTAAAATAGACACACAAATGAACACACTGCTAGCAATGAAACAAATAATGCATGATgtttttagtatatttatagttattaaaCTATTGCAGTTACAAGTTAGTAGGACATCTCTGTTTGCATTACTGGTTTGACATCTACCATTGTATCCTATTTATCCATTTACAACCTATTGAGAGTTATAATTTACCATAAGTTAATTATGACCAGAGATTCGTTTTTTGCCAATGTGGCTCATACTTCAACACACGAGCCCTCCACAAATATGCAGTTGTGAATTTGAAAACTGCTGTTTTACTCTAAATAATAATCTGGGTGCTTTATGGAAGTCTGCCCTTCATATTCATGTATAGCTTAATGTTTAAATTTTGTTTATAAGGGAAATGTTGATTCAGAAGCAATGAATGCAGATTCAGATTCTTCATTTAGAATGCAGATGCACTGCCTGAATATTGAATGCTGTTAGTTGCTAGTATTGTCACTCTGCTGCTATACGTAAAAAAATGTGCCTTAAACACTAATCTCTGAGCGtgttttcattactttttttattttttagtttacatTCAATCTCATGGAGAAGCACAAATGTTACCCTGGAGCACATGACTAGTTTGAACATGCAAGGATATATTGATTCTAGCAataaccaaaaatacattgtacattattttataaaaaaaaaaaaaaagtaaagtccATGAAGCTATATTGTTAATTttctacttttaaatatattataattttttgataaatattttcaAACTGTTGTAGCTCTGCCAAATATCCCACCCTATCAAACCATCAATCAAGCCAAAAATGCTTCTAGATGATACATAAATCTGATATGATTAATGTACGCTTGTGGTCACTACAAAGACCATGgtcacaaatactgtacatctaAGATGAAAATTGGCAGAATCTATggaaaataaagcagtttttgtgttttaaatacaGAATAATTCAGCATACGTTTATGTATATGCACTCAATTGTATTGTCATTTGTGTTCCTCAGTCTTTTCGTTTGTTTTTGTGACTGCCAATTGTGCCAATCgatttaatatgtaaattaacgaatataagtgcttctatttaaataaaagtgCCTGTGCAATTGTAAACTTATGTATGTCGTTCTTATTATTTAGGAATTCTCCACtgatgaacacacaaacacacacacacatccaacgCAGAATGGAAAAACCTTGCTGTTCTCCATTCTCAAAAAGAAATGTTTGCAACTGAAGAAAATCAGAGATAGTATGCTTGATAATTAATTCTTTTAATGATACTGCAaacttttattaatacattttgttatCATATTGATTCACAGTGTTGGGGTAACTTGCCCCAACACTGCTGATCCCTGACTGCTGCCACCAGCATTGTgatctcatttatttttatattcctCTACAACGTTGAAGTGAATACTGATGCATCCCAATACTATtttgtatatttctatattatattcttctatatttaacattttaaattagtattttatagTTACACTGGTGGTCtgctatatataaattaaaagttCCACACTCTTAATGGCATATTAAAAGAGAACATTCTTTTATggtttctatttttttctgtttggttATTATTGGGGAT

Function

GO:

id name namespace
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-060503-903 Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane.

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000183588

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00042322 lncRNA downstream 87331 6397413 ~ 6399717 (-) True XLOC_020821
TCONS_00042321 lncRNA downstream 240309 6243742 ~ 6246739 (-) True XLOC_020815
TCONS_00042320 lncRNA downstream 319096 6154675 ~ 6167952 (-) True XLOC_020810
TCONS_00042319 lncRNA downstream 420792 6064870 ~ 6066256 (-) False XLOC_020806
TCONS_00042318 lncRNA downstream 477226 5977406 ~ 6009822 (-) True XLOC_020803
TCONS_00041039 lncRNA upstream 28337 6527414 ~ 6529377 (-) True XLOC_020828
TCONS_00041938 lncRNA upstream 64569 6563646 ~ 6565961 (-) True XLOC_020830
TCONS_00042323 lncRNA upstream 197440 6696517 ~ 6711516 (-) True XLOC_020834
TCONS_00042324 lncRNA upstream 228463 6727540 ~ 6753026 (-) True XLOC_020835
TCONS_00041046 lncRNA upstream 310289 6809366 ~ 6813803 (-) False XLOC_020838
TCONS_00041034 mRNA downstream 21988 6456003 ~ 6465060 (-) True XLOC_020824
TCONS_00041032 mRNA downstream 41187 6434672 ~ 6445861 (-) False XLOC_020823
TCONS_00041033 mRNA downstream 42241 6442226 ~ 6444807 (-) True XLOC_020823
TCONS_00041031 mRNA downstream 66809 6407445 ~ 6420239 (-) True XLOC_020822
TCONS_00041028 mRNA downstream 82142 6393227 ~ 6404906 (-) False XLOC_020820
TCONS_00041040 mRNA upstream 47620 6546697 ~ 6562618 (-) True XLOC_020829
TCONS_00041042 mRNA upstream 133625 6632702 ~ 6651382 (-) True XLOC_020832
TCONS_00041044 mRNA upstream 265903 6764980 ~ 6777976 (-) True XLOC_020836
TCONS_00041045 mRNA upstream 289684 6788761 ~ 6801876 (-) True XLOC_020837
TCONS_00041048 mRNA upstream 330389 6829466 ~ 6849585 (-) False XLOC_020839
TCONS_00041035 other downstream 10790 6476142 ~ 6476258 (-) True XLOC_020825
TCONS_00041030 other downstream 82138 6401579 ~ 6404910 (-) True XLOC_020820
TCONS_00041022 other downstream 170069 6300311 ~ 6316979 (-) False XLOC_020818
TCONS_00041024 other downstream 170087 6313773 ~ 6316961 (-) True XLOC_020818
TCONS_00041023 other downstream 181985 6301699 ~ 6305063 (-) False XLOC_020818
TCONS_00041038 other upstream 16320 6515397 ~ 6520026 (-) True XLOC_020827
TCONS_00041041 other upstream 88473 6587550 ~ 6601587 (-) True XLOC_020831
TCONS_00041043 other upstream 162635 6661712 ~ 6662906 (-) True XLOC_020833
TCONS_00041072 other upstream 1115595 7614672 ~ 7617991 (-) False XLOC_020858
TCONS_00041073 other upstream 1116662 7615739 ~ 7617991 (-) True XLOC_020858

Expression Profile

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